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中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用

近日发表在RNA Biology上的研究中,来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序,揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子(TEs)对RNA剪接的重要作用。 转座子(TEs)在后生动物物种中表现出广泛的转录活性,它们的表达受到Piwi 蛋白通过转录沉默和转录后沉默两种模式的限制。TEs插入到内含子中被剪切机制识别,当做外显子添加到RNA转录本中的过程被称为外显子化,外显子化TEs包含许多剪接供体和受体位点,这有助于形成可变剪切转录本。插入宿主基因的TE外显子能够生成新的外显子可变剪接,这些新的可变剪接可能作用于新的基因,但很少有在全基因组规模上进行TEs的转录本研究,这主要由于短读长测序技术不能够精准组装转录组或者读取重复区域。 文章中提到: 准确测定全长RNA转录本序列是转录组研究的基础,短读长高通量R......阅读全文

纳米孔测序技术发展简介

  随着对DNA结构和序列的研究,DNA测序技术不断发展,成为生命科学研究的核心领域,对生物、化学、电学、生命科学、医学等领域的技术发展起到巨大的推动作用。利用纳米孔研究出新型的快速、准确、低成本、高精度及高通量的DNA测序技术是后人类基因组计划的热点之一。  纳米孔测序技术发展简介  纳米孔检测技

纳米孔测序的过去、现在和将来

  纵观测序技术的发展历程,没有哪一个技术像纳米孔测序那样慢热,但也没有哪一个技术像纳米孔测序这么接近普罗大众。将单链DNA拉过蛋白孔,检测碱基穿过时电导的微小改变,纳米孔测序的这一基础理念已经有十几年历史了。  1996年哈佛大学的DanielBranton、加州大学的DavidDeamer及其同

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

三代测序的前奏:Illumina再诉牛津纳米孔

  Illumina今天正式宣布起诉Oxford Nanopore,诉讼涉及后者在纳米孔测序相关领域涉嫌侵犯Illumina两项专利。  Illumina同时向美国国际贸易委员会和美国南加州地方法院提出此次诉讼,起诉Oxford Nanopore侵犯其美国专利局第8673550号和9170230号专

DNA测序概念再升级:新方法每秒识别660亿碱基

  DNA测序经历了Sanger测序、二代测序(高通量测序)及三代测序(纳米孔测序),日前,美国国家标准与技术研究所(NIST)模拟了一个新型基因测序概念:通过将DNA分子从微小的、具有化学活性的石墨孔洞中拉动,通过测量石墨孔洞边缘产生的电位变化来实现高速、高精度、高效率的DNA测序;研究人员表明,

1.39亿美元!全球测序巨头Oxford Nanopore获知名机构投资

  牛津纳米孔总部位于英国,公司研发、生产和销售世界上唯一的便携式、实时DNA/RNA测序仪。此次募得资金主要用于公司下一阶段的业务扩张,其中,包括在牛津建设一个全新的、高产能的生产基地,以满足市场对牛津纳米孔测序仪产品日益增长的需求;以及扩大服务位于全球70多个国家客户的市场和销售团队。  同时,

Nature:RNA 修饰研究有助表观转录组学进一步发展

  这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图,该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。  随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘,帮助我们了解表观转录组学(epitranscriptomics)的工具也变得越来越多了。  2004 年,以色列特拉维夫大学(Tel Aviv University

Nature Methods:放在背包里的测序仪

  人们盼星星、盼月亮,总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今,1000多个实验室测试了MinION测序仪,并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。  纳米孔(nanopore)技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个

一文看全!史上59家测序仪公司的“争霸战”

  公司:Quantum Biosystems  网站:https://quantumbiosystems.com  简介:2013年成立,日本。  核心技术:基于电信号的纳米孔单分子测序技术  是否属于单分子测序技术:是  公司产品:暂无推出  描述:采用亚纳米间隙和兆分之一安培级电流来直接检测单

深圳龙华民企构建平台探讨生物纳米孔癌症检测技术应用

  近日,《首届生物马达、病毒组装和纳米技术应用会议》在美国俄亥俄州哥伦布市成功召开。该会议由著名美籍华人科学家、国际RNA纳米技术奠基人和发明人、国际纳米生物领域著名科学家、宣泽生物全球首席科学顾问郭培宣教授任会议主席、美国德克萨斯大学奥斯丁分校Ian Molineux教授和澳大利亚纽卡斯尔大学I

宣泽生物Farzin Haque博士纳米技术正悄然改变癌症早期检测

  编者按   在人类与癌症的斗争中,有一半的胜利是得益于早期检测。而纳米技术的出现,又使得癌症的诊断更早更准确,并可用于治疗监测。宣泽生物作为全球第一家从事基于蛋白纳米孔道的单分子检测技术进行癌症超早期检测的公司,一直在积极地推动这一创新技术的临床应用。近日,生物探索有幸采访了公司首席科学家Fa

2013值得关注的技术:纳米孔测序仪

  《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学(targeted proteomics)。同时,杂志还介绍了2013年值得关注的技术,包括纳米孔测序仪(Disruptive nanopores)、微生物组功能研究(Probing microbiome func

基因测序市场发展现状分析 下一个万亿市场在哪里?

  一项新技术或产品的问世,给人们带来欣喜的同时,也必然会引起担忧,基因测序技术便是其中之一。基因测序技术被看作自疫苗问世以来疾病预防最重要的科技突破,它不仅可以大大降低遗传相关的疾病发生率,减少出生缺陷,还可以实现对疾病预测、预防、预警以及个体化诊疗;但目前,国内的基因测序市场却并不让人满意,甚至

三分钟了解4代基因测序技术

  基因检测技术是近年来伴随“精准医疗”概念的提出而迅速发展起来的一门科学技术,它可以从基因组机制上阐释遗传学、发育生物学、进化生物学等学科的经典概念,在全基因组水平延伸了染色体高级构象、细胞异质性、功能模块等新概念,为精准医学开辟了应用性新领域。  近年来,随着分子水平的基因检测技术平台不断发展和

手持基因测序仪问世 仅手机大小

   康涅狄格州立大学的研究人员通过使用一种比手机还要小的手持测序仪,对自然界中已知的最复杂基因的RNA进行了测序。  当一个DNA链穿过纳米孔测序仪MinION时,MinION可以“看见”五个核苷酸。五个核苷酸一组会生成一个特征电流,使MinION可以连续读出DNA编码。  如果说DNA是生命模板

欧洲生命科学现3大“独角兽”公司

  行业一般将估值超过10亿美元的创业公司做出分类,并将这些公司称为“独角兽”。根据《华尔街日报》的报道,欧洲在生命科学领域有3家独角兽公司,分别是:Oxford Nanopore、CureVac、Immunocore。  NO.1 Oxford Nanopore:下一代测序的未来  市值(私营):

DNA测序技术的现状和发展(七)

3. 新一代测序技术的前景在2007年6月,James Watson的基因组序列登录到了GenBank数据库当中,这是第一次使用非Sanger测序法获得了人类个体基因组序列,并且第一次将个人基因组序列公之于众。整个测序过程在两个月之内就完成了,花费不到100万美元,这只占耗时10年之久的人类

人类科学的又一大步:纳米技术完全测序人类X染色体

  人类基因组计划启动于1990年,如今已匆匆过去30年光景。从2000年人类基因组草图宣告完成后的二十年间,人类参考基因组不断更新迭代。即便如此,其中依然存在数以百计的空缺,尚无一条染色体被真正完成 [1]。  如今,科学家首次完成了一条 “从头到尾” 真正完整的人类染色体测序。7月14日,《自然

Nature Methods:纳米孔测序仪潜力无限

  来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时,也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文,称新开发的工具让纳米孔测

Nat Commun:将危险毒素变为生物感受器

  某些类型的细菌具有给其他细胞“打孔“并杀死它们的能力。他们通过释放被称为“成孔毒素”(PFT)的特殊蛋白质来实现此目的,该蛋白质锚定在细胞膜上并形成”管状”通道,并最终导致细胞的“自我毁灭”。  除已知的“感染”细胞的能力外,PFT在其它方面的潜力也引起了人们的极大兴趣。例如,它们形成的纳米级孔

Nat Commun:将危险毒素变为生物感受器

  某些类型的细菌具有给其他细胞“打孔“并杀死它们的能力。他们通过释放被称为“成孔毒素”(PFT)的特殊蛋白质来实现此目的,该蛋白质锚定在细胞膜上并形成”管状”通道,并最终导致细胞的“自我毁灭”。  除已知的“感染”细胞的能力外,PFT在其它方面的潜力也引起了人们的极大兴趣。例如,它们形成的纳米级孔

2017微流控微尺度分析大会报告一 六位专家分享研究成果

  分析测试百科网讯 2017年9月23日,第六届国际微流控学学术论坛(沈阳)、第十一届全国微全分析系统学术会议、第六届全国微纳尺度生物分离分析学术会议在东北大学开幕(相关报道:2017微流控微尺度分析会议在沈阳开幕 14家企业支持)。中国科学院院士、长春应用化学研究所研究员汪尔康,中国科学院大连化

关于三代基因测序,你所需要知道的都在这儿!

  一、导读:  在大部分投资者对“二代测序”(NGS)还没有搞清技术细节的情况下,“三代测序”(3GS)又火了。  6月17日,医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅,我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此,我们结合各方面资料归纳总结了三代

基因测序“摩尔定律”初现,“三代测序”要革“二代”的命?

  在“二代测序”(NGS)尚未迎来投资热潮的情况下,技术突破捷报连连的“三代测序”(3GS)又进入到了投资人的视野中。1986年,第一台商用基因测序设备正式出现,到第二代测序设备出现,期间间隔了19年时间。而第二代设备问世,到第三代设备的诞生,仅仅用了5年,基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。

Nature 子刊:第三代测序技术或将迎来新升级

  第三代测序技术,即单分子测序技术,又称纳米孔测序,以美国太平洋生物(Pacific Biosciences)的 SMRT 技术为代表。DNA 测序时,不需要经过 PCR 扩增,实现对每一条 DNA 分子的单独测序。  SMRT 测序面临的一个挑战是将更长的 DNA 分子放入 100 纳米大小的零

年终盘点:2016年国内不容错过的重磅生物研究

  时间总是过得很快,2016年马上就要过去了,迎接我们的将是崭新的2017年,2016年,我国有很多优秀科研机构的科学家们都做出了意义重大、影响深远的研究成果,发表在国际顶级期刊上。本文中小编盘点了2016年我国科学家发表的一些重磅级研究,以饕读者。   --结构生物学 --  1.清华大学 施一

于军:从人类基因组计划到精准医学

  基因产业正受到前所未有的重视。今年,精准医学不仅被纳入“十三五”规划,作为精准医学的“排头兵”,基因组学也被纳入“十三五”百大项目名单,要“加速推动基因组学等生物技术大规模应用”。  对著名基因组学专家、中国基因组学奠基人于军教授来说,基因组学引领的技术应用得到如此重视,既让他感到欣慰———20

2021基因行业简报

  宏观环境  ❖“十四五”规划发布,确定基因及生物技术为战略性科技攻关及新兴产业地位  2021年3月12日,《中华人民共和国国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要》(简称“‘十四五’规划”)正式发布,明确“基因与生物技术”作为七大科技前沿领域攻关领域之一;“生物技术”作为九大

纳米孔测序技术用于快速的病毒病原体的鉴定及进化研究

  2014-2016年,西非暴发埃博拉疫情流行期间,进行了大量ELISA和基于RT-PCR的检测,这些方法的检测虽然简易、便携、快速,但由于病原体不断进化,这些方法很快变得过时,并且还缺乏能在症状出现前检测出病毒的方法。  使用传统的测序技术虽然可以克服病原体不断进化的问题,但这一技术只有在将样品