1.一期愈合
发病后应及早切除、通畅引流；准确寻找并处理肛隐窝（即内口）的感染，可达到一期愈合，不形成肛瘘者，无需再次手术。
2.多次手术
肛瘘分次手术切开排脓后，或一次性根治术未能彻底处理内口，最终形成高位肛瘘者，需再次进行手术。
3.全身性感染
4.其他
如直肠后间隙脓肿导致的全身性感染不能早期及时治疗，最终可引发全身性脓毒血症和败血症，甚至危及生命。诊断及治疗方面的延误（大多数延误1周以上时间）和患有相关疾病（糖尿病、肥胖、恶性肿瘤、AIDS、结合及免疫损害）是引发全身性感染的主要因素。
