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十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示，新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人员的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。 随着测序成本的持续下降，人们已经破译了许多生物的基因组。不过新一代测序产生的读取数据大多比较短，存在一定的技术限制。Pacific Biosciences公司的单分子实时测序(SMRT)是一种长读取测序技术。为了更好的利用这些长读取数据，研究人员开发了一种开放源代码基因组装配程序——FALCON-unzip。 研究人员用这种方法成果获得了高质量的杂合子基因组草图，包括拟南芥杂交F1代、红葡萄赤霞珠（cabernet sauvignon）和珊瑚菌（Clavicorona pyxidata）。赤霞珠是世界上最受欢迎的酿酒品种，“这些新技术......阅读全文
在基因组测序中，PCR扩增似乎是绕不过去的一步。然而，PCR也带来一些问题，包括不均匀扩增，导致某些序列的比例过高。对目前的新一代测序（NGS）平台而言，测序某些碱基组成上存在严重偏向的基因组区域仍是一大挑战。在GEN杂志上，Patricia Fitzpatrick Dimond博士介绍
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
作者：Carrie 单细胞测序技术 基因测序在体外诊断市场中的重要性日益突出。其中，单细胞测序技术自2009年问世，2013年被Nature Methods评为年度技术以来，越来越多地被应用在科研领域。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、S
《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学(targeted proteomics)。同时，杂志还介绍了2013年值得关注的技术，包括纳米孔测序仪(Disruptive nanopores)、微生物组功能研究(Probing microbiome func
来自西奈山Icahn医学院的科学家们开发了一种新方法，通过结合高通量的DNA测序及基因组作图构建出几近完整的基因组。这一方法使得研究人员能够检测复杂的基因组变异形式――由于与人类疾病有关联这些基因组变异极为重要，然而以往却难以检测到它们。这项研究发布在6月29日的《自然方法》（Nature M
正如大多数癌症，三阴性乳腺癌（TNBC）细胞在其基因组中有异常数量的染色体或DNA拷贝数畸变（CNAS）。最近，一项新的研究利用单细胞测序技术，对于“CNAS如何以及何时影响肿瘤的形成和生长”提供了前所未有的细节，这一信息对于癌症的诊断和治疗可能产生显著的影响。 这一研究结果发表在8月15日的
基因组结构变异是很多癌症、遗传病等疾病的重要诱因。目前基于二代测序技术检测基因组结构变异存在很大的局限性，而三代测序存在错误率较高等多种问题，尤其针对复杂结构变异大多软件识别能力较差。针对这一问题，近日，在Nature Methods发表的一项最新研究中，研究人员开发了基因组比对工具NGMLR和
辉煌过没落了，飘荡着忧伤；虽有希望，但罗氏面前，迷雾重重。 辉煌与没落 2013年10月，罗氏悄悄地启动454 Life Sciences关闭进程：130名雇员的解聘将在2014-2016年内逐步进行，2015年454测序仪生产计划完成后 ... 辉煌过没落了，飘荡着忧伤；虽有希望，但罗氏面前，
《Nature Methods》盘点2015年度技术，选出了最受关注的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）技术。 除此之外，也整理出了2016年最值得关注的几项技术，分别为：细胞内蛋白标记（Protein labeling in cells）、细胞核结构（Unraveling nuc
2003年人类基因组测序的完成可谓生命科学史上的一个里程碑。然而，这个项目并非没有缺陷。最终组装好的序列，也就是人们所说的参考基因组，是由单倍体序列组成，但是人类基因组却是二倍体的。 近日，美国的一组研究人员首次对二倍体的人类基因组进行了全面分析，并将其结果发表在《Nature Methods
本文中，小编整理了近年来科学家们在单碱基基因编辑研究领域取得的新进展，分享给大家！ 【1】Nat Commun：科学家首次在猪身上实现多位点单碱基编辑 doi：10.1038/s41467-019-10421-8 近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院赖良学课题组利用单碱基编辑器首次在猪
对环境样品（如海水、医院表面和人类肠道）直接进行微生物测序，已经阐明了我们世界中存在的大量微生物。然而，一个微生物物种可能存在遗传多样性，而在宏基因组分析中往往捕获不到这种多样性。最近在《Genome Research》发表的一项研究中，科学家们开发了一种新的工具，来检测细菌物种内的遗传差异，并
在今年一月，美国副总统拜登在瑞士达沃斯世界经济论坛的科学家小组讨论中提出了一系列攻克癌症的具体要求。其中，怎样通过大数据的收集、分析与应用来研究、预防与治疗癌症成为了一个格外引人注目的话题。 专家： Keith Perry：圣裘德儿童研究医院高级副总裁和首席信息官 Narayan Desa
随着基因组编辑系统的发展，没有什么比CRISPR/Cas更简单的了。然而，在实践中，将该系统限定于预期的位点可能是具有挑战性的，尤其是两个或两个以上的位点只有一个单碱基差异的情况。哈佛大学Wyss生物启发工程研究所的Benjamin Pruitt指出：“Cas9是杂乱的。在许多情况下，它将高效地
George M. Church是哈佛医学院的遗传学教授、Wyss研究所的核心成员。他被誉为是个人基因组学和合成生物学的先锋。1984年，Church和Walter Gilbert发表了首个直接基因组测序方法，该文章中的一些策略现在仍应用在二代测序技术中。此外，如今的多重化分子技术和条码式标签也
George M. Church是哈佛医学院的遗传学教授、Wyss研究所的核心成员。他被誉为是个人基因组学和合成生物学的先锋。1984年，Church和Walter Gilbert发表了首个直接基因组测序方法，该文章中的一些策略现在仍应用在二代测序技术中。此外，如今的多重化分子技术和条码式标签也
问世短短几年的CRISPR俨然已成为生命科学领域最耀眼的“明星”之一。除了作为常规的科研工具，这一被称为“魔剪”的基因编辑工具还被寄予了用于疾病治疗的厚望。目前，来自全球各国的科学家们正在开展CRISPR用于多种疾病治疗的研究，包括癌症、艾滋病、失明、免疫缺陷病症、杜氏肌营养不良症、镰状细胞病等
解析细胞表型是免疫学中一个共同的单细胞分析目标。然而，T细胞受体V(D)J基因区域的随机重排带来了T细胞群体的复杂变化。这形成了庞大的T细胞部队，以便识别特定的外源蛋白，引发有效的免疫反应。 为了在单细胞水平实现深度的T细胞分析，Fluidigm近日在C1™系统上推出了一个全新的免疫学应用 –
基因组编辑技术CRISPR/Cas9被《科学》杂志列为2013年年度十大科技进展之一，受到人们的高度重视。CRISPR是规律间隔性成簇短回文重复序列的简称，Cas是CRISPR相关蛋白的简称。CRISPR/Cas最初是在细菌体内发现的，是细菌用来识别和摧毁抗噬菌体和其他病原体入侵的防御系统。
新一代测序技术（NGS）大大增进了我们对疾病（比如癌症）的理解。不过NGS的研究对象是细胞群体，会掩盖细胞之间的异质性。正因如此，单细胞测序（SCS）技术受到了越来越多的关注。 德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员开发了首个用于单细胞DNA测序的突变检出程序，Monovar。这一重要成果发
英国Oxford Nanopore Technologies公司近日宣布，它重新开放了MinION测序仪的早期试用计划，希望吸纳更多用户来参与。同时，越来越多的计划参与者开始展示和发表他们的结果。 在上周举行的AGBT 2015大会上，英国基因组分析中心和美国冷泉港实验室的研究人员就介绍了利用
基因编辑是近年来发展起来的可以对基因组完成精确修饰的一种技术，可完成基因定点InDel突变、敲入、多位点同时突变和小片段的删失等。这项革命性的技术可让研究人员精确地改变基因组，从而有着广泛应用，包括基础研究、生物技术和人类基因疗法。 自从基因组编辑技术引爆科学界热潮以来，就有许多研究小组发现具
加拿大蒙特利尔大学和麦吉尔大学的研究团队在Nature Communications杂志上发布了一种强大的单细胞标记技术。这种光漂白细胞标记法（CLaP）将成为研究者们的宝贵工具，广泛用于各个领域的科学研究，特别是基因组学研究。 “我们把激光当作画笔，一个一个地标记细胞，”蒙特利尔大学副教授S
上一期为大家介绍了过去一年里CRISPR技术在动物造模及单碱基技术方面取得的重大突破。本期继续为大家从功能基因组筛选、细胞谱系示踪及疾病诊断方面谈谈CRISPR-Cas系统的技术运用。 一、大规模基因功能的筛选 尽管测序和基因组编辑技术取得了重大进展，但是解析复杂的基
四月二十七日的Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。该技术能够实现大规模的DNA和RNA平行测序，同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。 研究人员用G&T-se
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
单细胞测序研究一直是当今的热门话题，想知道单细胞技术有哪些重要的应用？想深入了解当今主流的单细胞测序技术吗？华大智造《单细胞测序技术讲堂》开讲啦！跟着小造一起寻找这些问题的答案。单细胞测序的重要性随着第二代测序(next generation sequencing，NGS) 技术和第三代测序(
人类基因组中大约有25,000个基因，这个数字不大，甚至和小小的果蝇基因数目相同，那区别于其它动物的人类智能，还有“千人千面”的多种族多面孔，又是如何而来呢？科学家告诉我们其中的一个重要原因就在于人类基因组DNA序列能以不同的方式拼接在一起，创建各种信使RNA，从而产生了人类需要的许多不同蛋白质
2013年末，《Nature Methods》杂志将年度技术授予了单细胞测序(single-cell sequencing)。同时，杂志还介绍了2014年值得关注的技术，包括CRISPR和基因组编辑、神经学工具、原位测序、单颗粒低温电子显微镜等。 追踪小的分子并干扰其活性对了解活细胞如
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制，即使是同类型细胞，基因表达也会出现差异。 那么，细胞之间的哪些差异有生物学意义，哪些差异来自于技术偏好呢？要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢？这