18650锂电池的最大的缺点就是他的体积已经固定好了，装在一些笔记本或是一些产品时候不是很好定位，当然这个缺点也可以说是优点，这是相对其他聚合物锂电池等锂电池的可定制和可变换大小来讲这就是一个缺点了。而相对于一些指定电池规格的产品来说又成了一个优势所在。
18650锂电池生产均需要有保护线路，防止电池被过分充量而导致放电。当然这个对于锂电池来说都是必须的，这也是锂电池的一个通弊，因为锂电池采用的材料基本都是钴酸锂材料，而钴酸锂材料的锂电池不能大电流放电，安全性较差。
18650锂电池的生产条件要求高，相对于一般的电池生产，18650锂电池对生产条件要求很高，这无疑增加了生产成本。