任兵教授利用CRISPR发现新型增强子
人类基因组只有不到2%编码蛋白质，因此解析非编码DNA的功能是一个很大的挑战。科学家们已经通过分析DNA甲基化、染色质修饰、核酸酶敏感性、转录因子结合，在人类基因组中预测了数百万个调控序列，但只有少数序列在天然条件下得到证实。 加州大学的研究团队为此开发了基于CRISPR/Cas9的高通量筛选策略，并由此发现了一类新型增强子。这项研究发表在一月二十六日的Genome Research杂志上，文章的通讯作者是加州大学的任兵（Bing Ren）教授。 研究人员用自己开发的CRISPR/Cas9方法，在人胚胎干细胞（hESC）中研究了1Mbp POU5F1位点的174个候选调控序列。他们鉴定了POU5F1转录所必需的两个经典调控元件，一个启动子和一个近端增强子。 此外，研究人员还还意外发现了一类新型增强子。研究显示，这种增强子以一种独特的方式促进POU5F1转录。干扰增强子序列会导致暂时的POU5F1转录损失，但POU5F1......阅读全文
为什么增强子对启动子没有专一性
（1）增强子可提高同一条DNA链上基因转录效率，可以远距离作用，通常距离l～4kb，个别情况下离开所调控的基因30kb仍能发挥作用，而且在基因的上游或下游都能起作用。 （2）增强子作用与其序列的正反方向无关，将增强子方向倒置依然能起作用。而将启动子倒置就不能起作用，可见增强子与启动子是很不相同
出人意料的非编码RNA调控
为了将六英尺多的DNA塞进细胞核里，细胞将基因组紧紧缠绕在组蛋白核心上形成核小体，并最终将其包装成紧密的染色质。DNA转录的时候需要打开核小体，而胚胎干细胞的染色质重塑复合体esBAF可以做到这一点。它不仅会打开需要转录的DNA，还暴露了促进转录的启动子和增强子。 基因组测序研究最近显示，增强
增强子的增强子的特点作用
① 具有远距离效应。② 无方向性。③ 顺式调节。④ 无物种和基因的特异性。⑤ 具有组织特异性。⑥ 有相位性。⑦ 有的增强子可以对外部信号产生反应。增强子能大大增强启动子的活性。增强子有别于启动子处有两点:[1]增强子对于启动子的位置不固定，而能有很大的变动;[2]它能在两个方向产生相互作用。一个增强
Science重大成果：细胞分化的通用规则
本RIKEN牵头的国际合作项目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science杂志上发表了一项具有里程碑意义的新成果。 研究人员对不同细胞类型的RNA表达进行了广泛的分析。他们发现，当细胞经历表型改变（比如细胞分化）
Science重大成果：细胞分化的通用规则
日本RIKEN牵头的国际合作项目FANTOM（Functional Annotation of the Mammalian Genome）在本期Science杂志上发表了一项具有里程碑意义的新成果。 研究人员对不同细胞类型的RNA表达进行了广泛的分析。他们发现，当细胞经历表型改变（比如细胞分化
Genes & Devel：科学家揭示如何阻断癌细胞的转录？
阐明介导子如何与TFIID串扰促进启动子-增强子之间的交流沟通对于揭示增强子功能的机制非常重要；近日，一篇发表在国际杂志Genes & Development上题为“The Pol II preinitiation complex (PIC) influences Mediator bindin
Nature突破守则：干细胞基因表达新规则
十年前，基因的表达看上去是那么的简单：基因被开启或被关闭，不能同时开启又关闭。之后时间到了2006年，一个重磅级的发现指出，在小鼠胚胎干细胞中的发育调控基因可以即激活基因，又抑制基因，这样的基因被称为“二价标记基因(bivalently marked genes)”，在发育和分化过程中可以有
基因组研究的“98K”——人工智能算法
每个分子遗传学家都希望找到一个易于使用的程序，可以比较来自不同细胞条件的数据集，识别增强子区域，然后将其分配给目标基因。 如今，柏林马克斯·普朗克分子遗传学研究所的马丁·温格隆（Martin Vingron）领导的研究小组现已开发出一个掌握所有这些内容的程序。 “ DNA非常无聊，因为它在每个
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激活细胞
题目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus Enables Reprogramming to Pluripotency 期刊：Cell stem cell 影响因子：23.3
CRISPR触发的内源Oct4或Sox2基因位点染色质重塑激活细胞
题目：CRISPR-Based Chromatin Remodeling of the Endogenous Oct4 or Sox2 Locus Enables Reprogramming to Pluripotency 期刊：Cell stem cell 影响因子：23.3