图5。对热处理细胞，细胞裂解液和10 miRNA实时定量总RNA进行比较。用阈值循环（CT）来衡量miRNA的表达水平。每PCR扩增约400 HepG2细胞进行了分析。
图6。的TaqMan miRNAmiR-16的分析比较来解决以印迹杂交为基础的分析。总RNA来自小鼠肾，肝，肺，脾和睾丸组织。
由两个独立运行系统（数据未显示）对12 miRNA16重复检测TaqMan miRNA的可再现性。CT的标准偏差平均为0.1，显示检测的高精度。
我们采用一个独立的技术，这个技术是基于杂交印迹的miRNA分析，比较TaqMan
miRNA的检测（图6）。我们观察到杂交为基础的miRNA分析重复性差，在从目标到目标的变化中和TaqMan分析一致。五个鼠组织样本中的miR-16的两种方法（R2=
0.916）一致。然而，在低丰度的miRNA中相关性相对较低，如miR-30的（R2= 0.751）。
杂交的方法对成熟的miRNA来讲缺乏特异性。我们调查了TaqMan miRNA区分成熟miRNA和较长的前体的检测能力，合成pri-miRNA前体，pri-miR-26b和pri-let-7a和pre-miRNA 前体pre-miR-30a（见表2）。 TaqMan分析旨在检测前体和成熟的miRNA进行合成平均1.5的目标×108％RT反应副本（每PCR体系1.3×107拷贝数）。仅PRI-miRNA前体分子的TaqMan miRNA的分析产生了较成熟的miRNA的分析高出至少11个循环的CT值。这一结果意味着，如果成熟的miRNA和前体在浓度相同，后者将在检测成熟的目标时贡献<0.05％的背景信号。对于pre-miR-30a来讲，成熟的miRNA miR-30a-3p定位于在pre-miR-30a序列3’末端，观察到8.4 CT的差异。结果表明，对于成熟miRNA来说，TaqMan miRNA的检测是特异的。然而，如果miRNA位于pre-miRNA前体链5'端，特异性分析更好。总RNA实验分析代替合成目标，表明，前体与成熟miRNA相比，至少丰富度小于两个数量级，基于CT 在miR-26b-1 和 let-7a-2前体的差异多于7个或7个以上数量级。一并考虑，这些结果表明，对于成熟miRNA来说，TaqMan miRNA的检测更加特异。
图7。let-7 miRNA的检测鉴别力。相对检测（％）计算是基于CT完全匹配和不匹配的目标之间的差异。在RT反应中添加合成RNA的1.5×108 拷贝数。估计浓度在A260 值的基础上。