二、正常男性中期染色体标本的制备
1.准备一个封闭环境，其相对湿度约55%(可在50%〜60%变化），温度24〜26.5℃。
2.将巴斯德吸管置于玻璃载片上方2〜4in处，让一滴细胞悬液滴在玻片的左侧。然后迅速将第二滴细胞悬液滴在玻片右侧（见注释7)3.在固定液全部蒸发前，将玻片浸入盛有新鲜固定液的染色缸1〜3s，将玻片自染色缸中取出，在如步骤1所述的封闭的湿度/温度环境中晾干片子。
4.在光学显微镜T检查染色体标本的质量。
5.染色体标本在室温下过夜，然后浸入1%福尔马林中4℃固定5〜10min。
6.染色体标本系列乙醇脱水，70%、85%和100%乙醇中各2min。
7.标本在室温下晾干，或在实验室抽风橱中微风吹过标本使标本快速干燥。
8.在室温储存标本2〜4周。
9.用正常参考与正常人样品或已知不平衡性染色体异常样品，对其中一张染色体标本片进行CGH分析。
三、患者和正常人样品高分子质量DNA的提取
按照生产商提供的说明书进行DNA提取。也可以选择用标准方法或任何可靠的DNA提取试剂盒提取DNA。
四、用缺口平移法标记探针
1.荧光素-12-dUTP用于标记患者DNA，德克萨斯红-5-dUTP用于标记参考DNA。
2.准备15℃水浴锅，或向装满自来水的冰盒中加入少量的冰直到温度降到15℃。
3.将另一个水浴锅设置为72℃。
4.向1.5mL离心管中加入下述试剂（所有试剂置于冰上）：1μg患者或参考DNA、5μL 10×反应缓冲液混合物、5μL dNTP混合物、1μL荧光基团-dUTP(l mmol/L)、1μLDNA酶（0.01〜1U/μL)和2.5μLDNA聚合酶I(10U/VL)。
5.加水至总体积50μL。
6.将离心管短暂离心，使所有试剂都沉至管底。
7.在15℃水浴中孵育60min。
8.在72℃水浴中孵育10min终止反应。
9.在1%琼脂糖凝胶上进行电泳检查DNA片段大小。最适于CGH的DNA片段大小为300〜2000bp(图3)。如果片段太长，加入DNA酶I在15℃水浴中继续孵育。
10.可以进行大量样品的缺口平移标记。
五、CGH探针的制备在1.5mL离心管中加入下述试剂：
1.用缺口平移法标记好的正常（参考）DNA200ng。
2.缺口平移法标记好的患者DNA200ng(10iLtL)。
3.20〜30μg Cot1-DNA(20〜30μL)(见注释11)。
4.1/10体积的3mol/L乙酸納。
5.150μL(大于2倍体积）100%冰冷乙醇。
6．在-80℃放置40〜60min。
7.29000g(或离心机最大转速）于4℃离心40min。
8.轻轻倒掉乙醇。
9．用无菌的有棉花尖头的涂布器吸干残余的乙醇（不要碰到沉淀）。
10.将离心管置于电热板（42℃)上的金属架上，蒸发残余的乙醇，需时2〜3min。
11．用101μL Hybrisol VII杂交混合物重悬沉淀，用上下抽吸混匀，涡旋振荡约1min.
12.CGH探针可以直接使用或于-20℃避光保存备用