目前原子荧光光谱分析已经获得了分析人员的公认，是原子吸收光谱分析、原子发射光谱分析的一种有效补充，在国内已获得广泛的应用。在多种元素、多个领域中均建立了相关标准。
仪器结构简单，AFS的谱线相对简单，元素间谱线重叠少，无需色散系统。
灵敏度高，检出限低，AFS的检出限可以达到pg/mL量级。
选择性好，原子光谱是元素的固有特征，故具有良好的选择性。
试样用量少，AFS一般为1mL左右。
AFS有一定的多元素分析能力，但是需要多通道设计，没有ICP可分析检测的元素种类多。
AFS的适用范围不如AAS和AES广，AFS 仅能测有氢化物（冷蒸汽）发生的十几种元素，AAS和AES可以测70多种元素。