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Science:震惊!公共数据库存在非常高的测序错误

在一项新的研究中,来自新英格兰生物学实验室公司(New England Biolabs Inc., 简称NEB)的一个研究团队发现储存在公共数据库中的DNA测序样品具有比期待中更高的低频突变错误率(low-frequency mutation error rate)。他们描述了他们如何开发出一种能够计算DNA测序样品中错误率的算法,以及当在两种公共基因组数据库中运行时,它揭示了什么。相关研究结果发表在2017年2月17日的Science期刊上,论文标题为“DNA damage is a pervasive cause of sequencing errors, directly confounding variant identification”。 当研究DNA在导致癌性肿瘤(cancerous tumor)的细胞突变中的作用时,研究人员依赖于储存测序信息的数据库的准确性,比如当尝试着找出趋势时,依赖于这些数据库中的信息......阅读全文

DNA测序-电泳的样品制备

  当在预电泳时,即可进行样品的制备,将反应完毕的样品在沸水浴中加热1~3分钟,立即置于冰上即可。如果样品长时间不用,则应重新处理。可使用4~6%聚丙烯酰胺凝胶,胶厚0.4 mm。厚度小于0.4 mm的胶可能导致信号太弱。加样时不必吸去上层覆盖的矿物油,但要小心地吸取矿物油下的蓝色样品。

SiMSen-Seq:DNA测序错误率降至万分之一

  加拿大多伦多安大略癌症研究所(OICR)的研究员与国际合作者发明了一种技术,提高了重要癌症检测的敏感度。  最近发表在Nature Protocols杂志上的文章描述了提高DNA测序的敏感度的改进方法。该方法被称为SiMSen-Seq,可以帮助检测癌症复发,以更快的速度改善病人的预后。  聚合酶

SiMSen-Seq:DNA测序错误率降至万分之一

  生物通报道:加拿大多伦多安大略癌症研究所(OICR)的研究员与国际合作者发明了一种技术,提高了重要癌症检测的敏感度。  最近发表在Nature Protocols杂志上的文章描述了提高DNA测序的敏感度的改进方法。该方法被称为SiMSen-Seq,可以帮助检测癌症复发,以更快的速度改善病人的预后

新型产前DNA检测能降低唐筛错误率

  准爸妈们有许多事情要处理。为了生个健康的宝宝,准妈妈的饮食要注意,行为也要注意。也有许多地方有些不同的建议,有好也有坏。不过近年产前DNA检测领域发展迅速,现在我们已经能在妊娠早期检测出少见但在逐渐增加的遗传病。   在近期的新技术出现之前,检测胚胎的基因组成的唯一途径还是羊膜穿刺术,医生将

DNA测序

DNA测序(主要内容如下)·         Sequencing Gel Preparation·         Preparation of Templates ·         DNA Sequencing by the Dideoxy Method·         DNA Sequen

DNA测序

                自动测序法 双脱氧链末端终止法 非同位素银染 鸟枪法 Maxam-Gilbert化学修饰法             实验方法

DNA测序

实验方法原理 ABI  PRISM 310型基因分析仪(即DNA测序仪),采用毛细管电泳技术取代传统的聚丙烯酰胺平板电泳,应用该公司专利的四色荧光染料标记的ddNTP(标记终止物法),因此通过单引物PCR测序反应,生成的PCR产物则是相差1个碱基的3'末端为4种不同荧光染料的单链DN

DNA测序技术预电泳的注意和样品的制备

  [注意]  (1). 用鲨鱼齿梳制作加样孔时,应注意将齿尖插入胶中0.5mm左右,千万注意不能使加样孔渗漏,否则得不到正确的结果。  (2). 应时刻注意上面电泳槽中的缓冲液是否渗漏,否则极易造成短路而损坏电泳仪。  样品的制备  当在预电泳时,即可进行样品的制备,将反应完毕的样品在沸水浴中加热

DNA测序的测序原理

DNA测序的测序原理是:利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团,使延长的寡聚核苷酸

DNA测序的测序技术

高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称“下一代”测序技术(Next-generation sequencing technology),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等,主要有以