如果存在细胞系之间发生交叉污染，而且鉴定用的细胞可能有两种以上的细胞系时，那么在进行STR位点检测的时候，多个位点会出现两个以上的峰。峰高值表示该等位基因的信号强度，理论上峰值与样本的DNA浓度有直接的关系。因此，存在交叉污染的混合细胞系中，其中一个位点中某些峰会明显高于其他的峰，其中大峰是属于混合细胞系中那个主要细胞系，而小峰则属于那个次要细胞系。值得注意的是，当发生两个或以上细胞混合的时候，检测结果看起来非常像细胞系的“遗传不稳定”——当一个细胞系存在亚群时，尤其是一些癌细胞系，由于遗传不稳定的存在，在一些位点的STR特性会不同。因此经验丰富的分子专家是非常重要的，他能够帮助分析复杂的电泳图谱（STR峰图），从而判断是否由于发生细胞系交叉污染而导致多等位基因情况。