1.全身性治疗 积极处理潜在的病因，可能时停用类固醇、抗生素及免疫抑制药物。努力纠正营养，重要的是扭转全身免疫功能不全。最常用的药物有制霉菌素、两性霉素B。也可单独或联合应用咪唑类抗真菌的衍生物如克霉唑、益康唑、咪康唑及酮康唑。
2.手术治疗 念珠性食管炎造成的食管狭窄的处理与其他良性狭窄造成者相同。标准治疗方法是扩张,偶有狭窄严重者，须用胃或结肠行分流术。
