核酸疫苗免疫接种的方法主要分为三种：
①可产生高转染效率的途径，如肌肉接种；
②转染效率虽不高，但是经常被用于实验动物接种的途径，如皮下、腹腔内接种；
③转染效率不高，但有高水平的局部免疫监视，如皮肤、呼吸道接种。一般地，用注射器直接注射要求DNA为10～200ug枪注射要求的DNA量可少至亚纳克级。
