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GenomeResearch发表基因组研究新发现基因组

多伦多大学的科学家们发现,作为基因组看门人的C2H2-锌指蛋白(C2H2-ZF)实际上肩负着更加多样化的职责。这项发表在Genome Research杂志上的研究,有助于我们更准确地解读个人基因组。C2H2-ZF有大约七百个成员,是规模最大的一种人类蛋白。然而,人们对这些蛋白一直知之甚少。C2H2-ZF蛋白通过直接结合DNA起作用,对附近的基因进行控制。因此,了解这些蛋白的作用机制非常重要。此前人们认为,C2H2-ZF的功能是抑制大范围的基因。研究人员分析了131个C2H2-ZF蛋白,发现绝大多数C2H2-ZF其实有独特的DNA结合位点。过去人们还认为C2H2-ZF结合其他蛋白的能力有限。但这项研究表明,C2H2-ZF不仅能结合DNA,还可以与多种蛋白搭档,以不同方式调节基因。根据C2H2-ZF的互作蛋白来看,C2H2-ZF既能压制基因,也能启动基因,甚至会协助DNA包装。那么,C2H2-ZF是如何演化成最大最多样化的人类蛋白呢......阅读全文

基因数据分析的主流软件

在过去的几年中,许多生物的基因组完成了测序工作,如何对如此庞大的原始序列信息进行分析和应用,正是现在最为棘手的问题。大量的基因预测软件和在线工具应运而生。如何广泛而深入地了解并能有的放矢地利用这些工具,已经成为21世纪分子生物学家的必修课。随着大规模EST和cDNA序列信息的获取,那些基于表达序列同

耳朵能“听”出蛋白质结构突变

  能想象吗,用耳朵也能研究蛋白质!一国际研究小组20日在线上杂志《Heliyon》发表文章称,他们研发出一种声处理技术,可将蛋白质数据转换成有旋律的乐曲,科学家经过一定训练后即可从中听出不同的蛋白质结构,从而发现异常突变。研究人员称,这一独特的研究手段为枯燥的蛋白质研究添加了一点儿趣味。  一双慧

对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析

  贝勒医学院的研究人员近日对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析,并将结果发表在《Cell》杂志上。这种全面的研究策略有助于深入了解结肠癌,并有望推动早期诊断和新型疗法的开发。Bing Zhang博士  在贝勒医学院分子和人类遗传学教授Bing Zhang的领导下,研究团队生成了基因组和蛋白质组

颠覆性认知:复发性视网膜母细胞瘤蛋白可促进结肠癌

  结直肠癌是世界上第三大常见癌症,也是癌症相关死亡的主要病因之一。近年来,科学家在结直肠癌基因组、转录和蛋白质组学的研究发现了许多基因组变化,并揭示了这种疾病的广泛的分子异质性。肿瘤与正常组织之间的蛋白质组学差异是肿瘤生物标志物发现的关键,但在大量结直肠癌队列中还没有得到系统研究。  近日,由贝勒

最新Nature子刊精选选读

  《自然·医学》   美国乔治敦大学的医学研究人员发现了一种阻断尤文氏肉瘤相关融合蛋白活性的新方法,尤文氏肉瘤是一种发生在儿童和青少年期的罕见癌症。该项科研成果为研发治癌药物开发了新思路。   研究人员报告说,他们发现了一个小分子,并成功对其进行了测试。该小分子可阻止融合蛋白与形成肿瘤的另一个

只有8.2%的人类DNA是功能性的

  有将近99%的人类基因组并不编码蛋白质,虽然最近科学家对剩余的非编码DNA部分,做了大量的生化注释,但是,这些DNA序列大部分是否具有重要的功能角色,目前尚不清楚。  最近,牛津大学的研究人员指出,只有8.2%的人类DNA可能起重要的作用——是“功能性”的。  这个数字与2012年给出的数字非常

Science重大突破:构建人造细胞

  人们说,模仿是最真诚的奉承形式,但在细胞外模拟活细胞固有的复杂网络和动态互作却相当的困难。现在,来自Weizmann研究所的科学家们构建出了一个人造的、网络样细胞系统,其能够再现蛋白质合成的动态状况。  这一突破性的成果不仅可帮助更深入地了解基本生物过程,在未来还有可能为控制合成天然存在的蛋白质

果蝇细胞中发现五种主要染色质类型

该发现构成了描述表观基因组的新框架荷兰科学家在果蝇细胞中发现五种主要染色质类型  转录活性常染色质与受阻遏异染色质的染色质传统分类曾是一个有用的模型,但它应该进行升级,以适应人们日益增加的有关染色质功能域的知识。一项在果蝇中对与蛋白质有关的53种染色质进行的大规模综合性全基

Nature子刊:人类基因组的二元性

  人类不喜欢独处,他们的基因并没有什么不同。在一起我们会更加强大,两个版本的基因——分别来自父本和母本——互相不可缺少。最近,德国马克斯普朗克分子遗传学研究所的科学家们,分析了数百人的基因组成,并分别解码了两套染色体的遗传学信息。仅在这个相对较小的群体中,他们就发现了数百万个不同的基因形式。这些研

CRISPR:基因编辑刚初出茅庐

  每当有新的CIRSPR-Cas9相关文章发表时,Addgene公司的工作人员就会迫不及待地研读。Addgene是家非盈利公司,研究者们把自己使用的分子工具存放在这里,以供其他科学家们尽快使用这一技术。Addgene公司执行董事Joanne Kamens 指出,一篇大热的论文一发表,几分钟内他们就

Nature:CRISPR浪潮席卷学界

  每当有新的CIRSPR-Cas9相关文章发表时,Addgene公司的工作人员就会迫不及待地研读。Addgene是家非盈利公司,研究者们把自己使用的分子工具存放在这里,以供其他科学家们尽快使用这一技术。Addgene公司执行董事Joanne Kamens 指出,一篇大热的论文一发表,几分钟内他们就

“大数据”助力人类疾病研究

  近年来,科学家们依托“大数据”在改善人类健康、助力人类疾病研究上取得了重大进展,本文中,小编就对近期相关研究成果进行整理,分享给大家!  图片来源:CC0 Public Domain  【1】Front Immunol:大数据帮助设计更好的流感疫苗  doi:10.3389/fimmu.2019

中德合作锁定大肠杆菌疫情元凶

这张来自德国餐馆的照片帮助科学家确定了最终的罪魁祸首。   5月中旬,一场突如其来的疫情袭击德国。5月22日,德国首次通告世界卫生组织,本国感染肠出血性大肠杆菌的患者人数激增;5月25日,来自德国汉堡-埃普多夫大学医学中心临床部的装有纯化病菌DNA的小试管被运抵中国深圳华大基因

中国科学家绘制小麦A、D基因组草图

  作为世界三大粮食作物之一,小麦养活了全球40%的人口,提供人类营养所需的20%的热能和蛋白质。   随着基因组学的发展,水稻和玉米的基因组相继被破译,但关于小麦基因组的测序研究依然困难重重、进展缓慢,小麦基因组成了横在科学家面前的一座大山。   中科院遗传与发育生物学研究所植物细胞与染色体工

Cell提出一个新“组学”:蛋白质-代谢小分子互动组学

  科学家们提出了一个新的“组学”——一个处理蛋白质和小分子之间相互作用的互动组学(protein-metabolite interactomics)。此前系统生物学家专注于基因组学或蛋白质组学,现在他们日益发现了蛋白质-代谢小分子之间相互作用的重要性。  基因组学针对的是生物体基因的系统分析,而蛋

人类结肠癌蛋白质基因组学分析揭示出新的治疗策略

  在一项新的研究中,来自美国国家癌症研究所、贝勒医学院、太平洋西北国家实验室、华盛顿大学、范德堡大学和得克萨斯大学卫生科学中心等研究机构的研究人员通过对来自患者的结肠癌组织产生的全部基因和蛋白的分析,对这种肿瘤有了更全面的认识,并指出新的癌症生物学机制和可能的新治疗策略。这项研究强烈支持对肿瘤组织

更新再更新!基因总数的确定对我们的影响真那么大吗?

  自2001年人类基因组计划的最终草案公布以来,蛋白质编码基因的数目先是被确定在2~2.5万个,此后,这一数目先后又被一些研究机构分别修改至1.9万个和超过2.1万个。近日,西班牙国家癌症研究中心一项研究又认为,人类基因组中的编码基因可能会减少20%!意味着对人类基因数目的统计或又要推翻重来。然而

《科学》杂志评出2007年十大科技突破

北京时间12月21日消息,美国《科学》杂志12月21日公布了2007年度科学突破,“科学家发现人类基因组差异”荣登榜首,成为2007年度最大的科学突破。以下是《科学》杂志年度十大科学突破名单: 1.揭开人类基因组个体差异之谜 揭开人类基因组个体差异之谜 在更为先进的DNA排序技术和基因组

华中农业大学Nature子刊发表测序新成果

  来自华中农业大学、新加坡基因组研究员以及加州大学河滨分校等机构的研究人员报告称他们绘出了甜橙(sweet orange)基因组草图,为未来了解及改善许多重要的柑橘性状提供了有价值的资源。相关成果发布在11月25日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。   领导这一研

华中农业大学Nature子刊公布测序新成果

  来自华中农业大学、新加坡基因组研究员以及加州大学河滨分校等机构的研究人员报告称他们绘出了甜橙(sweet orange)基因组草图,为未来了解及改善许多重要的柑橘性状提供了有价值的资源。相关成果发布在11月25日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。   领导这一研

哈佛学者通过评估基因突变探秘蛋白质3D结构

  随着测序技术的不断发展,基因组测序已经变成一件平常的事情。在国外,越来越多的人可以从药店自行购买DNA测试盒,取样完成后寄给基因测序公司获取报告。我们不得不承认,如今基因分析在洞见人类遗传、疾病和健康方面有着不言而喻的先见性。但是即便是在当下基因分析红透半边天的时代,DNA指导合成蛋白质却仍存有

11月王牌聚焦:各种重大图谱成果扑面而来

  时近年末,各种重大成果好似扎堆一样接踵而来,人类蛋白质互作组图谱、人类基因组重组图谱、ENCODE重大成果接连公布,让人眼花缭乱,科学界“过年”的氛围扑面而来。  首先是科学家们公布了迄今为止最大规模的人类基因组编码蛋白直接互作图谱,并预测出了与癌症相关的几十个新基因。这一新“人类互作组(int

新型表面活性剂降低信号干扰 助力细胞膜蛋白质谱分析

  我们知道,DNA和基因组提供了生命的蓝图。但根据基因组指令制造的蛋白质是生物体构成的基本要素,为生物体所有细胞提供分子构建模块,同时也是治疗的关键目标。葛瑛副教授  构成人体的蛋白质有许多不同种类,并且它们已经被科学家们广泛研究。但仍有一些蛋白,例如一些难溶于水的蛋白质无法轻易分析。对于存在于细

专家点评Nature 中国科学家发现肝癌精准治疗新靶点

  肝癌由于预后差、死亡率高、不易早期诊断等特征,也常被称为“癌中之王”(一般认为是胰腺癌)。肝癌是对各种组织学上不同类型的原发性肝脏肿瘤的统称,主要包括肝细胞癌、肝内胆管癌、肝母细胞癌、胆管囊腺癌等。其中,肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)占绝大部分,约占原发性

重新编码生命药物研发的革新,更是生物领域的伟大尝试

  经历了数百万年的进化后,地球上的所有生物都拥有64个遗传基因密码子。但是哈佛大学的科学家认为他们可以改变这一现状,近日他们发表文章称,在实验室里他们创造了一个只含有57个密码子的完整的细菌基因组。这一实验对生物基因学来说具有十分重要的意义。  乍一看,这个实验对转基因细菌培育药物有很好的推进作用

瑞典斥巨资创建国家生命科学中心

随着生命科学实验室大楼在斯德哥尔摩的启用,欧洲云杉的测序工作即将开始,这个实验室的目标是成为瑞典的一个国家生命科学中心。  一年前,瑞典的克鲁克-爱丽线·瓦伦堡基金会宣布,提供1000万美元研究经费,测定欧洲云杉的基因组序列;如今,据最新出版的《科学》杂志报道,首都斯德哥尔摩的官员表

2012年世界各国生物技术发展回顾

  美国   遗传学研究精彩纷呈;细胞学研究成果丰硕;药理学研究取得新成果;艾滋病研究与治疗获得突破性进展;肿瘤学研究取得成效。   南加利福尼亚大学开发出一种绘制DNA之间接触位点的新方法,并利用计算机模型绘制出一个细胞中完整DNA链——基因组的精确三维图像;亚利桑那州立大学制造出一个能折叠成

2亿美元“精准医疗计划”卖的是啥药?

  近期的医学网络热词,莫过于“精准医疗”了,因为给它做广告的是美国总统奥巴马,而在奥巴马身后,是现任NIH(美国国立卫生研究院)的主任Francis Collins和NCI(美国国家癌症研究所)的所长Harold E. Varmus两位大牛。这两位人物管理着美国医学研究最主要的研究领域。如此高调、

全球合作项目!揭示大脑灰质遗传结构

  大脑外层相对较薄、折叠的“灰质”层,对思考、信息处理、记忆和注意力至关重要。此前科学家怀疑大脑皮层表面积和厚度的遗传基础与精神分裂症、双相情感障碍、抑郁症、注意缺陷多动障碍(ADHD)和孤独症等多种精神特征有关,但目前还未得到太多证据。  十年前,为寻找200多个基因组区域和300多个影响大脑皮

盘点2014年度十大改变世界的革命性技术

  基因编辑更快更准更简单  1973年,斯坦利•N•科恩(Stanley N. Cohen)和赫伯特•W•博耶(Herbert W. Boyer)找到了改变生物体基因组的方法,成功将蛙的DNA插入到细菌中。20世纪70年代末,博耶的基因泰克(Genetech)公司对大肠杆菌进行基因改造,使其带有一