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PCR引物设计黄金法则

1.引物最好在模板cDNA 的保守区内设计。 DNA 序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI 上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度一般在15~30 碱基之间。 引物长度(primer length)常用的是18-27 bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于Taq DNA 聚合酶进行反应。 3.引物GC 含量在40%~60%之间,Tm 值最好接近72℃。 GC 含量(composi......阅读全文

primer5和Oligo结合设计引物步骤及心得

一、引物设计step by step1、在NCBI上搜索到目的基因,找到该基因的mRNA,在CDS选项中,找到编码区所在位置,在下面的origin中,Copy该编码序列作为软件查询序列的候选对象。2、用Primer Premier5搜索引物①打开Primer Premier5,点击File-New-

PCR引物设计的11条黄金法则

PCR引物设计的11条黄金法则 1.引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.

PCR引物设计的11条黄金法则

 PCR引物设计的11条黄金法则1.引物zui好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。 2.引物长度

PCR实用大全

PCR引物设计的11条黄金法则一、引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。二、引物长度一般在15~30碱基之间。引

PCR技术应用十二:结核杆菌诊断

  结核杆菌可以导致全身性疾病,特别是在发展中国家,其发病率较高,危害性极大.近几年结核杆菌的变异性较大,对抗痨药物的耐药性增加,从而使结核病的发病大幅度增高.虽然传统的涂片抗酸染色、细菌培养以及胸片检查对大部分结核能作出正确的诊断,但对某些病人亦可造成误诊或漏诊;动物接种虽特异性较高,但因时间较长

常用引物设计工具大集合

Oligo 6作为目前最好、最为专业的引物设计软件,Oligo 的功能很强大,他主要功能有:普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估「引物对」质量的功能。如何使用Oligo6 请参看:「两分钟教你学会 Oligo 7」BLASTBLAST(Basic Local Alignment

第八章:常用引物设计工具大集合

Oligo 6作为目前最好、最为专业的引物设计软件,Oligo 的功能很强大,他主要功能有:普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估「引物对」质量的功能。如何使用Oligo6 请参看:「两分钟教你学会 Oligo 7」BLASTBLAST(Basic Local Alignment

如何做好荧光定量PCR实验

荧光定量PCR实验指南一、基本步骤:1、目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对;2、引物、探针的设计;3、引物探针的合成;4、反应体系的配制;5、反应条件的设定;6、反应体系和条件的优化;7、荧光曲线和数据分析;8、标准品的制备;二、技术关键:1、 目的基因(DNA和mRNA)的查找和比

增加PCR特异性

增加PCR特异性(一)引物设计细心地进行引物设计是PCR中最重要的一步。理想的引物对只同目的序列两侧的单一序列而非其他序列退火。设计糟糕的引物可能会同扩增其他的非目的序列。下面的指导描述了一个可以增加特异性的引物所具有的令人满意的特点:1.典型的引物18到24个核苷长。引物需要足够长,保证序列独特性

增加PCR特异性

引物设计  细心地进行引物设计是PCR中zui重要的一步。理想的引物对只同目的序列两侧的单一序列而非其他序列退火。设计糟糕的引物可能会同扩增其他的非目的序列。下面的指导描述了一个可以增加特异性的引物所具有的令人满意的特点:  1.典型的引物18到24个核苷长。引物需要足

QPCR常见问题及其分析

一般来讲,进行real-time qPCR MasterMix都是2×的浓缩液,只需要加入模板和引物就可以。由于real-time qPCR灵敏度高,所以每个样品至少要做3个平行孔,以防在后面的数据分析中,由于Ct相差较多或者SD太大,无法进行统计分析。通常来讲,反应体系的引物终浓度为10

QPCR常见问题及其分析

一般来讲,进行real-time qPCR MasterMix都是2×的浓缩液,只需要加入模板和引物就可以。由于real-time qPCR灵敏度高,所以每个样品至少要做3个平行孔,以防在后面的数据分析中,由于Ct相差较多或者SD太大,无法进行统计分析。通常来讲,反应体系的引物终浓度为10

QPCR常见问题及其分析

一般来讲,进行real-time qPCR MasterMix都是2×的浓缩液,只需要加入模板和引物就可以。由于real-time qPCR灵敏度高,所以每个样品至少要做3个平行孔,以防在后面的数据分析中,由于Ct相差较多或者SD太大,无法进行统计分析。通常来讲,反应体系的引物终浓度为100-400

原理易懂然而难做,qPCR结果分析的常见问题

  qPCR的英文全名是Real-time Quantitative PCR Detecting System。即实时荧光定量核酸扩增检测系统,也叫实时定量基因扩增荧光检测系。qPCR主要是利用插入性染料或荧光探针(比如TaqMan),人们可以通过监控PCR过程中的荧光强度比较多个样品的DNA水平。

real-time/qPCR 常遇到的那些疑问

  通常来讲,real-time PCR( qPCR)的反应程序不需要像常规的 PCR 那样,要变性、退火、延伸 3 步。由于其产物长度在 80~150 bp 之间,所以只需要变性和退火就可以了。   SYBR@Green 等染料法,好在 PCR 扩增程序结束后,加一个溶解程序,来形成溶解曲

同科生物qPCR常见问题及分析

通常来讲,real-time qPCR的反应程序不需要像常规的PCR那样,要变性、退火、延伸3步。由于其产物长度在80~150 bp之间,所以只需要变性和退火就可以了。SYBR@Green等染料法,zui好在PCR扩增程序结束后,加一个溶解程序,来形成溶解曲线,判断PCR产物的特异性扩增。而溶解程序

利用现有技术,如何鉴定一个全新的病毒-2

wuguojun680510网友的观点是:单纯凭分子生物学技术鉴定一个新的病毒是不可能的,只能得知可能是一个新病毒,鉴定一种新病毒还必需从经典途径走起。      1、纯化病毒。      2、大小、

PCR Array——基因表达分析疾病和信号通路的利器(一)

以前只要提到基因表达分析,人们就会想到荧光定量PCR;只要提到高通量基因表达分析,人们会首先想到基因芯片。虽然荧光定量PCR仪几乎每个实验室都有,但是做芯片就不一定每个实验室都具备这个条件了。那么只有一台荧光定量PCR仪是否也能进行高通量的基因表达谱分析呢?QIAGEN 推出的RT2 Profile

qPCR常见问题及其分析解决方法

  常见问题  1. 无Ct值出现  检测荧光信号的步骤有误: 一般SG法采用72℃延伸时采集,Taqman法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。  引物或探针降解: 可通过PAGE电泳检测其完整性。  模板量不足: 对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。  模板降解: 避免样品制备中杂

利用核苷酸交换和剪切技术进行DNA碎裂和定向

利用核苷酸交换和剪切技术进行DNA碎裂和定向进化             实验材料 T4 DNA 连接

随机RNA文库的SELEX筛选实验

随机RNA文库的SELEX筛选实验可用于:(1)体外诊断;(2)体内治疗等。实验方法原理SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、A-U 碱基对以外,还有 G-U 等变偶碱基对的

随机RNA文库的SELEX筛选实验

            实验方法原理 SELEX 技术是一种利用随机寡核苷酸(DNA 或 RNA)文库筛选靶分子的特异性配基的组合化学技术。最常用的是随机 RNA 文库,因为 RNA 分子中除 G-C、

Q-PCR常见问题及解决方法

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如何用Western blot法验证PCR结果?

往期我们已经为大家详细介绍了利用CRISPR/Cas9构建编辑小鼠和细胞系的全部过程,相信大家在了解从sgRNA设计、表达载体构建至显微注射、小鼠鉴定等一系列过程的同时,常会为这样的难题所困扰:历经3-6个月得到的基因敲除的小鼠/细胞,PCR鉴定的结果居然和WB蛋白结果不一致?竟开始怀疑自己这几个月

食品中沙门氏菌检测方法的研究进展

0引言自19世纪后期,沙门氏菌首次被鉴定为人类的一种病原以来,检测方法学都是建立在采取感染病人的粪便或血液作为临床病料的基础上。此后的60年间,用于从食品中分离沙门氏菌的方法实质上与那些用于临床病料的方法是相同的。但由于沙门氏菌在污染食品中含量较低以及食品对检测的干扰给沙门氏菌的检测带来了一定的困难

结核分枝杆菌荧光定量PCR检测方法的建立与应用

【摘要】目的 建立结核分枝杆菌的荧光定量PCR检测方法,探讨荧光 PCR检测痰标本中结核分枝杆菌的应用价值。方法 根据结核分枝杆菌基因保守序列设计引物和探针,并构建标准品。对102例培养涂阳的结核痰液标本和45例非结核感染者的痰标本,应用荧光定量PCR法、痰涂片抗酸染色法检测结核分枝杆菌。 结果 荧

PCR扩增仪的选择

1971年Kleppe等人在Journal of molecular biology上发表文章首次准确、精炼、客观的阐述了PCR方法,1976年一种从嗜热水生菌(Thermus aquaticus)分离得到的热稳定的DNA依赖的DNA聚合酶的应用大大增加了PCR的效率。而现今所发展出来的PCR则是源

PCR扩增仪的选择

1971年Kleppe等人在Journal of molecular biology上发表文章首次准确、精炼、客观的阐述了PCR方法,1976年一种从嗜热水生菌(Thermus aquaticus)分离得到的热稳定的DNA依赖的DNA聚合酶的应用大大增加了PCR的效率。而现今所发展出来的PCR则是源

如果本次疫情从头再来,我们哪些地方可以做得更好?

  这几天,已经有很多媒体报道从各个角度、特别是一线医护人员的直观视角,总结过这次应对新冠肺炎疫情的过程中出现的、特别是早期疾病发现和预警过程中的一些问题。  我首先得强调一句:在疫情的危急时刻大家都希望听好消息、正能量,这个没错,我也一样。但是,这不意味着所有反思、批评和建议都是添乱、都是制造恐慌

定点突变技术――从单点突变到多点突变

体外定点突变技术是研究蛋白质结构和功能之间的复杂关系的有力工具,也是我们在实验室中改造/优化基因常用的手段。蛋白质的结构决定其功能,二者之间的关系是蛋白质组 研究的重点之一。对某个已知基因的特定碱基进行定点改变、缺失或者插入,可以改变对应的氨基酸序列和蛋白质结构,对突变基因的表达产物进行研究有助于我