顾名思义,间充质祖细胞起源于中胚层。这些细胞,来源于中胚层形成的情况下,特别是从形成胚胎干细胞通过诱导通过BMP4和成纤维细胞生长因子FGF2,而胎儿是子宫内。有人提出用这些生长因子分化胚胎干细胞可以防止干细胞在注射到潜在患者体内后形成畸胎瘤或干细胞引起的肿瘤。