本病主要发生于老年男性白人，但女性和所有各种族均易感。大部分病人有腹泻或吸收不良的其他胃肠道症状，但一些人仅表现为关节或神经系统症状。肠道外的症状包括关节炎、发热、咳嗽、痴呆、头痛和肌肉无力的表现很常见，可掩盖胃肠道症状。可发生显著的或隐匿性胃肠道出血，这点不同于其他大多数吸收不良疾病。由于淋巴结引起淋巴管引流受阻，可发生蛋白丢失性肠病（引起低蛋白血症和水肿）。
当胃肠症状明显时，诊断依赖于对临床综合征的认识、吸收不良的证据和小肠活组织检查。如果病人以关节炎、发热或神经系统症状的表现而无肠道的症状，诊断是困难的。
必须仔细将Whipple病的活检与AIDS病人感染细胞内鸟型分枝杆菌（MAI）的活检区分开来。两种病均是固有膜PAS阳性巨噬细胞的浸润。然而，MAI是一种耐酸的细菌，而Whipple菌则不是。也可用电镜区别这两种疾病。