原核生物的翻译要靠核糖体30S亚基识别mRNA上的起始密码子AUG，以此决定它的可译框架，AUG的识别由fMet-tRNA中含有的碱基配对信息（3'-UAC-5')来完成。原核生物中还存在其他可选择的起始密码子，14%的大肠杆菌基因起始密码子为GUG，3%为UUG，另有2个基因使用AUU。这些不常见的起始密码子与fMet—tRNA的配对能力较AUG弱，从而导致翻译效率的降低。有研究表明，当AUG被替换成GUG或UUG后，mRNA的翻译效率大大降低了。
