靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...(一)

靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行DNA质控靶向序列捕获和新一代测序前对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行 DNA 质量控制 作者Melissa Huang Liu安捷伦科技有限公司美国加利福尼亚州拉霍亚Maria Celeste Ramirez安捷伦科技有限公司美国加利福尼亚州圣克拉拉摘要本文将介绍利用 Agilent 2100 生物分析仪系统的微控流芯片电泳,在新一代测序工作流程的 SureSelect 靶向序列捕获之前或期间,对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织的 DNA 样品进行质量控制。借助 2100 生物分析仪系统可靠的 DNA 电泳技术,可提供弥散条带谱及详细的文库统计信息,例如峰高、平均弥散条带分子量、分子量分布和 DNA 浓度。FFPE DNA 样品的结果与新鲜冷冻组织和对照 DNA 的 DNA 分析结果具有可比性。前言最常用的临床样品保存和存档方法之一......阅读全文

靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...(一)

靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行DNA质控靶向序列捕获和新一代测序前对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行 DNA 质量控制 作者Melissa Huang Liu安捷伦科技有限公司美国加利福尼亚州拉霍亚Maria Celeste Ramirez安捷伦科技有限公司美国

靶向序列捕获和新一代测序前对石蜡包埋组织及...(二)

捕获前扩增四个 DNA 样品按照样品前处理工作流程(图 1)进行进一步处理。对捕获前扩增样品进行五次 PCR 循环,然后采用 DNA 1000 试剂盒在 2100 生物分析仪上进行分析(图 3)。 图3. 使用 Agilent 2100 生物分析仪及安捷伦 DNA 1000 试剂盒分析所得的捕获前扩

组织石蜡包埋和切片技术

包埋剂embedding agent   在制作切片或超薄切片时,由于组织是柔软的,或局部的软硬不均,这样制作厚薄均匀的切片是困难的。所以有必要用一定物质浸透组织内部,整个组织一样硬化,以利于切成薄片,这种物质叫做包埋剂。一股用光学显微镜观察的切片,用石蜡、火棉胶、炭蜡、明胶等作包埋剂;电子显微镜则

安捷伦科技针对新一代测序仪的靶向序列捕获技术提速四倍

  2012 年 3 月 26日,加利福尼亚州圣克拉拉市——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)推出了 HaloPlex 靶向序列捕获系统的加速版本,该版本适用于台式测序仪。使用该系统后,从前需要大约 24 小时才能完成的实验方案,现在不到 6 小时便可轻松结束。这就意味着,用户可在一

石蜡包埋组织样本的制备

实验材料 组织胰蛋白酶试剂、试剂盒 二甲苯乙醇生理盐水仪器、耗材 尼龙网实验步骤 1. 把石蜡包埋组织切成 40~50 μm 厚的组织片 3~5 片,或用乳钵研成 0.5 mm 直径大小颗粒状,放入 10 ml 的试管中。2. 加入二甲苯 5~8 ml 时,在室温下脱蜡 1~2 d,视石蜡脱净与否,

石蜡包埋组织样本的制备

实验材料组织胰蛋白酶试剂、试剂盒二甲苯乙醇生理盐水仪器、耗材尼龙网实验步骤1. 把石蜡包埋组织切成 40~50 μm 厚的组织片 3~5 片,或用乳钵研成 0.5 mm 直径大小颗粒状,放入 10 ml 的试管中。2. 加入二甲苯 5~8 ml 时,在室温下脱蜡 1~2 d,视石蜡脱净与否,更换 1

石蜡包埋组织DNA提取方法

近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突瘘和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表过和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义

石蜡包埋组织的DNA提取

近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突瘘和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表过和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。

普通组织石蜡包埋切片步骤

  1、取材:新鲜组织固定于4%多聚甲醛24h以上。将组织从固定液取出在通风橱内用手术刀将目的部位组织修平整,将修切好的组织和对应的标签放于脱水盒内。  2、脱水:将脱水盒放进吊篮里于脱水机内依次梯度酒精进行脱水。75%酒精4h-85%酒精2h-90%酒精2h-95%酒精1h-无水乙醇I 30min

石蜡包埋组织的DNA提取方法

近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突瘘和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表过和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。

石蜡包埋的组织可以放多久

石蜡包埋的组织在研究后,切片在室内可以保存3个月以上。低温可以延长石蜡包埋组织的保存期,石蜡包埋组织样本一般可在10℃-30℃条件下保存3年,而使用核酸提取试剂提取后的核酸标本,根据不同方案的要求,DNA样本保存于-20℃以下,RNA样本保存于-70℃以下,一般不超过6个月。石蜡包埋的组织块放置或保

石蜡包埋组织的DNA提取及其应用

近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突变和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表达和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意义。

石蜡包埋组织DNA提取的基本方法

  从石蜡包埋组织中提取DNA的基本步骤,是在常规DNA提取方法的基础上改良和演变而业。Goelz等(1985)最先提出的石蜡包埋组织DNA提取技术,是用机械的方法破碎组织,切除多余的石蜡,进入含SDS和高浓度蛋白酶K(1mg/ml)的提取缓冲液加温孵育,然后进行苯酚和氯仿抽提。 所得DNA虽不完整

石蜡包埋组织的DNA提取及其应用

  近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突变和DNA甲基化类型改变等时有发生,这些改变对于基因表达和调控,以及疾病过程的发展与转归等方面均具有重要意

石蜡包埋组织DNA提取的基本方法

石蜡包埋组织的DNA提取蜡包埋组织DNA提取的基本方法影响DNA提取质量的因素提高DNA提取质量的方法  近10年来,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸领域,为了解病理状态下基因组DNA的变化积累了新资料。目前认为,人类基因组并非人们想像的那样稳定,诸如基因重排、扩增、缺失,突瘘和

安捷伦推出高灵敏度NGS-靶向序列捕获解决方案

安捷伦科技公司推出全新的高灵敏度 NGS 靶向序列捕获解决方案全新解决方案可简化工作流程并消除测序误差  2017年7月19日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所: A)今日宣布推出最新的新一代测序 (NGS) 文库制备解决方案 Agilent SureSelectXT HS,这是一款完整的靶向序列

安捷伦:用于RNA测序的文库制备与靶向序列捕获解决方案

简化的RNA和DNA测序解决方案,用于精简临床NGS  2020年9月1日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日宣布推出SureSelect XT HS2 RNA试剂盒。该解决方案采用模块化设计,为RNA 和 DNA样品提供了一种简单的平行分析方法,从而确保客户能够简化并整合其工作流程,而无

普通组织石蜡包埋切片的注意事项

  1、固定剂应有足够的量,一般为组织块体积的10∽15倍。  2、根据组织的不同和实验目的的不同,选取不同的固定剂。  3、固定时间依材料大小、固定剂种类而异,可从1小时到几时小时,有时中间需要更新固定剂。某些固定剂对组织的硬化作用较强,作用时间应严加控制,不能过长。  4、取材切面要平整,厚度不

石蜡包埋法的人体组织是否可作为

可以,联邦法律允许使用这些材料。只要向研究人员提供的材料上没有识别标记(如病号名字和代码等),法律就允许在研究中使用这种临床材料。但是也有观点认为因为DNA指纹可以准确地将捐献者与组织材料联系起来。他们认为,即使这种识别技术是昂贵和繁琐的,还是有可能通过这种识别技术找到捐献者,所以不可能匿名。

从石蜡包埋固定的组织中制备-RNA-实验

实验材料 石蜡包埋的组织样品试剂、试剂盒 甲酰胺消化缓冲液乙醇肝糖异丙醇苯酚 氯仿蛋白酶 KTrizol二甲苯仪器、耗材 微量离心管恒温箱实验步骤 一、材料1. 缓冲液、溶液和试剂去离子化的甲酰胺焦碳酸二乙酯(DEPC) 处理过的水消化缓冲液(lmol/L 异硫氰酸胍,25 mmol/Lβ-巯基乙醇

利用石蜡包埋组织鉴定染色体非整倍体

实验材料待检石蜡包埋组织试剂、试剂盒二甲苯乙醇胃蛋白酶溶液PBS2 X SSC丙酮生物素杂交液洗脱液0.1 XSSC溶于磷酸缓冲液中的去垢剂仪器、耗材带刀片切片机锥底玻璃离心管转筒形转头水浴箱注射器单纤丝尼龙过滤网染缸玻璃盖玻片乳胶黏合剂恒温箱孵育玻片的湿盒实验步骤展

从石蜡包埋固定的组织中制备-RNA-实验

            实验材料 石蜡包埋的组织样品 试剂、试剂盒 甲酰胺 消化缓冲液 乙醇 肝糖

从石蜡包埋固定的组织中制备-RNA-实验

该方案是由 Godfrey 等改进 Fisher 的方案发表的。此前已有从固定组织中纯化 RNA 的方案发表。Ambion 和 Roche 发明了从石蜡包埋的组织中纯化 RNA 的商品化试剂盒。本实验来源于 PCR 实验指南(第二版),作者:种康,瞿礼嘉。实验材料石蜡包埋的组织样品试剂、试剂盒甲酰胺

组织和胚胎固定及包埋实验

实验材料 器官试剂、试剂盒 多聚甲醛石蜡已传二甲苯仪器、耗材 玻璃瓶培养箱巴斯德吸管包埋提环包埋模具实验步骤   将已解剖的器官或胚胎置于写有标签的20 ml 螺口玻璃小瓶中(经硅烷化处理的玻璃瓶专用于小量样品的处理),如入4℃新鲜配制的4%PFA,置4℃固定至所需时间止。2.  于60℃烘箱中熔化

组织和胚胎固定及包埋实验

实验材料器官试剂、试剂盒多聚甲醛石蜡已传二甲苯仪器、耗材玻璃瓶培养箱巴斯德吸管包埋提环包埋模具实验步骤1.  将已解剖的器官或胚胎置于写有标签的20 ml 螺口玻璃小瓶中(经硅烷化处理的玻璃瓶专用于小量样品的处理),如入4℃新鲜配制的4%PFA,置4℃固定至所需时间止。 2.  于60℃烘箱中熔化石

安捷伦推出新产品完善靶向序列捕获系统

安捷伦科技推出新一代测序样品制备、靶向富集和自动化方案,完善靶向序列捕获系统    2010 年 11 月 3 日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日发布新一代测序产品的新成员——,继续保持快速的新产品推出步伐。SureSelect XT 在成熟可靠的 SureS

液相序列捕获系统与高通量测序

Nature Biotechnology 2009年2月封面文章:基于安捷伦寡核苷酸序列合成技术的液相序列捕获系统 – 高通量平行靶向测序的最佳解决方案来自美国麻省理工学院和哈佛大学Broad研究院的研究人员,利用安捷伦(Agilent Technologies)卓越的寡核苷酸序列合成技术,合成

安捷伦推出首款商业化测序外显子靶向序列捕获试剂盒

安捷伦科技针对模式生物,推出世界首款 商业化下一代测序外显子靶向序列捕获试剂盒     2011 年 1 月 19 日,北京——安捷伦科技公司(纽约证交所:A)今日推出 ,这是全球首款可用于模式生物外显子靶向序列捕获的商业化系统,用以简化下一代测序实验。      日本 RIKEN

从福尔马林固定、石蜡包埋的组织中提取RNA

            试剂、试剂盒 R N A 消化液 β-巯基乙醇 蛋白酶 K(20 mg ml) 水平衡苯酚 氯仿 糖原 TE

从福尔马林固定、石蜡包埋的组织中提取RNA

试剂、试剂盒 R N A 消化液 β-巯基乙醇 蛋白酶 K(20 mg ml) 水平衡苯酚 氯仿 糖原 TE 缓冲液异丙醇无水乙醇乙醇 DEPC 水实验步骤 一 材料与设备1)RNA 消化液:每 100ml 包含 40ml 4mol/L 硫氰酸胍,3mllmol/L Tris-HC(PH7.6),2