2DE蛋白质组学的PROTICdb数据库实验（三）
2. 质谱鉴定命令单个蛋白质点可能被命名为几个名称或代码，如检测点数、匹配数、采集数等。因此，用一个质谱图去关联一个适当的蛋白点没有多大意义。为了避免错误， PROTICdb 的工作流程之一是生成一个携带单一的，送去做质谱鉴定的蛋白点质谱仪 ID 的文件 ( 相当于一个命令)。质谱仪就可以将携带蛋白点 ID 的结果返回到数据库中，这样就避免了名称含混不清的问题。在这个实例中，描述装有切下的蛋白点的微孔板的文件将被提交给数据库。在微孔板图中，每个切下来的蛋白质点都事先被用户命名为“ picked_spot” 。这个工作流程假设这个命令在图像分析数据（蛋白质点检测）被记录到数据库之前被发送到质谱仪。这样，当用户随后提交蛋白点检测和比对数据时，他或她将同时提供与蛋白点检测和比对数据代码相关的适当的“ picked_ spot”命名。这一步至关重要 ，因为它使得数据库将“ picked_ spot” ......阅读全文
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（三）
2. 质谱鉴定命令单个蛋白质点可能被命名为几个名称或代码，如检测点数、匹配数、采集数等。因此，用一个质谱图去关联一个适当的蛋白点没有多大意义。为了避免错误， PROTICdb 的工作流程之一是生成一个携带单一的，送去做质谱鉴定的蛋白点质谱仪 ID 的文件 ( 相当于一个命令)。质谱仪就可以将
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验
实验步骤：3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作。因此，
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验
仪器、耗材DBMS实验步骤3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动输入操作
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（四）
4. 质谱鉴定报告文件上传PROTICdb 兼容以制表分隔的文本格式输出的 Sequest 鉴定报告（见注释 13) 。( 1 ) 为演示，访问 http: //location 一 of/your/proticdb/home/demo. php。点击 “formto obtain the
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（二）
4. 梅拉尼生成的输出文件的上传( 1 ) 由梅拉尼软件生成一个检测报告，并把它输出到一制表分隔的文本格式文件 ( 见注释 9)。 文件扩展名为 “ txt. ” 。 本演示中，使用 PROTICdb Demo, zip 中的 detections /DV02121001. txt 文件
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（一）
仪器、耗材 DBMS实验步骤 3.1 PROTICdb 概述在输入或浏览数据时，每个最终用户需要一个 PROTICdb 账户（由您的管理员创建 ) 。作为一个新用户，首先要创建一个新的项目。一旦建立，该项目就属于这个用户，这个用户有权授予其他用户访问权限。为确保数据一致性的精确度，尽量不要用手动
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（六）
( 18 ) 当移动鼠标到两个链接的蛋白点之一上时，与这个点链接的每个点的十字标记的颜色都变成橙色 （在另一块胶上有一个匹配的蛋白点）。当鼠标点到这些点中的一个时，只有包括在同一个网络中的点显示橙色（ 图 23-12)。你可以通过声明一个新的关系，确认这些数据，这样就可以扩大点的网络。( 1
2DE－蛋白质组学的－PROTICdb－数据库实验（五）
( 10 ) 鼠标左键点击同一个点（342 号）（见注释 20) ，激活蛋白点信息框。蛋白点的数据按以下 4 个条目排列：概要、关系、鉴定和量化。每个条目对应的信息可被不断充实。其中鉴定包括质谱的详细数据。( 11 ) 开发鉴定、质谱详细数据和下一个子目录。从质谱数据分析得到了每个匹配结果，首先得到
实质等同性（蛋白质组学）实验（三）
3.4 凝胶染色为了用蛋白质组学研究 2D 胶上蛋白点，染色必须与质谱分析兼容，且灵敏度越高越 好。符合这些标准的染色法有好几种可供使用，包括胶体考染、某些银染和各种荧光染剂，如 Sypro Ruby、Orange、Deep Purple 和 Flamingo。胶体考染灵敏性不如银染和荧
蛋白质组学常用数据库一览
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址：http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞
植物蛋白质组学和糖基化实验（三）
3. 糖基释放后的蛋白质分析1 ) 糖基释放的化学处理方法还原性氨化反可应选择性的解离糖蛋白上的 O-糖苷（见注释 10) 。去糖基化的蛋白用 1D SDS-PAGE 分析，将其迁移情况与其糖基化形式的蛋白进行比较，电泳迁移率的增加是 O-连糖苷出现在蛋白上的证据（见注释 11)。( 1 ) 将 1
蛋白质组学实验技术大全
每一个领域的发展都是基于技术的进步和革新，蛋白质组学亦然。蛋白质的可变性和多样性等特殊性质导致了蛋白质研究技术远远比核酸技术要复杂和困难得多，但正是这些特性参与和影响着整个生命过程。在开始实验之前，先看看这篇技术简介吧。一 蛋白质与DNA相互作用在许多的细胞生命活动中，例如DNA复制、mRNA转录与
代谢组学常使用的数据库
代谢组主要是对小分子代谢物（一般50-1500 Da）进行高通量定性和定量分析，代谢组分析产生了大量的生物信息数据。代谢组数据库的开发对于归纳总结这些大数据，方便后续的代谢组学数据分析，揭示隐藏在大数据背后的生物学机理具有十分重要的作用。 目前常用的代谢组学数据库有HMDB、NIST、LMSD
植物蛋白质组学中的双向电泳技术实验（三）
使用 IPGphor 进行 IEF 的典型工作条件见表13-2和 表 13-3 。正如前文指出的那样 ，为了使高分子质量的蛋白质更好地进入聚丙烯酰胺胶内，水化时应在胶条两端加低电压（30~50 V ) ，否则将给水化上样造成困难[ 15，28] 。然后电压逐步升高至 8000 V。如果 IP
GCMS－HRAM－代谢组学数据库－探索代谢组学的奥秘
盐城4公分厚外墙岩棉板报价 岩棉制品是以精选的优质玄武岩为主要原料、经冲天炉熔化后，采用的四辊离心制棉工序，将玄武岩高温熔体甩扭成4-7μm的非连续性纤维，再在岩棉纤维中加入一定量的粘结剂、防尘油、憎水剂，经过沉降、固化、切割等工艺，根据不同用途制成棉毡、半硬板、保温带、管壳等系列产品。
蛋白质组学几种定量方法的案例解读（三）
经典案例题目：Proteome-wide Mapping of Cholesterol-Interacting Proteins in Mammalian Cells（采用甾醇探针结合SILAC定量技术在哺乳动物细胞中分析胆固醇-蛋白质相互作用）期刊：Nat Methods主要技术：SILAC定量文
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（三）
人类尚未充分认识复杂的癌症基因组是如何转化为导致复发和死亡的驱动生物学的，将蛋白质组学与基因组学结合在一起能够让我们获得对癌症的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这些疾病的新假设，以及治疗它的手段。蛋白质基因组学终有一天会被证明是一种强大的临床工具，使得人类能够横跨癌症基因组
质谱在蛋白质组学中的应用实验
实验材料 冷冻干燥样品试剂、试剂盒 校准标准品基质溶液甲醇仪器、耗材 MALDI 质谱仪MALDI 板实验步骤 1.吸取 0.5ul 的基质溶液，加到 MALDI-MS 分析所用的金属样品板上的样品孔中（为了准确起见，请使用2ul 的移液器）。2.在基质干燥之前，迅速加入 0.5ul 的标准品或样品
质谱在蛋白质组学中的应用实验
方案1 蛋白质和多肽 MALDI-MS 分析的一般方法 方案2 反相微型层析柱的制备实验 方案3 固定化酶微型层析柱的制备 方案4 用于蛋白质组分析的微毛细管 HPLC 色谱及 ESI —体化装置的制备和使用 方案5 利用 Nano-LC
实质等同性（蛋白质组学）实验
实验材料ESI-MSMALDI - MS试剂、试剂盒提取缓冲液仪器、耗材SDS- 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤众所周知，在实验室内和实验室间难以保证双向聚丙烯酰胺凝胶电泳的重复性。在我们实验室，强制性地要求严格遵守标准操作程序（sop ) , 以确保不同的操作者可以获得可重复的分离结果。小麦白面粉样品
实质等同性（蛋白质组学）实验
实验材料ESI-MSMALDI - MS试剂、试剂盒提取缓冲液仪器、耗材SDS- 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤众所周知，在实验室内和实验室间难以保证双向聚丙烯酰胺凝胶电泳的重复性。在我们实验室，强制性地要求严格遵守标准操作程序（sop ) , 以确保不同的操作者可以获得可重复的分离结果。小麦白面粉样品
实质等同性（蛋白质组学）实验
实验材料：ESI-MS MALDI - MS 试剂、试剂盒：提取缓冲液仪器、耗材：SDS- 聚丙烯酰胺凝胶电泳 实验步骤：众所周知，在实验室内和实验室间难
实质等同性（转录组学）实验（三）
3.5 cDNA 合成( 1 ) 加 100 μg DNA 酶处理过的总 RNA ( 不超过 20 μl) 、8 μl oligo (dT)23 锚定引物和无核酸酶水至终体积 28 μl。( 2 ) 将启动反应混合物在 70℃ 孵育 10 min，置于冰上 5 min。( 3 ) 向启动反应混合物
中国BIGD跻身国际生物组学数据库
测序技术的发展将生命科学领域带入组学时代，海量的数据产出成为常态。组学是将基因、蛋白及代谢物等生物分子以整体为单位进行系统性的研究，基因组学、蛋白质组学和代谢物组学等相应产生。相较于此前以个体为单位的研究，组学最主要的特征就是大数据。随着组学数据的产出，搭建组学数据库，实现海量信息的存储、整合及
研究发布大豆多维组学数据库SoyOmics
大豆（Glycine max (L.) Merr.）是重要的粮油作物之一，其产量提升、品质改进关乎全球人口的需求和利益。高通量测序技术的发展促使大豆组学研究不断深入。实现大豆多维组学数据的整合分析，将会为大豆遗传育种提供有力支持。 近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜团队联合北京基因组
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有
蛋白质组与蛋白质组学简介2
3 甲基化干扰实验用来检测蛋白质的结合位点。甲基化修饰的DNA探针可以干扰蛋白质的结合。结合位点上未被修饰的DNA片段才能与蛋白结合，然后将DNA从被修饰的碱基处切割，电泳分离，结合蛋白的DNA在结合位点上不能被修饰，不能切断，可确定结合位点的位置。 4 Dnase I 足纹分析 蛋白
蛋白质组与蛋白质组学简介1
一、蛋白质组概念：一个细胞、一个组织或一个机体全部基因所表达的全部蛋白质。 二、蛋白质组学研究范畴 1.蛋白质和蛋白质间 2.蛋白质和核酸之间 3.蛋白质及其组成质点的分离、分析、鉴定 4.蛋白质结构分析 5.生理、病理或不同发育状态下蛋白质组表
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究实验
顽拗性植物组织的蛋白质组学研究（苯酚法提取蛋白质）实验材料植物组织 试剂、试剂盒苯酚
最先进的蛋白质组学实验室建立
赛默飞世尔科技公司与英国癌症研究院合作建立最先进的蛋白质组学实验室 2009年7月20号，英国赫默尔亨普斯特德—服务科技，世界领先的赛默飞世尔科技公司在英国的癌症研究院(ICR)宣布一项整合生物网络的合作。癌症研究院是世界上新型、先进的蛋白质组学实验室，配有完整的Thermo Scientif