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生科院发布首个全球人群基因组多样性和祖源信息数据库

11月3日,中国科学院上海生命科学研究院(人口健康领域)计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果,以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human populations为题,在线发表在《核酸研究》上。该研究分析了涵盖全球范围107个国家的356个人类族群的基因组多样性和祖源信息,并发布了开放获取的专门数据库——PGG.Population(群体基因组学·族群)。PGG.Population是迄今唯一在基因组水平专门解析人类族群遗传关系和祖源信息的公开数据库,也是目前收集族群数量最大的群体基因组数据库,为研究人员、临床医生及学生和公众理解不同人群的遗传背景提供查询和分析平台。 人类族群多样性的形成是迁移、隔离、分化、再接触和交流的复杂演化过程。同时,长期对特定环境的适应或能影响特定的性状以......阅读全文

Nature:用单细胞基因组探索多样性

  宏基因组研究极大地提高了我们对于细菌以及古细菌多样性的理解。然而,环境宏基因组数据往往不容许个别物种的基因组组装,因此,大多数完整的基因组序列来自于培养的微生物。如今,两个新的大规模研究利用单细胞基因组,直接从未培养的环境样本中恢复了细菌和古细菌基因组。   Rinke等人利用荧光活化性细胞分

Cell:全基因组测序揭示人类遗传多样性

  遗传的历史就书写在现代非洲人的DNA中,但还需要一些调查工作来对其进行注释。在即将出现在8月3号《细胞》(Cell)杂志封面上的一篇报道中,宾夕法尼亚大学的遗传学家们和他们的同事对分属三个不同狩猎者(hunter-gatherer)群体的15个非洲人的完全测序基因组进行了分析,并破解了一些必定涉

基因组多样性和祖源信息数据库

   11月3日,中国科学院上海生命科学研究院(人口健康领域)计算生物学研究所徐书华课题组的研究成果,以PGG.Population: a database for understanding genomic diversity and genetic ancestry of human popul

我国专家首绘蝎子基因组图谱 揭开多样性面纱

  由武汉大学领衔,与上海生物信息技术研究中心合作,近日完成了对马氏正钳蝎(Mesobuthus martensii)的基因组测序,预测了32016个蛋白质编码基因,在国际上第一个揭示了蝎子(scorpion)这一种独特的节肢动物适应模式。   专家表示,马氏正钳蝎基因组的解析揭开了蝎毒素多样

多样性增加281%,人类肠道菌群基因组图谱公布!

  近两年来,以免疫检查点为药物靶点的免疫检查点抑制剂治疗癌症受到越来越多科研工作者的青睐。但是临床研究结果表明,许多癌症患者因接受免疫药物治疗而出现不同程度的免疫相关不良反应,最终出现不得不提前终止治疗的情况。  而寄居在人体内的肠道菌群可以影响免疫检查点抑制剂治疗癌症,能够极大地改善患者对该疗法

大豆基因组重测序表明:野生大豆遗传多样性更高

  “中原有菽,庶民采之。”五千年前,华夏始祖将野生大豆驯化,变成今天的“五谷”之一。而今,一项被称为“大豆回家”的基因组研究计划在其故乡中国取得突破。   11月15日,由香港中文大学、华大基因研究院、农业部基因组重点实验室、中国农业科学院等单位合作完成的《31个大豆基因组重测序揭示遗传多样性和

蝴蝶基因组大小进化进展 发现表型多样性进化遗传基础

  蝴蝶因其丰富的形态多样性,自达尔文时代就作为研究物种适应性进化的重要类群之一,近几年更被认为是研究形态遗传、进化和发育的理想模型,已成为发育生物学、进化生物学、种群遗传学、保护生物学和生态学等研究领域的重要模式生物之一。  中国科学院昆明动物研究所科研团队在2015年完成所有蝴蝶模式种金凤蝶及其

2012国际热带生物多样性及基因组学研讨会开幕

  6月4日,“2012国际热带生物多样性及基因组学专题研讨会”(Workshop on Tropical Biodiversity and Genomics at Xishuangbanna Tropical Botanical Garden)在中国科学院西双版纳热带植物园举行。会议

上海生科院发布基因组多样性和祖源信息数据库

   该研究分析了涵盖全球范围107个国家的356个人类族群的基因组多样性和祖源信息,并发布了开放获取的专门数据库——PGG.Population(群体基因组学·族群)。PGG.Population是迄今唯一在基因组水平专门解析人类族群遗传关系和祖源信息的公开数据库,也是目前收集族群数量最大的群体基

植物多样性能预测昆虫多样性

  日前,应用宏条形码技术,中科院昆明动物研究所研究员俞维理课题组对“植物多样性精确预测昆虫多样性”的重要结论进行了验证和扩展。   昆虫具有宿主特异性,因此植物多样性应该能够预测昆虫多样性,但是已有的研究并不支持该结论;直到Basset 等人在一个热带森林里进行前所未有的全面采样,并结合复杂的