按蛋白酶水解蛋白质的方式可分为以下几种。
(1)切开蛋白质分子内部肽键,生成相对分子质量较小的多肽类,这类酶一般叫内肽酶;
(2)切开蛋白质或多肽分子氨基或羧基末端的肽键,而游离出氨基酸,这类酶叫外肽酶。作用于氨基末端的称为氨肽酶,作用于羧基末端的称为羧肽酶;
(3)水解蛋白质或多肽的脂键;(4)水解蛋白质或多肽的酰氨键。
