Nature Methods:两种新型 CRISPR 脱靶效应的分析方法

昨日,在 Nature Methods 同时刊登的两篇研究中,发表了两种分析 CRISPR/Cas -9 基因组编辑脱靶效应的新方法。其中一种方法可以鉴定细胞类型特异性 SNP 相关的脱靶突变,另一种则可以检测潜在脱靶切割位点。 第一项研究中,来自麻省综合医院(MGH)和哈弗大学的研究人员开发了一种通过测序体外检测切割效应的方法,称作 CIRCLE-seq,该方法是一种高度灵敏的体外筛查法,比现有识别 CRISPR/Cas9 全基因组脱靶突变的细胞学或生化方法更有效。 “与之前的体外方法不同,我们所展示的 CIRCLE-seq 可以使用下一代测序技术,并且不需要参考基因组序列。”作者在文章提到,“更重要的是,CIRCLE-seq 可以用来识别与细胞类型特异性 SNP 相关的脱靶突变,进而证明个性化的特异性分析的可行性和重要性。CIRCLE-seq 提供了一种快速、全面可行的识别全基因组范围 CRISPR/Cas9 脱靶突......阅读全文

给基因编辑做“体检”:让脱靶无处隐藏

 研究人员在观察胚胎培养情况。 中科院神经科学研究所供图  “渐冻人”(运动神经元症)、“玻璃娃娃”(成骨不全症 )、“月亮孩子”(白化病)、地中海贫血……各种各样的罕见病一直因发病率低而缺乏有效的治疗方案,给患者和家庭带来无限的痛苦。  据统计,全球有7000多种罕见病,其中80%的罕见病是单基因

“基因魔剪”有了脱靶突变检测系统

  据英国《自然》杂志9月12日在线发表的一项基因编辑学研究,欧洲与美国科学家团队报告称:针对CRISPR-Cas9基因组编辑的全基因组脱靶效应的高效检测系统,在小鼠身上完成了测试。该研究成果将促进基因组编辑从研究到临床的转化。  CRISPR-Cas9基因组编辑技术有“基因魔剪”之称,被认为是人类

科学家建立“GOTI”新型脱靶检测技术

  3月1日,《科学》(Science)杂志发表了一篇名为《胞嘧啶单碱基编辑会导致大量单核苷酸突变的脱靶》的研究论文,该研究由中国科学院神经科学研究所(中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心)、上海脑科学与类脑研究中心、神经科学国家重点实验室、中国科学院灵长类神经生物学重点实验室杨辉研究组与中国科学

CRISPR实验指南:如何检测CRISPR脱靶突变(一)

  张锋实验室的一位研究生:Winston Yan的项目就是利用CRISPR-Cas9基因组编辑系统的一个突变来敲除调控小鼠胆固醇的基因。“最终的目的是为治疗应用铺平道路,”Yan说,他最近完成了他的研究生工作,同时也第一次遇到CRISPR脱靶效应的问题。  CRISPR能帮助研究人员快速有效地对基

Nature子刊:巧解基因编辑脱靶问题

  科学家们发现,只需要对一种强力基因编辑工具作一个简单的改动,就能大大提高它的特异性。   在合成蛋白CRISPR-Cas RNA引导性核酸酶(RNA-guided nucleases,RGNs)中,引导性RNA(gRNA)是一个重要的组分。麻省总医院(MGH)的研究人员发现,对gRNA的长

钩状效应的效应

前带、后带效应从图中可见,曲线的高峰部分是抗原抗体分子比例合适的范围,称为抗原抗体反应的等价带(zone of equivalence)。在此范围内,抗原抗体充分结合,形成的沉淀物最多,表明抗原与抗体浓度的比例最为合适,称为最适比(optimalratio)。在等价带前后分别为抗体、抗原过剩则影响沉

电光效应的效应特点

某些晶体,特别是压电晶体,在外加电场的作用下,改变了原先各向异性的性质(如沿原先光轴的方向产生了附加的双折射效应),这种电光效应称为普克耳斯效应。普克尔斯效应与克尔效应相比,有以下特点:a)具有泡克耳斯效应的透明介质一般为晶体;b)普克尔斯效应是线性电光效应,由附加双折射效应所引起的o光和e光的相位

电光效应的效应特点

某些晶体,特别是压电晶体,在外加电场的作用下,改变了原先各向异性的性质(如沿原先光轴的方向产生了附加的双折射效应),这种电光效应称为普克耳斯效应。普克尔斯效应与克尔效应相比,有以下特点:a)具有泡克耳斯效应的透明介质一般为晶体;b)普克尔斯效应是线性电光效应,由附加双折射效应所引起的o光和e光的相位

微振动传感器-让星际传播“不脱靶”

  记者从天津大学获悉,该校李醒飞教授团队将磁流体动力学应用于微角振动传感中,通过高带宽、低噪声的微角振动信号拾取和反馈控制,结合惯性稳定平台技术,在解决长距离激光束稳定捕获、跟踪和瞄准方面取得突破,突破了国外对亚微弧度角振动测量关键技术的封锁,填补了国内空间微角振动在轨测量技术空白。日前,该团队研

基因科学和医学领域的新学科——脱靶基因组编辑

  随着基因组编辑技术的不断发展,基因组编辑设计过程中的非特异性基因突变导致的脱靶效应形成了一门新的基因科学学科和医学学科。基因编辑和检测方法,基因改变的解析方法或对照参考的不同,使基因组编辑发生脱靶效应,从而导致不同程度的短期和长期副作用,毒性或动力学改变。对基因组编辑产生的直接或间接的动态脱靶效

DNA碱基编辑器或能诱导大量脱靶RNA突变!

  DNA碱基编辑方法能够直接在基因组DNA中进行点突变的校正,同时并不会产生任何双链的断裂(DSBs,double-strand breaks),但潜在的脱靶效应常常限制了这些方法的应用,腺相关病毒(AAV)是DNA编辑基因疗法中最常用的传递系统,由于这些病毒能够在体内持续维持基因表达的功能,因此

应用慢病毒载体检测CRISPRCAS9和TALEN脱靶

  近日,国际生物学期刊nature biotechnology在线刊登了美国科学家的一项最新研究成果,他们应用整合酶缺陷的慢病毒载体(IDLV)检测CRISPR-CAS9和TALEN对基因组造成的脱靶效应,最低可检测1%的脱靶频率。这项研究或对推广CRISPR-CAS9和TALEN技术,保证基因操

关于别构效应的效应通性介绍

  1965年 J.莫诺等提出,具有别构效应的体系应具有以下的通性:  ①大部份别构蛋白质是含有几个亚单位的寡聚体或多聚体。  ②别构效应常和蛋白质的四级结构变化有关(即亚基间键的变化)。  ③异促效应可以是正的或负的,而同促效应总是正的协同作用。  ④已经知道的仅具有异促效应的体系很少,但多数含有

正常塞曼效应和反常塞曼效应

在正常塞曼效应中,每条谱线分裂为3条分线,中间1条为π组分,其频率不受磁场的影响;其他两条称为组分,其频率与磁场强度成正比。在反常塞曼效应中,每条谱线分裂为3条分线或更多条分线,这是由谱线本身的性质所决定的。反常塞曼效应,是原子谱线分裂的普遍现象,而正常塞曼效应仅仅是假定电子自旋动量矩为零,原子只有

RNA干扰回复实验

RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。Off-target效应Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce

RNA干扰回复实验

RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。Off-target效应Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce

RNA干扰回复实验的方法和原理介绍

RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。Off-target效应Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce

RNA干扰回复实验原理介绍

RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。Off-target效应Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce

RNA干扰回复实验介绍

RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。Off-target效应Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce

RNA干扰回复实验

RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。Off-target效应Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can Induce

RNA干扰回复实验的基本介绍

  RNA干扰回复实验,主要是为了说明Off-target效应。  Off-target效应  Off-target effects(脱靶效应)最早由Dharmacon科学家Jackson和他的同事们提出(Fedorov,Y.,et al. "Off-targeting By siRNA Can I

康普顿效应

  康普顿实验发展  1904年,英国物理学家伊夫(A. S . Eve)在研究γ射线的吸收和散射性质时,就发现了康普顿效应的迹象。试验装置是用镭来发出γ射线,经散射物散射后,用静电计来接收粒子信号。在入射射线或散射射线的途中插一吸收物以检验其穿透力。伊夫发现,散射后的射线往往比入射射线要“软”些。

Nature发布突破性CRISPRCas9新技术

   一种改良版本的新型基因编辑CRISPR-Cas9核酸酶似乎可以强有力地消除当前这一技术一个非常重要的限制:不必要的脱靶DNA断裂,将它们降低至无法检测到的水平。在发表于《自然》(Nature)杂志上的研究论文中,麻省总医院(MGH)的研究人员描述了改造Cas9酶,减少它与靶DNA的非特异性互作

Nat-Meth:-新方法终结CRISPRCAS9争论

  基因编辑是近年来发展起来的可以对基因组完成精确修饰的一种技术,可完成基因定点InDel突变、敲入、多位点同时突变和小片段的删失等。这项革命性的技术可让研究人员精确地改变基因组,从而有着广泛应用,包括基础研究、生物技术和人类基因疗法。  自从基因组编辑技术引爆科学界热潮以来,就有许多研究小组发现具

关于位置效应的稳定型效应介绍

  简称S型位置效应,表型改变是稳定的。  果蝇的复眼由许多小眼组成。野生型的正常复眼呈椭圆形;棒眼突变型由于小眼数的显著减少而呈不同程度的狭棒形。棒眼基因B为显性,位于X染色体上。纯合的棒眼果蝇的后代中常出现少数野生型个体;同时出现少数复眼比棒眼更狭细的超棒眼个体。这两种个体出现的频率都约占1/1

磁光效应和光磁效应的概念

磁光效应克尔磁光效应的最重要应用就是观察铁磁材料中难以捉摸的磁畴。因不同磁畴区的磁化强度的不同取向使入射偏振光产生方向、大小不同的偏振面旋转,再经过检偏器后就出现了与磁畴相应的明暗不同的区域。利用现代技术,不但可进行静态观察,还可进行动态研究。这些都导致一些重要发现和关于磁畴、磁学参数的有效测量。光

光磁电效应和霍尔效应的异同

光磁电效应和霍尔效应的异同虽然,光磁电效应与霍尔效应相似,但是它们是不同的效应。体现在三个方面:1)光磁电效应中在磁场作用下移动的是电子空穴对,而霍尔效应中移动的是自由电子。2)针对材料不同,一个是半导体材料,一个是导体材料。3)使用情形也不一样,一个需要光照,一个不需要。利用光磁电效应可制成半导体

诱导效应与共轭效应的异同

  (1)不同之处  诱导效应:存在σ键中;通过原子间电负性的差异而导致键的极性改变使整个分子电子云发生移动;是短距离效应,一般有3个碳原子后基本消失;极化变化是单一方向。  共轭效应:存在于共轭体系中;通过π电子的运动,沿着共轭链传递;强度一般不因共轭链的长度而受影响,属长距离电子效应;极性交替出

什么是-电荷效应-浓缩效应-转移电泳

电泳过程必须在一种支持介质中进行。Tiselius等在1937年进行的自由界面电泳没有固定支持介质,扩散和对流都比较强,影响分离效果。所以出现了固定支持介质的电泳,样品在固定的介质中进行电泳过程,减少了扩散和对流等干扰作用。最初的支持介质是滤纸和醋酸纤维素膜,目前这些介质在实验室已经应用得较少。在很

光磁电效应和霍尔效应的异同

虽然,光磁电效应与霍尔效应相似,但是它们是不同的效应。体现在三个方面,1)光磁电效应中在磁场作用下移动的是电子空穴对,而霍尔效应中移动的是自由电子。2)针对材料不同,一个是半导体材料,一个是导体材料。3)使用情形也不一样,一个需要光照,一个不需要。利用光磁电效应可制成半导体红外探测器。这类半导体材料