抗原通常具有两大特征，一个是本身能够诱导机体产生抗体，诱发免疫反应，另一个是抗原抗体结合后发生免疫反应的能力。当衣原体具有这些抗原的特性时，就叫做衣原体抗原。衣原体抗原的检测方法通常有以下几种：
1、抗原检测，也就是平常说的ELISA方法，这个方法在临床中经常使用，具有对抗原敏感、简便、快速的优点，不过会与细菌有交叉反应，因此可出现假阳性，尤其是鼻咽部标本。
2、核酸检测，就是平常说的PCR方法，通过检测衣原体的DNA，从标本中直接鉴定出衣原体的种类。
3、抗体检测，生殖道感染且无并发症患者，可产生低度的抗体，常用的方法有补体结合试验、微量间接免疫荧光试验、直接荧光抗体等方法。