昆明动物所等发布超大规模进化树构建软件
近日，中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合，相关的软件和网站服务发布在http://lab.malab.cn/soft/HPtree/上，软件可以安装在亚马逊（Amazon Cloud）等云计算平台。其技术报告发表在BMC System Biology上。 进化树，也称生物系统发育树或生命树。这一概念最早发源于19世纪中叶的古生物学研究，达尔文在《物种起源》中勾画了最早的进化树之一。对进化树广泛研究和构建则始于20世纪90年代，特别是在最近20年间，基因测序技术以及分子进化研究使得构建进化树成为进化生物学研究不可或缺的技术。达尔文进化论核心思想之一是地球上生命“同根”，即......阅读全文
巨型病毒点燃进化树之争
进化生物学家从来都不知道是什么制造了病毒，对它们的起源争论了十几年。但一组叫作Klosneuviruses的巨型病毒的新发现可能是“缺失的环节”，有助于解决争论——或者引发更多的争论。 2003年，研究人员报道发现了巨型病毒，并将其命名为Mimiviruses。其携带的基因表明，它们的原型可以
Science：鸟类进化树被改写
目前的鸟类进化树正在被美国最大的鸟类遗传学研究所改写。这项研究挑战了目前的分类，改变了我们对鸟类进化的认识，并提供了进行鸟类系统发育和比较研究的珍贵资源。 鸟类是目前研究得最多的动物之一，我们关于生物学的很多知识，从自然史到生态学、物种形成、繁殖等等，都来源于鸟类。尽管如此，鸟类的进化树还是备受争
PNAS：科学家构建肿瘤“进化树”
一个肿瘤内的个体细胞并不全是相同的。这可能听起来像是一个现代医学真理，但很久以前并不是这样，当时医生认为，从患者肿瘤采集的单一活检标本，能准确地反映整个肿瘤的生理和遗传构成。 研究人员开始意识到，癌症这种疾病是由相同的“适者生存”力量所驱动的，达尔文提出，适者生存推动了地球上生命的进化。然而，
NEJM：利用基因测序谱写“肿瘤进化树”
近几年来，肿瘤产生耐药突变以逃逸靶向治疗的假说已被业内科学家所默认。最近一段时间，几项重要的研究对这一假说进行了充分的证实，肿瘤学家Charles Swanton领导的肺癌癌症进化阻断计划（TRACERx）让耐药逃逸的假说逐渐为更多人所认可。 为了使TRACERx计划能够充分证实部分肿瘤细胞耐
《科学》：大规模遗传研究重塑鸟类进化树
朝确定鸟类谱系中主要分枝间进化关系的目标迈出了巨大一步 美国科学家近日进行了一项迄今为止规模最大的鸟类遗传学研究，重塑了鸟类进化树。这一研究的范围颇为广阔，许多鸟类的学名将会因之而改变，而生物学教科书和观鸟爱好者指南也不得不进行修订。相关论文发表在6月27日的《科学》（Science）杂志上。
BMC System Biology发布超大规模进化树构建软件
中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整合，相
昆明动物所等发布超大规模进化树构建软件
近日，中国科学院昆明动物研究所马占山团队与天津大学教授邹权、厦门大学科研人员联合发布了为千兆(GB)级基因序列数据构建进化树的软件HPTree。该软件使用谷歌Hadoop并行技术和美国加利福尼亚大学伯克利分校Spark集群大数据技术作为并行处理平台，利用计算机集群对基因序列大数据进行分割处理和整
研究者构建了哺乳动物进化树中的更多分支
近日，在一项发表在PLOS Biology杂志上的新研究中，美国耶鲁大学的研究人员公布了一项对物种数据收集和分析方法的全面改革，以构建哺乳动物的生命进化树。该研究的目的是为科学家、动物保护管理者、政策制定者和环保主义者提供关于物种多样性过去与现在关系的更准确更全面的信息。 该研究第一作者、耶鲁
基于108种樟目植物基因组及序列构建九分支系统进化树
樟科（Lauraceae）是被子植物木兰亚纲（Magnoliidae）的重要类群，约有60属3500种，占木兰类植物种类的三分之一。当前，樟科分类系统问题尚未解决，先前基于部分形态学特征建立的无根藤亚科和樟亚科，以及樟亚科中的厚壳桂族、鳄梨族和月桂族备受争议。 为了确定樟科植物的族（tribe
多重序列比对及系统发生树的构建实验（二）
2. 文件outfile改为infile。点击DNADIST程序。选项M是输入刚才设置的republicate的数目，输入D选择data sets，输入200。设置好条件后，输入Y确认参数。程序开始运行，并在EXE文件夹中产生outfile，部分内容如下：将outfile文件名改为infile，为