华大参与：复杂宏基因组数据的新分析法
当前分析宏基因组数据的大多数方法，都依赖于与参考基因组的对比，但是许多环境中的微生物多样性远远超过了参考数据库所覆盖的范围。将复杂的宏基因组数据从头划分为特定的生物学实体（如特定的菌株或病毒），在很大程度上仍然是一个未解决的问题。 在2014年7月6日的《Nature Biotechnology》杂志发表的一项研究中，来自丹麦工业大学（DTU）、华大基因、华南理工大学和哥本哈根大学等处的研究人员提出一种方法，基于对一系列宏基因组样品的co-abundant基因进行分级，可让研究人员能够全面发现新的微生物、病毒和共遗传的基因实体，并有助于微生物基因组的组装，而无需参考序列。 研究人员将这种新的原则，命名为co-abundant原理。这一原理的基本假设是，来自相同生物体的不同DNA片段，在一份样品中会以相同的数量发生，这个数量在一系列样品之间会有所变化。 利用这种方法，DTU生物学序列分析中心的研究人员发现了500种以前未......阅读全文
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
基因测序找出肠道核心微生物群
人类肠道中有数以万亿计的微生物，也称为肠道菌群，与多种疾病如肠炎、肥胖、糖尿病等都有关系。最近，比利时鲁汶大学和荷兰格林宁根大学两个团队分别在《科学》杂志发表论文，通过两项大型研究计划找出了肠道核心微生物群，为进一步建立生物标记体系，评估肠道菌群是否正常提供了线索。 肠道微生物组能产生维生素
母亲与婴儿肠道微生物可共享基因
近日，研究人员发现了一种母婴微生物群垂直传播的新模式。从围产期一直延续到出生后的几周，母体肠道中的微生物与婴儿肠道中的微生物共享基因。相关研究近日发表于《细胞》杂志。 研究表明，这种水平基因转移使母体微生物菌株能够在其没有持续转移的情况下，影响婴儿微生物组的功能。这项大规模综合分析，提供了一系列
原来肠道也必须吃东西！肠道微生物到底影响了哪些基因
胃肠道微生物在宿主的生理、代谢和营养中起着重要作用。肠道微生物群落的改变与许多肠道疾病有关，包括癌症、肥胖和各种肠道疾病。杜克大学(Duke University)的研究人员报告说，他们在小鼠身上进行的新研究表明，微生物能够影响肠道中的哪些基因正在发挥作用。 该研究结果发表在《细胞与分子胃肠病
华大基因构建全球首个小鼠肠道微生物参考基因集
2015年9月28日，中国深圳—深圳华大基因研究院、哥本哈根大学等研究机构共同构建了全球首个小鼠肠道微生物参考基因集，为以小鼠为基础的人类疾病模型研究提供有益参考。最新研究成果今日在线发表于《自然生物技术》。 人类的肠道中居住着种类繁多，数量惊人的微生物，而在这些微生物中，细菌的比例高达90%
肠道免疫系统由肠道微生物守护！
科学家们早就知道肠道细菌对宿主有各种各样的作用，例如分解膳食纤维、制造维生素K和B7等等。然而，一项新研究揭示，微生物还有另一个作用。 布朗大学的研究小组发现，小鼠体内肠道微生物正在参与调控宿主免疫。与其说宿主的防御系统可能攻击这些有益细菌，不如说细菌可以与动物的免疫系统和平共存。 对立的外
人类肠道微生物基因集－为研究提供精准数据支持
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人
微生物所在人体肠道细菌耐药基因研究方面取得进展
人体肠道中栖息着种类繁多的微生物，其数量超过人体自身细胞的10倍以上。这些微生物的基因组中(microbiome)蕴含大量的遗传信息，被称为是“人体的第二个基因组(the second genome of human body)”。人体肠道微生物对人体肠道内营养物质的代谢、人体自身的发育
Nature肠道微生物研究争论：是环境，还是基因影响更大？
关于对微生物组成的相对影响以及微生物对疾病的影响，到底是宿主遗传学，还是环境作用更大，一直都是肠道微生物研究的争论热点。 一项最新研究指出，环境在确定人类肠道微生物群的组成方面起着比宿主遗传学更大的作用。这一研究发现，在预测人类特征（如胆固醇水平或肥胖）时，将微生物组学特征纳入评估标准，能使得
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
肠道微生物可以影响体重
根据最近发表在《Mayo Clinic Proceedings》杂志上的一篇文章，对于特定人群来说，肠道微生物的特殊活性或许有助于减肥。这一效应不依赖于控制饮食以及日常锻炼等行为。 “我们知道不同人的减肥效率存在差别，即使在接受了相同的卡路里摄入以及相同强度的锻炼之后依然如此”，该研究的作者P
肠道微生物加入抗癌斗争
2015年，Bertrand Routy还是法国古斯塔夫·鲁西癌症中心的一位博士生，他常去医院收集癌症患者的粪便样本。医生嘲笑他，甚至给他取了个外号：便便先生。 但Routy的研究结果发布后，人们停止了对这类研究的嘲笑。研究表明，某些肠道细菌似乎可以提高人们对抗癌治疗的反应。医生也盼望研究者能
肠道微生物影响饮食效果
当你试着在新年里改善自己的饮食时，体内的微生物群却可能会“捣乱”。近日，刊登在《细胞—宿主和微生物》期刊上的论文称，研究人员探索了为何小鼠从自由的美式饮食转换到健康低卡路里的植物性饮食后，没有立刻出现效果。他们发现，若想一项新饮食计划取得成功，必须去除某些人体肠道细菌。 “如果我们想开饮食处方
肠道微生物药物的研发
在人类的肠道里存在一个巨大的微生物群体，称之为“肠道微生态系统”，其作为宿主最重要的微生态系统组成部分，大约包含有15000~36000个菌种，由专性厌氧菌（＞99%）、兼行厌氧菌和好氧菌共同组成，这些细菌共同构成胃肠道的动态微生态平衡。肠道在消化、吸收各种营养物质的同时又能将细菌及其代谢产物通
中国科研人员构建最优质人肠道微生物参考基因集
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人
流程化、更高效的基因编辑工具：打开肠道微生物组“窗口”
基因，就像是指挥官手里拿着的建筑总图纸，调控着生物体的一切生命活动。这份施工的图纸决定了整个建筑的所有呈现形式。那怎么才能对“图纸”——基因进行编辑呢？CRISPR/Cas编辑系统被认为是最佳的一种工具。 1月6日，中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所、深圳合成生物学创新研究院戴磊课题
Science：肠道微生物干扰了药效
在最近一项研究中，加州大学旧金山分校的研究人员描述了微生物组如何干扰药物预期作用的第一个具体例子。他们专注于左旋多巴（L-dopa），这是帕金森病的主要治疗药物，他们确定了数万亿种细菌中的哪些细菌负责降解药物以及如何阻止这种微生物干扰现象的发生。 帕金森病会攻击大脑中产生多巴胺的神经细胞，如果
肠道微生物竟可逆转肥胖
从参与帕金森发病，到延缓“渐冻症”的进展，肠道微生物都肩负重任，而昨日，美国犹他大学的研究人员在其“功劳簿”上再次画上了浓墨重彩的一笔:肠道中的特定菌群--梭菌，可阻止免疫系统受损的小鼠发胖！不仅推动了肠道微生物的研究，也让我们重新认识了肥胖与免疫系统的关系。 据不完全统计，全世界范围内，现约
微塑料改变海鸟肠道微生物
与摄入微塑料较少的海鸟相比，摄入大量塑料颗粒的海鸟的消化系统含有更多样化的细菌。但目前尚不清楚肠道微生物组多样性的增加对海鸟意味着什么。相关研究3月27日发表于《自然-生态与进化》。海洋环境中存在大量微塑料污染。图片来源：blickwinkel/Alamy海鸟很容易吃到微塑料（宽度小于5毫米的碎片）
微塑料改变海鸟肠道微生物
与摄入微塑料较少的海鸟相比，摄入大量塑料颗粒的海鸟的消化系统含有更多样化的细菌。但目前尚不清楚肠道微生物组多样性的增加对海鸟意味着什么。相关研究3月27日发表于《自然-生态与进化》。 海鸟很容易吃到微塑料（宽度小于5毫米的碎片），因为它们常在这些污染物聚集的海洋区域觅食。本月发表的另一项研究表
生活方式决定肠道微生物
肠道菌群负责人体健康和营养的许多方面，但是大多数研究都集中在“西方”人群。目前，包括德国Max Planck进化人类学研究所在内的一项国际合作研究，首次分析了一个现代狩猎采集群体(坦桑尼亚的哈扎人)的肠道菌群。这项工作的结果表明，哈扎人拥有独特的肠道微生物属性，其特征在其他任何人群中都没有见
肠道微生物最新研究进展
肠道是人体最大的消化和排毒器官，其回旋盘转的结构被形象地称为人体第二大脑。肠道中寄生着数以计亿的细菌，它们是人体内最重要的一种外环境，各种微生物按一定比例组合，相互制约，相互依存，在质和量上形成一种生态平衡。然而肠道菌群并不都是人类的朋友，按特性来讲，它们可分为3大类，即好菌、坏菌和中性菌。当人
新型肠道微生物研究模型——HIO
当一个生命出生时，大自然为小家伙们的消化系统准备了可用一辈子的无价的馈礼——益生菌。《eLife》新文章表明，人体非常常见的大肠杆菌有助于新生儿肠道内衬排布，能为即将入住的多样化菌群繁殖激增做好准备。 植入了大肠杆菌（绿色）的HIO 大家都知道粪便中的主要细菌是大肠杆菌，它们除了分解食物产生
张成岗：与肠道微生物对话
张成岗 2月24日清晨，呼吸着北京的早春清冷的空气，张成岗驱车前往河北省保定市。他此行的目的地是保定监狱，打算与那里的管理者讨论一下“菌心说”与预防犯罪相关研究的事宜，为下一步研究作准备。 “菌心说”是张成岗于2013年提出的概念，其核心内容是认为人体内存在的菌群决定了身体甚至心理的状态。“我还
“万能”的肠道微生物
公元前300多年，西方“医学之父”希波克拉底曾扬言：“所有疾病始于肠道”。 两千多年后，医学工作者们发表了众多研究成果，他的观点正在一点一点地被证实。当我们谈到许多慢性疾病的发病机制时（比如慢性肠炎、糖尿病，甚至阿尔茨海默症、衰老、肥胖症、药物疗效等），我们逐渐意识到，肠道微生物几乎是绕不开
肠道微生物与老年相关疾病
按照WHO的标准，一个国家或地区65岁人口超过7%，或≥60岁人口超过10%即为老龄化。根据国家统计局2017年最新数据，我国≥60周岁人口为24090万人，占总人口的17.3%，其中≥65周岁人口为15831万人，占总人口的11.4%。我国已经成为世界上老年人口最多的国家，呈现出老龄化速度快、老年
肠道微生物DNA的提取方法
实验概要肠道微生物DNA是进行微生物分子生态学研究的前提。能否获得高的DNA提取率和高质量的DNA，从而真实地反映微生物群落的实际情况，是保障研究结果是否可靠的关键。如何获取高质量、较完整的肠道菌群基因组DNA是肠道微生物研究中的关键。本研究采用物理方法，化学方法，酶解法等进行DNA提取，并对其进行
肠道细菌篡改宿主基因
保持免疫系统平衡是个精妙的复杂事件，遇到外来入侵者时及时发出警报，同时，聪明地区分我军组织和器官不乱杀无辜。 机体有一些帮助免疫系统维稳的工具。人类白细胞抗原（human leukocyte antigen，HLA）和小鼠的主要组织相容性复合物（major histocompatibility
肠道糖基化在维护肠道微生物稳态中的作用
人类肠道中含有极其丰富的微生物，其所含基因总数是人类基因组的150余倍。这些微生物通过相互竞争、互补和协同，构成了微生物-微生物和微生物-宿主关系的复杂网络。在此基础上，肠道微生物各组分间相对平衡，保持稳态，从而实现其与宿主互利共生。对于宿主，其肠道内存在多种屏障以维持肠内微生物的稳态。其中包括
PLoS－ONE：新研究揭示肠道微生物与肠道疾病的关系
近日，德州农工大学兽医学院的一项研究提供了关于狗的肠道细菌如何影响胃肠道健康的新见解，这可能有助于开发针对两种胃肠道疾病的新疗法。 在10月31日发表于《 PLOS ONE》的这项研究中，博士生Amanda Blake测量了狗粪便中细菌代谢产物——粪便乳酸和次级胆汁酸（BA）的水平。 粪便中