相对湿度控制：
培养箱内相对湿度的控制是非常重要的，维持足够的湿度水平才能保证不会由于过度干燥而导致培养失败。大型的二氧化碳培养箱是用蒸汽发生器或喷雾器来控制相对湿度水平的，而大多数中、小型培养箱则是通过湿度控制面板（humidity
pans）的蒸发作用产生湿气的（其产生的相对湿度水平可达95-98％）。一些培养箱有一个能在加热的控制面板上保持水份的湿度蓄水池（humidity
reservoir），这样可以增强蒸发作用，此蓄水池能增加相对湿度水平达97-98％。但是，这个系统也更复杂，由于复杂结构的增加一些难以预料的问题也会在使用过程中出现。
微处理控制系统：
每一个使用者都希望所用的仪器能够方便好用，微处理控制系统和其它各种功能附件（如高温自动调节和警报装置、CO2警报装置、密码保护设置、自动校准系统等等）的运用，就使得二氧化碳培养箱的操作和控制都非常的简便。微处理控制系统是维持培养箱内温度、湿度和CO2
浓度稳态的操作系统。例如PIC微处理器控制系统，它能严格控制气体的浓度并将其损耗降至极低水平，以保证培养环境恒定不变，且能保证长期培养过程中箱内温度精确，并有LED
显示，可设置、校正温度和CO2浓度。不同的微处理系统虽然名字不相同，但是其原理与控制效果则无甚区别，选购时不必太在意它们名字上的区别，关键是要自己觉得使用起来方便，容易操作，而且要能够达到所需的控制精度。
此外，我想一个报警系统也是不可少的吧，它能让你及时知道培养箱出现的情况，并做出反应，从而最大限度地降低了损失，保证实验的连续性。有些培养箱有声/光报警装置，温度变化达±0.5℃，或CO2
浓度变化达±5时，即会自动报警；有些具有CO2浓度异常报警显示功能。这些装置都是为了方便使用者，以减少繁琐枯燥的实验过程而设计的。
污染物的控制：
污染是导致细胞培养失败的一个主要因素，因而，二氧化碳培养箱的制造商们设计了多种不同的装置去减少和防止污染的发生，其主要途径都是尽量减少微生物可以生长的区域和表面，并结合自动排除污染装置来有效防止污染的产生。例如，鉴于CO2培养箱在使用过程中有时会伴有霉菌生长，为确保培养箱免受污染且保证仪器箱体内的生物清洁性，有些公司开发设计了带有紫外清洁功能的增强型CO2培养箱；还有公司设计的特有铜外壳HEPA滤器能过滤培养箱内空气，可过滤除去99.97的0.3um以上的颗粒，并能有效杀死过滤时被挡在滤器内的微生物颗粒；此外，自动杀菌装置能使箱内温度达到90℃从而杀死污染微生物，当它与HEPA系统结合使用就能够极大的减少污染。这些装置对于细胞培养来说是必不可少，但选择何种清洁装置呢？当然功能越多越好的最适用，但是价格也会随之上升。如果经费有限，只能选择一个价格较便宜的，这时就应该配合使用一些消毒剂和除菌剂，经常进行消毒灭菌，也能达到贵仪器的效果，只是比较麻烦一点而已。总之，无论选择何种装置，都要时刻注意保持培养箱的清洁，经常清理箱体，这样才能增加仪器的使用寿命，并使实验顺利进行，保证结果的可靠性。
二氧化碳培养箱的使用注意事项：
仪器应放置在平整的地面上，环境应清洁整齐，干燥通风；
2. 仪器使用前，各控制开关均应处于非工作状态，调速旋钮应置于最小位置；
3. 不可将流入气体压力调至过大，以免冲破管道及损伤探测器；
4. 关好培养箱的门，以免气体外泄，影响试验效果；
5. 每次停机前，各控制开关均应处于非工作状态才切断电源；
6. 操作密码设置需至少3人知道，以免遗忘密码而无法开启仪器；
7. 钢瓶气体需纯净达标，以免损伤仪器；
8. 保持培养箱内空气干净，并定期消毒；
9. 经常注意箱内蒸馏水槽中蒸馏水的量，以保持箱内相对湿度，同时避免培养液蒸发；
10. 不适用于含有易挥发性化学溶剂，低浓度爆炸气体和低着火点气体的物品以及有毒物品的培养。
11. 正确地使用和注意仪器的保养，使其处于良好的工作状态，可延长仪器的使用寿命；
12. 制冷系统停止工作后，用软布擦净工作腔和玻璃观察窗；
13. 仪器在连续工作期间，每三个月应做一次定期检查；检查是否有水滴，污物等落入电机和外露的制冷元件上；清理压缩机，冷凝器上的灰尘和污物；检查保险丝，控制元件及紧固螺钉；
14. 仪器经长期使用，自然磨损属正常现象，应联系厂家进行维修。