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主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究

1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（COD 编号：2100207[1]），采用ChemBioDraw 画出客体的化学结构。 采用UCSF Chimera[3]处理主客体结构，去除β-CD晶体结构中的冗余原子，得到β-CD和客体分子的三维结构。对于主客体结构均采用Dock Prep模块添加氢原子，分别添加AMBER14SB 力场和AM1-BCC 电荷[4, 5]，然后对主客体结构分别进行能量优化。 采用Chimera 中的DMS 工具以半径为1.4Å 的探针生成主体分子的表面，使用sphgen 模块生成填充在空腔中的球状集合（......阅读全文