蛋白质序列分析和结构预测

【实验目的】

　　1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；

　　2、熟悉蛋白质基本性质分析；

　　3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；

　　4、了解蛋白质结构预测。

【实验内容】

　　1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（adiponectin）蛋白质序列；

　　2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；

　　3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；

　　4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；

　　5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。

【实验方法】

1、人脂联素蛋白质序列的检索：
　　（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez；

　　（2）在Search后的选择栏中选择protein；

　　（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；

　　（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；

　　（5）点击序列接受号NP_004788 （adiponectin precursor； adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens]）后显示序列详细信息；

　　（6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；

2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：
　　打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino  Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择protein后，点击Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平；

3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：
　　（1）进入NCBI/Blast网页；

　　（2）选择Protein-protein BLAST （blastp）；

　　（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；

　　（4）点击BLAST；

　　（5）查看与之同源的蛋白质；

4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：
　　（1）进入网页；

　　（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；

　　（3）点击Scan；

　　（4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）；

5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：
　　（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址：（The  PredictProtein Server）；

　　（2）在You can栏点击default；

　　（3）填写email地址和序列名称；

　　（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit；

　　（5）从email信箱查看分析结果；

6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：
　　（1）进入（SwissModel First Approach Mode）网页；

　　（2）填写email地址、姓名和序列名称；

　　（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；

　　（4）点击Send Request；

　　（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。

【作业】

　　1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；

　　2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。