染色（免疫荧光）
10. 晾干切片，使用免疫组化笔标出类器官切片的部分。
11. 使用适合的封闭缓冲液在室温封闭1小时（或按照常用的封闭方法进行封闭）。
12. 加一抗，室温孵育2小时，或在4度孵育过夜。
13. 用PBS清洗2次，每次2分钟。
14. 加二抗，室温孵育1小时。避光。
15. 用PBS清洗两遍，用dH2O清洗一遍。每次2分钟，晾干。
16. 在每个切片上加一滴含DAPI的ProLong® Gold防猝灭封固剂，轻轻覆盖一片盖玻片。用一个200 µL枪头轻压盖玻片，压出气泡。静置10-15分钟。
17. 使用透明的指甲油封上载玻片，晾干15分钟。
18. 使用荧光显微镜观察。
染色（H&E）
19. 把类器官部分放在haematoxylin里5分钟，然后使用自来水清洗1分钟 。
20. 对类器官切片进行染色（如苏木精染色），可以用碳酸锂或“Scott’s tap water” 染色1分钟，然后用自来水清洗一分钟。
21. 将切片放在1% acid alcohol里30秒，用自来水清洗1分钟。
22. 把切片放入eosin（伊红）内染色5分钟，用自来水请洗1分钟。
23. 脱水：使用95% 乙醇脱水10分钟×2。使用100% 乙醇脱水3分钟×2。使用二甲苯脱水5分钟×3。
24. 使用封固剂将切片固定，用指甲油密封。
染色（阿尔新蓝）
a) 3% 醋酸溶液：冰醋酸 3 mL，dH2O 97 mL
b) 阿尔新蓝溶液（Alcian Blue solution） pH 2.5：dH2O 97 mL，3% 醋酸溶液 3 mL，阿尔新蓝 （Alcian Blue）1 g，使用蒸馏水溶解染料，加酸搅匀。用醋酸溶液来调整pH，过滤*。避光保存。
*使用阿尔新蓝溶液（Alcian Blue） 前一定要过滤
c) 0.1% 核固红
25. 将切片放入3% 醋酸溶液3分钟（用来当媒染剂）。
26. 使用过滤后的阿尔新蓝溶液（Alcian Blue） pH 2.5室温染色30分钟。
27. 使用自来水清洗2分钟。
28. 用蒸馏水冲洗。
29. 使用0.1% 核固红复染2到5分钟。
30. 用自来水冲洗2分钟。
31. 使用二甲苯脱水，清洗
70% 乙醇 - 2分钟
95% 乙醇 - 2分钟×2
100% 乙醇 - 2分钟×2
二甲苯 - 3分钟×2
32. 使用合成永久性封固剂固定切片。这个步骤需在通风柜内完成。固定前，把切片置于二甲苯中。保持湿润。切片上有二甲苯有利于封固剂的固定。
注意：使用不同pH的阿尔新蓝（ Alcian Blue）可检测更酸性或更硫酸化粘蛋白（sulfated mucins）。但若要检测这些蛋白，需使用不同的酸进行溶解。
阿尔新蓝（Alcian Blue）pH 1.0：使用90 mL的蒸馏水里和10 mL的1N盐酸（hydrochloric acid）溶解1g的阿尔新蓝（Alcian Blue）。
配制1N盐酸：蒸馏水 915 mL，浓盐酸（concentrated hydrochloric acid) 85 mL
阿尔新蓝 （Alcian Blue） pH 0.2：使用100 mL的10% 硫酸（sulphuric acid）溶解把1 g的阿尔新蓝（Alcian Blue）
配制10% 硫酸溶液：蒸馏水 90 mL，浓硫酸 10 mL
当使用强酸染料溶液时，将复染核固红之前的清洗改为排酸并用纸吸干。