尚未阐明促进M细胞分化的因素，但据认为它们是对正在发育的Peyer斑中发现的免疫细胞的信号产生反应的。B细胞与M细胞的发育有关，因为它们也大量位于滤泡相关上皮（FAE）中。缺乏B细胞种群的FAE导致Peyer斑块内衬的M细胞数量减少。类似地，还已知人淋巴瘤细胞系经历从腺癌细胞向M细胞的转变。
尽管许多研究已经表明了指导M细胞分化的各种细胞类型，但新的研究对引导M细胞分化的分子途径进行了表征。最近，通过功能丧失和拯救表型研究，RANKL被证明是NF-κB配体的受体激活剂，并在M细胞分化中发挥作用。RANKL在整个小肠中表达，促进诸如沙门氏菌等病原体的摄取，并且是最关键的M细胞分化因子。在肠道上皮细胞中发现的微生物可指导M细胞发育。例如，III型分泌系统效应蛋白SopB激活了M细胞从肠细胞的转变。微折细胞在达到完全成熟之前要经历分化过程长达四天。最近的研究表明，它们明显来自淋巴和髓系。
病原体可以利用细胞分化途径来侵入宿主细胞。这是通过在肠上皮细胞中诱导肠上皮细胞分化为M细胞类型来实现的。在一种情况下，上述SopB效应蛋白被分泌出来，通过在这些细胞中上皮向间充质转变的启动，触发位于FAE中的肠细胞的快速分化。当SopB激活肠细胞的分化时，它通过Wnt / b-catenin信号通路的激活而起作用，并触发RANKL及其受体，参与调节细胞凋亡。
