蓝细菌广泛分布于自然界，包括各种水体、土壤中和部分生物体内外，甚至在岩石表面和其他恶劣环境(高温、低温、盐湖、荒漠和冰原等)中都可找到它们的踪迹，有“先锋生物”之美称。它们在岩石风化、土壤形成以及水体生态平衡中起着重要的作用。另外，蓝细菌具有经一定经济价值，包括许多食用种类，如普通木耳念珠蓝细菌(即葛仙米，俗称地耳，N．commun)、盘状螺旋蓝细菌(Spirulina platensis)、最大螺旋蓝细菌(Smaxima)等，后两种已开发成有一定经济价值的“螺旋藻”产品。
