1、“作为重组DNA载体的重要标记”举例：大肠杆菌的某种质粒具有青霉素抗性基因（该基因可以认为是标记基因），当这种质粒与外源DNA组合在一起形成重组质粒，并被转入受体细胞后，就可以根据受体细胞是否具有青霉素抗性来判断受体细胞是否获得了目的基因。当人们用选择培养基（比如含有青霉素的培养基），来培养受体细胞时，能够在培养基中存活下来的受体细胞就可以认为是成功的导入了外源DNA，标记基因就起作用了。
2、“作为目的基因的细胞定位工具”举例：通过将可定位检测的标记基因（只要已知其序列，既可针对设计标记探针，从而对其进行细胞定位）与目的基因进行连锁，当成功转化目的基因，该基因同时又成功表达后，既可间接对其进行定位；或者已知目的基因（该基因本身就处于某细胞中）周边序列，通过针对这些序列设计可插入标记基因，继而对该标记基因进行检测，也可间接对目的基因定位。