单细胞测序——“刻画”肝癌免疫微环境的动态特征
肝细胞癌是世界范围内死亡率排名第三的癌症，其中中国的肝癌发病率居世界之首【1】。HBV的慢性感染是中国肝细胞癌发生的主要原因，其感染导致肿瘤微环境常伴随慢性炎症。免疫逃逸被认为是癌症发展的标志之一，目前研究表明，肿瘤存在多种免疫逃逸机制，提出了研究肿瘤微环境中不同免疫细胞状态的重要性【2】。而单细胞测序技术则是研究不同类型免疫细胞的状态和动态的有力手段。 2019年10月31日，北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心（ICG）张泽民教授、任仙文副教授联合首都医科大学附属北京世纪坛医院彭吉润教授以及勃林格殷格翰公司刘康博士，在Cell上发表了题为Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma的研究论文，结合10x Genomics和SMART-seq2两种单细胞RNA测序技术......阅读全文
单细胞测序——“刻画”肝癌免疫微环境的动态特征
肝细胞癌是世界范围内死亡率排名第三的癌症，其中中国的肝癌发病率居世界之首【1】。HBV的慢性感染是中国肝细胞癌发生的主要原因，其感染导致肿瘤微环境常伴随慢性炎症。免疫逃逸被认为是癌症发展的标志之一，目前研究表明，肿瘤存在多种免疫逃逸机制，提出了研究肿瘤微环境中不同免疫细胞状态的重要性【2】。而单
单细胞RNA测序发现新的免疫细胞
最近在《Nature Immunology》发表的一项新研究，详细检测了一组新发现的免疫细胞（被称为ILC）。通过对单个扁桃体细胞的基因表达进行分析，瑞典卡罗林斯卡学院的科学家们，发现了三个以前未知的ILC子群，并揭示了关于“这些细胞在人体中如何发挥功能”的更多信息。 先天淋巴细胞（ILC）是
空间多位点测序，提供肝癌评估和免疫分型新思路
近日，上海交通大学医学院附属仁济医院肝脏外科/肝移植中心杭化莲团队和上海市肿瘤研究所王存团队合作，在《基因组医学》（Genome Medicine）和《信号转导和靶向治疗》杂志（Signal Transduction and Targeted Therapy）发表系列论文，提出评估肝癌瘤内异质性新方
双RNA测序技术
在发表于《自然》（Nature）杂志上的一篇研究论文中， 由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。该研究小组描绘了他们的技术、该技术如何更多地帮助了解细菌感染机制，以及在研究中获得的重要发现
环状 RNA 测序案例分析
案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性 背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。 目的
RNA甲基化测序
1、NSUN2影响m5C在HEK293细胞中整体分布情况NSUN2被报道是RNA甲基转移酶，能使tRNAs和mRNA发生m5C甲基化修饰。为了探究NSUN2对HEK293细胞mRNA m5C甲基化修饰的影响。作者利用CRISP/Cas9技术敲减NSUN2（NSUN2-/-HEK293细胞）后进行
核糖核酸（RNA）测序
RNA在细胞中的稳定性较差，在实验中也更容易受到核酸酶的攻击。因为RNA是由DNA转录产生的，所以信息已经存在于细胞的DNA中。然而，有时也需要对RNA分子进行测序。虽然DNA测序给出了生物体的遗传图谱，但RNA测序却反映了细胞中活跃表达的序列。为了给RNA测序，通常的方法是首先对从样品中提取的
“RNA测序”通用模板新突破
通过检测血液或尿液中少量的RNA来诊断或治疗疾病是一个新兴领域。随着技术的进步，研究人员可以对RNA片段进行测序，但不同的人使用不同的方法来测序RNA，有时会得到不同的结果，这是影响成功的一个重大障碍，使得此领域很难取得进展。近来，密歇根大学Tewari教授的实验室领导了美国和荷兰的9个实验室
肝癌免疫治疗新的途径，肝癌患者新福音
肝癌是世界上第六大常见癌症，是全球第三大肿瘤死亡原因，全球约45%的肝癌都来源于我国。肝内胆管细胞癌（iCCA）是第二大原发性肝脏肿瘤（约占10%-15%），仅次于肝细胞肝癌。对于iCCA的治疗十分有限，手术治疗是iCCA唯一的潜在可治愈手段。但在手术后，iCCA有着很高的复发率，iCCA存在异质
一文读懂测序技术、肠道菌群、肝癌免疫治疗的三角关系
肿瘤免疫治疗是肿瘤综合治疗模式中最活跃、最有前景的一种治疗手段，Science将其评为2013 年“十大科学突破”之一。肠道是人体内最大的淋巴器官，存在超过70%的T细胞，是绝大多数记忆T细胞的居住地。肠道菌群可以通过直接物理接触、代谢产物以及肠道粘膜结构成分改变等多种机制与宿主免疫系统相互作用