HPV疫苗的研制成功，在人类与癌症防控的斗争史上，可以算作是一点希望的曙光。打一针HPV疫苗就可以防范大部分HPV病毒，可以很大程度上起到预防宫颈癌的作用。但同时一个新新物种的产出必然会带有争议。比说其安全性，其副作用等。
以香港注射使用疫苗的几年为例，直到现在也没有发现HPV疫苗有什么特别严重的副作用反馈，而且有一部分人群在接种HPV疫苗的过程中意外怀孕,但也均未出现对胎儿不利的报告。有少数接种疫苗的人群在接种之后出现过发烧恶心，呕吐晕眩的症状，还有少部分出现过肌肉无力，麻痹的情况，但这些症状都很轻微，而且都为个案，没有集体发作过的现象。
另有一部分比较敏感的人群，在接种过之后针孔处有红疹、肿痛的现象。但据专家描述，HPV疫苗十分安全，以上的这些反应都是因注射行为导致，而并非因为疫苗本身所引起的。这种疫苗是安全的。卫生专家还说，很多反应是来自注射的行为本身而不是来自疫苗。所以对于HPV疫苗的副作用，可以说没有，或者说至今还不是很明确。