发布时间:2019-12-19 10:23 原文链接: 年度巨献!施一公团队系统介绍剪切体研究的前世今生

  前体信使RNA的剪接涉及内含子的去除和外显子的连接,是由剪接体介导的。加上过去40年的生化和遗传学研究,自2015年以来,对完整的剪接体进行了原子分辨率的结构研究,导致了对RNA剪接的机械描述,并有了显著的洞察力。剪接体被证明是一种由蛋白质组成的金属蛋白酶.小核RNA(SnRNA)的保守元件与两个催化金属离子组成剪接活性位点,通过双链形成识别三个保守内含子元件,并将其传递到剪接活性位点进行分支和外显子连接。剪接体的蛋白质组分稳定了snRNA的构象,推动了剪接体的重构,协调了RNA元件的运动,促进了剪接反应。剪接体的整体组织和剪接活性位点的结构在人与酵母之间是严格保守的。

  2019年12月9号,清华大学施一公团队(万蕊雪一作)在Annual Review of Biochemistry上在线发表了题为How Is Precursor Messenger RNA Spliced by the Spliceosome? 综述性文章。该文章系统的介绍了剪切体如何剪切前体RNA的过程,并且也提出现阶段有关剪切体研究的一些问题和未来发展的方向,是结构生物学研究的范例。

图片.png

  前体信使RNA(pre-mRNA)的剪接是指内含子的酶促去除和连接外显子。内含子包含三个保守的序列元素:5'剪接位点(5' SS)、分支点序列(BPS)和3'剪接位点(3' SS)。pre-mRNA剪接的"剪刀“是一种高度动态的超分子核糖核酸(RNP)复合体,称为剪接体。剪接反应的每一个周期都需要通过剪接小体的成分来忠实地识别三个保守的内含子元件。pre-mRNA的运动和剪接伴随着剪接体的四个顺序阶段:组装、激活、催化和拆卸。

  1、剪切周期

  剪接体的组装始于识别5' SS,该5' SS通常通过与早期复合体(E复合体)中的U1小核RNA(snRNA)形成双链体而与双核苷酸GU邻接5外显子。 BPS和3' SS分别与蛋白质SF1和U2AF结合。借助于ATPase /螺旋酶,Prp5和Sub2 / UAP56 SF1被U2小核糖核蛋白(snRNP)取代,形成剪接小体(复合体),其中BPS与U2 snRNA的保守序列形成双链体。 A复合物与U4 / U6.U5三重核小核糖核蛋白(trisnRNP)结合成pre-B复合物。 pre-B复合体代表第一个完全组装的剪接体,其中所有五个snRNP均存在,而5个SS仍被U1 snRNP识别。在ATP酶/解旋酶Prp28的驱动下,U1 snRNA被U6 snRNA取代,形成5' SSS / U6双链体,U1 snRNP被解离,形成了预催化剪接体(B复合物)。重要的是,B复合物没有功能性的剪接活性位点。

图片.png

剪接体剪接pre-mRNA完整周期示意图

  2、剪接体的组织与活性部位构象

  剪接体的整体组织和活性位点构象首先由裂殖酵母的ILS复合物的3.6Å分辨率冷冻电子显微镜(cryo-EM)结构揭示。最终的原子模型包括37种蛋白质和4个RNA分子(内含子套索蛋白加上U2,U5和U6 snRNA)。剪接体具有稳定的核心,从Bact到ILS复合物,其核心基本相同。该剪接体核心包含完整的U5 snRNP(Spp42 / Prp8,Cwf10 / Snu114,U5 Sm环和U5 snRNA),U6 snRNA,U2 / U6双链体,NTC的2种蛋白质(Cdc5 / Cef1和Syf2)和6种蛋白质NTR(Cwf14 / Bud31,Cwf5 / Ecm2,Cwf2 / Cwc2,Cwf15 / Cwc15,Prp45和Cwf1 / Prp46)的大小。锚定在核心中心的Spp42 / Prp8(酿酒酵母和人体内的Prp8)催化腔上的剪接活性位点部分暴露于表面,可帮助底物进入。8个NTC和NTR蛋白可稳定RNA元件的构象,尤其是U6 snRNA和U2 / U6双链体的构象。U2 snRNP(Lea1,Msl1,U2 Sm环和U2 snRNA),NTC的Prp19子复合体以及NTR的Cwf11和Cwf19从剪接体核心发出,产生了剪接体的扩展外观。

图片.png

剪接体的整体组织和活动位点配置

  3、蛋白质成分的作用

  剪接体是金属核酶,RNA核苷酸协调两个催化金属离子。剪接活性位点的总体构型,如催化三联体所示,两种催化金属的作用与II型自剪接内含子几乎相同。这些相似性表明剪接体和II组内含子具有相同的进化起源。但是,作为人类已知的最通用的超分子机器之一,剪接体在质量上比II组内含子要复杂得多。最大的区别是剪接体中许多蛋白质成分的基本作用。剪接活性位点构象的维持,各种RNA元件的识别,剪接体的重塑,剪接反应的进行,甚至每个组分的募集/解离和构象变化都由蛋白质组分控制。剪接体金属核酶完全由蛋白质组分编排。

图片.png

剪接体的蛋白质成分协调剪接反应

  4、剪接因素

  在每个剪接周期中,在特定阶段将16种蛋白质募集到剪接体中。根据公开的信息,这些蛋白质都不属于任何亚复合物,并且大多数都没有明显的酶活性。这些蛋白质分为六类:B特异性(Spp381,Prp38,Snu23),Bact特异性(Cwc24,Cwc27,Spp2),step I–specific(Yju2和Cwc25),step II–specific(Prp18,Slu7,Prp17) ),外显子结合特异性(Cwc21和Cwc22)和disassembly specific(Cwc23,Ntr1和Ntr2)。这些蛋白质的特征在于相关的冷冻EM结构,揭示了剪接体中的功能见解。

图片.png

按时间顺序汇总的最新冷冻电镜研究成果

  5、展望

  自2015年发布完整剪接体的第一个原子结构以来,在各个方面都取得了显着进展。到目前为止,剪接体的绝大多数主要功能状态已在结构上得到了表征,包括来自酵母的九个和来自人类的七个。简单地获得剪接体的另一种结构不再被认为是一项重大成就。相反,注意力已经转移到该结构可以揭示哪些新信息上。与5' SS的识别相反,如何识别E复合物中的BPS和3' SS仍然有待表征。尽管本地化的ATPase /螺旋酶,他们如何重塑剪接体了解甚少。例如,Gpatch激活Prp2或Prp43的ATPase /解旋酶活性的机制尚待阐明。Prp43如何拆卸ILS复合物仍然是推测性的等等。