红外光谱区通常是指波数(υ)为4000cm-1-200 cm-1的中红外区，用这样的红外光通过样品，再测量在各种波数下透过样品的光强度，由仪器记录下来的曲线，即为红外光谱，其横坐标是波数，纵坐标是光的透射率。红外光谱图上每一个吸收峰都相应于物质分子中原子或者官能团振动的情况。在糖类化合物结构研究中，红外光谱可以区分吡喃糖和呋喃糖，确定多糖分子中各种吡喃搪的糖苷键构型，如果多糖分子中存在甘露糖苷，则一定有810 cm-1和870 cm-1的特征吸收峰，而且红外光谱可以应用于定量分析取代型多糖，对于研究较难找到合适溶剂的取代型多糖的结构具有重要意义。
菊糖在1027 cm-1处出现一个较大吸收峰，这是由C-O伸缩振动υC-O引起，或者由一级醇的O-H变角振动引起，因此菊糖分子存在C-O-H和糖环C-O-C结构。1652 cm-1是糖分子中羰基C=O的伸缩振动吸收；935 cm-1是呋喃环的对称伸缩振动吸收，871 cm-1是糖分子中次甲基CH2-的横向振动吸收。
糖类存在分子间或者分子内氢键，O-H伸缩振动在3600-3200 cm-1出现宽峰。没有氢键的二级O-H吸收峰在3630 cm-1附近，分子内氢键在3560 cm-1附近，分子间氢键在3400 cm-1以下。菊糖在3374 cm-1处出现一个宽峰，这是由O-H伸缩振动υO-H引起，说明分子结构存在分子间氢键。
羧甲基菊糖与菊粉的IR图谱比较，除了多糖母体的特征吸收峰得以保留外，主要差别在1255 cm-1和819 cm-1处。菊粉在这两处均无明显吸收，经羧甲基改性后出现强吸收峰。其中1255 cm-1 C=O的伸缩振动，813 cm-1为糖环C-O-C的伸缩振动，这些是羧甲基的特征吸收峰。此外，3374 cm-1附近的羟基吸收峰有所降低，并且向高波数方向移动，表明部分羟基已被酯化，以上均表明多糖链中已引入羧甲基基团。
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