WIKI资讯

一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（二）

Skyline 中嵌入的 mProphet 软件会根据同一肽段的多个子离子峰的 feature 进行打分。 Feature 包括子离子共流出峰形、保留时间偏差、 dotp 值、信噪比等。为了区分假阳性的子离子峰， mProphet 可以建立 decoy 库，也可以将打分排名第二的肽段作为decoy，计算 FDR[5,6]。筛选 FDR < 0.01 的肽段段作为可信的定量肽段（图 1）。图 2. QE HF 扫描目标质核比窗口 400–1000 采集 50 张 MS/MS 所需时间在 2.4–3 s2. DDA 鉴定结果以及谱图库建立500 ng Hela 细胞进行 60 min 色谱梯度进行 DDA 数据采集。在 60 min 内，三次重复， QE HF 分别采集到49065、 49031、 48885张谱图，鉴定到 22030、 21820、 21654 个肽段，对应到约 3909、 3900、 3878 个蛋白。将三......阅读全文