高分辨熔解技术对于区分相同扩增子内的不同的杂合体是必要的。与高分辨率的HR-1分析方法相比，LightCycler产生的熔解曲线并不能保证分离出杂合子。如图1所示，根据各自的4 对Tm值, 每个杂合子描绘出一条独特的熔解曲线。这些独特的熔解曲线的形状通过标准化的温度移位数据，以不同的图形形式表现出来。在图1A中，II因子和2个稀有杂合子（所有的家族１中的ＳＮＰｓ）可以清晰地从野生型中分离出来，并且也可以将它们彼此分离出来。在图２Ｂ中，Ｖ Leiden因子和3个稀有的杂合子（一个ＳＮＰ，一个１-bp的缺失和一个复合杂合子）同样有独特的曲线。如预期所示，单个的SNPs和１-bp的缺失(单个未配对的基因座位)。在图１Ｃ中，所有被检测的杂合子，包括标记的ＨＦＥ突变，３稀有的ＳＮＰｓ以及２个稀有的复合杂合子都可以被清晰得彼此分离出来，并且也能与野生型分离出来。在所有这些被研究的案例中，不同的杂合子都可以被区别出来，包括那些在同一个ＳＮＰ家族中的杂合子。
在Ｖ因子和HFE的等位基因上，因为２个而不是１个不稳定的位置，因此复合杂合子可以很容易得与“单个”杂合子区别出来。非常有趣的是，纯合的双聚体与杂合的双聚体根据其序列突变的顺式和反式的不同，预测的Tm值也是不同的（在线数据补充中的表２）。这表明，熔解分析方法有可能使单倍体，至少是发生突变的单倍体处于相同的熔解结构域中。
根据其分析方法的不同，目标SNP附近的存在的意外地多态性有可能影响到基因型的鉴定。如果多态性发生在引物下面并且导致不期望的基因座位特异的PCR，所有基于PCR的方法都能进行适当的改变。 同样的问题也适用于被用来测序或者进行延伸反应的内部引物。除此之外，一些基于PCR的方法，包括测序在内，都会识别和区分那些由于限制性片段长度多态性检测方法和基于温探头检测方法未能检测到的多态性。用于用来挑选一系列温度的（熔解检测法）杂交探针方法常常可以发现预料之外的多态性的存在，但是可能需要通过进一步的研究来鉴定它们。在我们的研究中，小扩增子高分辨率的熔解方法可以区别所有被研究的杂合子。这包括２１个配对的比较，表明在小的扩增子中最随机被选取的杂合子都可以被区分出来。
熔解分析法用来区分多序列突变的能力还存在着争议。当野生型的探针被用在标准的低分辨率的系统中时，19%到52%的可能存在SNP的杂合子有可能被与预期的杂合子突变体相混淆。尽管在这些仪器上已经有了关于更好的温度分辨率的报道，但是，很明显，在探针下的稀有序列的突变有可能不能从普通标记的突变中被区分出来。类似的关于扩增子熔化温度确定基因型已经被描述过了，并且着重讲述了Ｔｍ区分变种的限制。
高分辨率熔解分析方法引入了熔解曲线形状和Ｔｍ来区别不同的突变子。因为复合的杂合子熔解曲线包括2个同源双链和2个异源双链，Tm的含义并不明确，并且作为一种指标，没有熔解曲线的形状那么有意义。复合熔解曲线的Tm是一半的双链已经熔化的温度（传统定义）还是衍生图谱的峰值（普通推导）呢？
这两种并不是一致的，因为异源双链的作用，这样的曲线在低温度下是倾斜的。在这两种情况下，Tm只是熔解曲线上的一个点，采用这种完全的熔解曲线，方便的以不同的模块来显示，可以用来区分绝大多数的杂合子（在本研究中的21中的21对随机的配对比较）。
高分辨率的熔解分析方法分析方便，因为不需要处理步骤和分离步骤。在这种情况下，当目标片段的复杂性超过了扩增子基因型的熔解能力时，可以加入未被标记的寡核苷酸探针。除了确定基因型以外，高分辨率的熔解分析方法还可以作为一种精确的扫描突变的工具被用在中链酰基辅酶A脱氢酶，C-kit和SLC22A5基因以及HLA的配型上。这种方法的特异性和灵敏性比变性的HPLC更强。并且不需要在比如温度梯度，变性梯度或者是构想灵敏胶中进行电泳分析。