可能通过以下方法检测：①分子检测——Hybrid Capture II；②HPV引起的细胞改变——Pap；③可察的HPV继发改变——直视法观测或辅助观测。
分子检测：在以下情况时直接检测病毒非常有用。
Pap诊断不明确时：一些Pap涂片中的细胞既不是完全正常，也非完全异常。这种临界状态称为“未确定性质的非典型鳞状上皮细胞”或ASCUS。HPV检测可能进一步区分接近异常（HPV阳性）和接近正常（HPV阴性）的细胞。
宫颈治疗后：HPV病变（不典型增生、CIN）在子宫颈治疗后联合HPV阴性和Pap结果正常来判断疗效较单一采用Pap更可信，而且敏感性接近阴道镜。
对30～35岁妇女联合Pap筛查：30岁以上子宫颈正常的妇女HPV很少出现阳性，HPV联合Pap检测能显著减少假阴性结果，发现Pap难以检出的宫颈病变。30岁以下子宫颈正常的妇女中HPV检测阴性率高，使其不能作为初次筛查手段。目前欧洲正在进行大规模研究来评估这一方法。
HPV检测在以下情况时作用不大：
作为STDs筛查手段：超过26%年轻妇女出现HPV阳性，许多人不会出现疣或子宫颈病变。这种情况下检测的临床意义不大，例如目前对这种状态的HPV没有抗病毒方法。
作为LSIL或HSIL
Pap附加检查。出现明显Pap异常的妇女，无论是低度内皮损害（LSIL）还是高度内皮损害（HSIL），感染的是高危还是低危型HPV，都会出现HPV检测结果阳性。这些妇女中大部分是高危型HPV阳性，所以这种情况下再检测HPV既无意义也不经济。超过35岁的LSIL
Pap妇女较少出现HPV阳性，大约为50%～60%，其原因是该年龄段雌激素降低引起的与HPV无关的非典型改变或其它上皮改变较多。因此对超过35岁的LSIL妇女检测HPV较有意义。
Pap涂片：存在HPV而引起的子宫颈细胞异常可通过Pap涂片来筛查。由于这并非直接检测HPV，其结果异常不能绝对支持存在HPV。许多研究发现，大约40%的未确定性质的非典型磷状上皮细胞（ASCUS），大约75%～94%的LSIL
Pap、及超过90%的HSIL Pap妇女的HPV检测阳性。
选择Pap涂片的理由：子宫颈处的细胞改变在多年以后最终会导致子宫颈癌产生。Pap涂片能发现这些改变，以便在癌变出现前对它们进行评估和治疗。美国的Pap涂片筛查后子宫颈癌的发病减少70%。