真菌性心内膜炎的诊断常较困难，根据临床表现常难与细菌性心内膜炎相鉴别。
实验室异常发现，包括贫血、白细胞数计数异常、血沉增快、蛋白尿和显微镜下血尿或脓尿常见，但为非诊断性表现。如果怀疑真菌性心内膜炎，血培养基中发现的革兰阴性菌株可能提供重要的诊断线索。曲菌心内膜炎患者血培养经常阴性的原因可能是病原体以菌丝团的形式生长，后者很少断裂而进入血液中。使用裂解-离心培养系统可能提高血培养的阳性率，尤其对念珠菌所致的感染，可在怀疑念珠菌性心内膜炎而常规血培养阴性时采用。
