主体分子β环糊精（βCD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（COD 编号：2100207[1]），采用ChemBioDraw 画出客体的化学结构。采用UCSF Chimera[3]处理主客体结构，去除β-CD晶体结构中的冗余原子，得到β-CD和客体分子的三维结构。对于主客体结构均采用Dock Prep模块添加氢原子，分别添加AMBER14SB 力场和AM1-BCC 电荷[4, 5]，然后对主客体结构分别进行能量优化。采用Chimera 中的DMS 工具以半径为1.4Å 的探针生成主体分子的表面，使用sphgen 模块生成填充在空腔中的球状集合（Spheres），使用Grid 模块生成Gri......阅读全文
主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明 研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。 图1.cinnarizine 2.计算方法 从Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的对接研究
1.项目说明研究主体分子β-环糊精（β-CD）与客体分子cinnarizine的结合模式、相互作用力和结合位点。图1.cinnarizine2.计算方法从Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下载β-环糊精（CO
什么是分子对接？
分子对接是通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。主要研究分子间(如配体和受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法.近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术。
基于环糊精主客体识别的自组装纳米材料研究综述
中国科学院成都生物研究所高分子自组装课题组长期致力于基于环糊精主客体识别的自组装纳米材料研究，在近年来取得了一系列引人注目的科研成果并引起了国内外同行的广泛关注。应自组装领域专家Prof. Feihe Huang （Zhejiang University， China）、Steven Zimme
分子对接技术的主要方法
各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子
分子对接技术流程介绍
蛋白与小分子的对接受体结构准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；药物分子准备；对接口袋的确定蛋白与蛋白的对接蛋白结构模型准备：通过数据库下载或同源建模构建受体三维结构；对接，一般生成数万种pose如果知道某些残基参与结合，那么可以对对接pose进行过滤对对接POSE进行重新打分并排序，挑选
超分子前药mPEG-β-CD/Fc-CPT的自组装及释放行为研究获进展
刺激响应性聚合物胶束可以对诸如pH、温度、光照、氧化剂、酶以及超声辐照等外界环境的刺激做出反馈性响应，以其优异的控制释放功能而在药物传输体系中表现出极具前景的潜在应用。其可针对肿瘤细胞与正常组织的生物学差异选择性释药，有效地降低了抗肿瘤药物对正常细胞的毒副作用，大大提高药物的利用率。但是，由于肿
环糊精的改性的问题介绍
由于α-CD分子空洞孔隙较小,通常只能包接较小分子的客体物质,应用范围较小；γ-CD的分子洞大,但其生产成本高,工业上不能大量生产,其应用受到限制；β-CD的分子洞适中,应用范围广,生产成本低,是工业上使用最多的环糊精产品。但β-CD的疏水区域及催化活性有限,使其在应用上受到一定限制。为了克服环
分子对接计算中如何确定对接口袋？
在一般的分子对接计算中，一个不可或缺的步骤是定义配体分子（通常为有机小分子）的结合位置，即对接口袋。对于蛋白-小分子复合物X-ray晶体结构，口袋内就有一个配体，它为我们指示了对接口袋的位置。但还有很多X-ray晶体结构、NMR解析的结构没有配体结构，我们该如何确定对接口袋呢？更一般地，对于核酸
分子对接技术的起源及方法
分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基