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中科院昆明动物研究所研究员马占山与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。合作团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件。 针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的问题，该团队研发出了一套“线性复杂度”（复杂性最低）的算法，Sparc软件即基于该新算法完成。综合测试显示：采用测序深度仅为30x的三代基因测序数据，Sparc取得组装共识（Consensus）时错误率低于0.5%；同时与目前最优秀的同类软件相比，Sparc可节省计算时间和内存达80%。这一重要突破为推进基因测序技术迈向三代技术的产业升级提供了又一关键软件技术。 Sparc 研发获得了中科院、遗传资源与进化国家重点实验室、国家自然科学基金以及云南省高端科技人才、海外高层次人才、云岭产业领军人才以及创新团队等项目的支持。由于该研究属于计算机科学、数学和生物学的交叉领域，因此创新团队成员间的跨界合作自然起到了关键作用。......阅读全文
基因测序领域再迎重大突破 近期有关基因测序领域的利好消息接连不断，相应基因测序板块的个股也有异动，如马应龙就于6月28日强势涨停。新华社消息，美国国家卫生研究院日前批准了首个利用被誉为“基因剪刀”的CRISPR基因编辑技术来治疗癌症的人体临床试验，让这种目前备受关注的生物医学技术在
在法医界有一句话，死者能 “开口说话”讲述事件的真相。而在昆明动物研究所野生动物司法鉴定中心，工作人员通过对野生动物标本与查获的动物及制品进行鉴定，就能判定捕捉、走私野生动物的犯罪行为。这是一只国家二级保护野生动物猕猴的骨骼。记者张悦/摄 为了保护濒危野生动物，
继2012年中国科学院昆明动物研究所、深圳华大基因研究院等单位合作完成了首个山羊全基因组图谱之后，6月昆明动物研究所，华大基因等处的研究人员又公布了绵羊基因组序列，并且将这一基因组与其它哺乳动物基因组进行了比对，构建了相关的系统发育树。这一研究成果公布在6月6日Science杂志上。 参与这项
2010年下旬，河南安阳曹操墓真伪之辩正酣。而一则来自上海的重磅消息更是引发了多方关注。复旦大学现代人类学教育部重点实验室宣布，向全国征集曹姓男性DNA样本，拟用基因组科学的手段验证出土的头骨是否为曹操本人。 一下子，基因组科学成为热门，这一话题“落入寻常百姓家”。 事实上，伴随着2
一、导读： 在大部分投资者对“二代测序”（NGS）还没有搞清技术细节的情况下，“三代测序”（3GS）又火了。 6月17日，医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅，我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此，我们结合各方面资料归纳总结了三代
由中国科学家领衔的一个国际科研小组5日宣布，历经5年时间，他们完成了对绵羊基因组的测序、组装及分析工作。这项成果使人们对反刍动物生物学有了崭新认识。更重要的是，中国是绵羊和山羊饲养及羊肉消费大国，新研究将促进选育出更优秀的肉羊新品种。 绵羊基因组的测序工作在2009年正式启动，其中中国科学院昆
由中国科学家领衔的一个国际科研小组 5 日宣布，历经 5 年时间，他们完成了对绵羊基因组的测序、组装及分析工作。这项成果使人们对反刍动物生物学有了崭新认识。更重要的是，中国是绵羊和山羊饲养及羊肉消费大国，新研究将促进选育出更优秀的肉羊新品
近日，国际期刊《PeerJ》在线发表了中国科学院昆明动物研究所马占山研究员与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。研究团队近日正式发布了一款代号为 Sparc 的软件(软件试用下载网址： https://sourceforge.net/projects/sparc-con
近期最新SCI影响因子公布，在Nature系列子刊中，除了综述类的三个期刊，Nature Genetics稳居前列(35.532)，影响因子超过Cell，Science等综合性期刊。其中的原因之一多为近年来基因组研究领域的蓬勃发展，带来的引用也逐步攀升，在这一研究领域，国内的学者发表过不少的
来自青海大学、深圳华大基因研究院和中科院昆明动物研究所等处的研究人员成功绘制出了藏羚羊(Tibetan antelope)的基因组序列草图，揭示出了高原适应的遗传机制。相关论文“Draft genome sequence of the Tibetan antelope”发表在5月14日的
10月11日，深圳华大基因研究院宣布，大熊猫晶晶的基因组框架图绘制完成，这是世界首例用短序列进行新物种测序与组装新技术完成的大型基因组序列图。 深圳华大基因研究院大熊猫基因组项目负责人田埂博士在接受记者采访时表示：“目前的基因组框架图涵盖基因组95%区域，覆盖基因区约98%。虽然这还不是最终的基因
大千世界无奇不有，这都是进化的功劳。大航海时代，科学家们扬帆远航去探索大自然的神奇造化。如今，科学家们正在测序技术的帮助下进一步揭示生命的奥秘。The scientist杂志对近期最热门的一些基因组测序成果进行了盘点，我国学者参与的两项测序研究格外引人注目。 种属：虎鲸（Orcinus orc
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长速度
由深圳华大基因研究院发起，中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心参与的合作研究成果《大熊猫基因组测序和组装》，1月21日以封面故事形式在国际权威杂志《自然》上发表。 在国家林业局、深圳市政府、深圳市盐田区政府及相关企业的支持下，“
新的一年即将来临，The scientist杂志盘点了2013年度的高引基因组研究，让我们看看今年又有哪些新解码的基因组受到热捧。 斑马鱼基因组 种属：Zebrafish, Danio rerio 基因组大小：~1.41 billion base pairs 斑马鱼(Da
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
牛是人类的老朋友，它们在数千年来的文明发展进程中占有重要地位，但牛属动物中的很多关键科学问题长期困扰着人们。中科院昆明动物研究所的研究人员利用大规模基因组数据，最新阐明了基因交流在牛属动物的驯化以及环境适应中的重要作用。 牛属现存物种包括普通牛、瘤牛、大额牛、印度野牛、
DNA基因测序技术从上世纪70年代起，历经三代技术后，目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。测序技术的应用也扩展到了生物、医学、制药、健康、农林、园艺、花卉、环保、法医等许多领域，并成为一项与我们衣食住行密切相关的高技术产业。据最新统计，2012年全球基因测序市场的产值已超过百亿，按最近几年增长
中国科学院昆明动物研究所“计算生物与医学生态学科组”研究员马占山与美国马里兰大学博士叶承曦在基因测序领域的合作取得新的突破。针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%~40%的现实，该团队研发出了一套“线性复杂度”的算法，这套算法复杂性最低，基于该新算法完成了Sparc软件的开发。 Sparc
牛是人类的老朋友，它们在数千年来的文明发展进程中占有重要地位，但牛属动物中的很多关键科学问题长期困扰着人们。中科院昆明动物研究所的研究人员利用大规模基因组数据，最新阐明了基因交流在牛属动物的驯化以及环境适应中的重要作用。牛属现存物种包括普通牛、瘤牛、大额牛、印度野牛、爪哇野牛、牦牛、欧洲野牛和美洲野
来自中科院昆明动物研究所、中科院北京生命科学研究院和兰州大学的研究人员，在新研究中揭示出了高海拔哺乳动物瘤胃微生物组的趋同进化。研究结果发布在6月16日的《Current Biology》杂志上。 中科院昆明动物研究所的施鹏（Peng Shi）研究员、中科院北京生命科学研究院赵方庆（Fangq
新华网2008年3月6日电 由中国科学家发起，加拿大、英国、美国、丹麦等国科学家联合参与的国际“大熊猫基因组研究”项目6日正式启动。中国科学家表示，将在半年之内完成大熊猫基因组的框架图。 据深圳华大基因研究院介绍，国际“大熊猫基因组研究”项目所产生的基因组信息将会对生态、进化、测序技术等众多科研领
由中国科学家发起，加拿大、英国、美国、丹麦等国科学家联合参与的国际“大熊猫基因组研究”项目6日正式启动。中国科学家表示，将在半年之内完成大熊猫基因组的框架图。 据深圳华大基因研究院介绍，国际“大熊猫基因组研究”项目所产生的基因组信息将会对生态、进化、测序技术等众多科研领域产生深远的影响。该项目的实
新华社北京12月13日电 记者13日从国家林业局获悉，由深圳华大基因研究院领衔，中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心共同参与的大熊猫基因组测序研究项目近日正式完成，并绘制出大熊猫基因组精细图。这是我国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进
近日，中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平和马占山领导的团队发布了以“10x Genomics测序”辅助“三代测序”的混合组装策略和软件技术。研究人员采用美国加州大学Jain等人2018年发表在Nature Biotechnology上（doi: 10.1038/nbt.4060.）的人类基因组
龙井43 中国农科院供图 近日，《自然—通讯》在线发表了我国科学家在茶树全基因组组装和茶树起源演化研究上取得的重要突破。该项研究由中国农业科学院茶叶研究所（以下简称茶叶所）和中国农业科学院深圳农业基因组研究所（以下简称基因组所）主导并
家养动物被人类成功驯化后，伴随着人类迁徙至世界各地。在这个过程中，家养动物会与当地各种野生近缘种相遇，从而发生杂交促使基因交流的发生。中国科学院昆明动物研究所研究员张亚平、吴东东课题组近期利用大规模基因组数据，阐明了基因交流在牛属动物的驯化以及环境适应中的重要作用，相关工作发表在Nature Eco
成都大熊猫繁育研究基地17日对外披露，日前顺利产下一只雄性健康大熊猫幼仔的大熊猫“晶晶”不仅出生于大熊猫“奥运家族”，它更是完成“大熊猫基因组草图”的世界第一只大熊猫。 据成都大熊猫繁育研究基地研究中心专家沈福军研究员介绍，2008年1月，由北京华大基因深圳研究院牵头，在深圳市盐田区万科东海岸
从中国科学院昆明动物研究所获悉，近期，该所科研人员完成了新版的树鼩基因组高精度测序、组装和注释。新版树鼩基因组填补了第一版基因组中约73%的拼装缺口。 据介绍，树鼩是一种与实验大鼠差不多大小的小型哺乳动物，为灵长类动物的近亲，在生物医学研究中颇具潜力。目前，树鼩已被用于感染性疾病如乙型肝炎、丙