在现代研究技术，如荧光显微镜，流式细胞仪和蛋白质芯片技术中，抗体仍然扮演着非常重要的角色。但依赖于抗体的蛋白质检测存在一些缺点，其中最大的限制就是，抗体的可用性和质量差别很大。一些大规模项目，比如人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas），Antibodypedia，以及美国NIH研究院的Health Protein Capture Reagents Program等，都在通过分析人类蛋白靶标有关的抗体的系统生发和特征，来寻找解决这些问题的方法。
不过还有另一条路——质谱，这也许是蛋白组学研究中最熟悉的一种技术了，这种方法能用于特异性分析靶标兴趣蛋白。在最成熟的定向分析技术，也就是选择反应监控技术（selected reaction monitoring，SRM）中，一种称为三重四极杆质谱仪（triple quadrupole）技术的质谱方法能检测到独一无二的特异性肽段，帮助研究人员高灵敏度，可重复性的定量监测这些蛋白。同期Nature Methods杂志的另外一篇“Mass spectrometry–based targeted proteomics”文章，简要介绍了这项技术的总体情况，对比介绍了以发现为基础的蛋白质组学分析的定向质谱技术流程，作为一种入门材料，值得一看。
定向蛋白质组的核心是利用串联四级杆质谱特有的MRM扫描方式来定向检测蛋白质，通过软件计算要检测蛋白质的肽对应的母子离子对，用串联四级杆质谱进行MRM扫描，得到MRM色谱峰，一般还会进行MSMS扫描，以对这些肽的MRM进行序列确认，或利用 MSMS进行定性和翻译后修饰位点检测等。