PFGE：脉冲电场凝胶电泳（pulsed-field gel electrophoresis），在脉冲电场中，DNA分子的迁移方向随着电场方向的周期性变化而不断改变。
在标准的PFGE中，第一个脉冲的电场方向在另一侧成45°夹角。由于琼脂糖凝胶的电场方向、电流大小及作用时间都在交替变化，使得DNA分子能够随时调整其游动方向，以适应凝胶孔隙的无规则变化。与相对分子质量较小的DNA相比，相对分子质量较大的DNA需要更多的脉冲次数来更换其构型和方位，使其按新的方向游动。应用脉冲电场凝胶电泳技术，可成功分离到高达7MB的DNA大分子。