DNAmicroarray相关的基因表达数据处理攻略
基因表达谱 的发展有助于科研工作人员进一步的理论知识充实及应用到研发等领域中。基因芯片是最近几年发展起来的基因表达重要工具，本文主要对这种技术的数据分析和管理方法作具体介绍。一、引言DNA微阵列(DNA microarray),也叫基因芯片，是近几年发展起来的一种能快速、高效检测DNA片段序列、基因型及其多态性或基因表达水平的新技术。它将几十个到上百万个不等的称之为探针的核苷酸序列固定在微小的(约1cm2)玻璃或硅片等固体基片或膜上，该固定有探阵的基片就称之为DNA微阵列。它利用核苷酸分子在形成双链时遵循碱基互补原则，可以检测出样本中与探阵阵列中互补的核苷酸片段，从而得到样本中关于基因结构和表达的信息。它的技术来源追溯到一个多世纪之前，Ed Southern发现被标记的核酸分子能够与另一被固化的核酸分子配对杂交 。因此，Southern blot可被看做是最早的基因芯片。在八十年代，Bains W.等人就将短的DNA片断固定到支......阅读全文
关于基因表达的介绍
基因的表达过程是将DNA上的遗传信息传递给mRNA,然后再经过翻译将其传递给蛋白质。在翻译过程中tRNA负责与特定氨基酸结合，并将它们运送到核糖体，这些氨基酸在那里相互连接形成蛋白质。这一过程由tRNA合成酶介导，一旦出现问题就会生成错误的蛋白质，进而造成灾难性的后果。值得庆幸的是，tRNA分子
基因表达系列分析简介
1995年Velculescu等提出了基因表达系列分析(Serial Analysis of Gene Expression,SAGE)技术，能同时对上千个转录本进行研究。 SAGE是一种快速分析基因表达信息的技术,它通过快速和详细分析成千上万个表达序列标签（Expressed Sequenc
胀泡与基因表达
在个体发育的某个阶段或某些化学物质的诱发下，多线染色体的某些带纹变得疏松膨大而形成胀泡。最大的胀泡叫做巴尔比安尼氏环。胀泡是基因转录和翻译的形态学标志，在这里DNA解旋呈开放环，RNA的合成很活跃；核糖体排列成多聚核糖体长链，多肽链的长度有一个梯度，甚至还可观察到从巴尔比安尼环上新合成的蛋白质分泌颗
基因的复制与表达
生物的遗传物质基础是核酸（nucleic acid),它也是基因的基本结构，它们的化学组成分子结构符合遗传物质的稳定性、连续性及多样性的要求。 （一)核酸的化学组成 核酸结构的基本单位是核苷酸（nucleic acid)，每个核苷酸由1个磷酸、1个五碳糖和1个碱基3部分组成。核酸有两类：
基因表达组件的概念
中文名称表达组件英文名称expression cassette定 义与基因表达有关的一系列序列元件的组合。常包括启动子、编码序列、终止子、增强子等。完整的表达组件是能够表达出目的物的成套基因元件。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级学科）
什么是基因表达调控
分为转录水平上的基因表达调控和翻译水平上的基因表达调控。1.转录水平的调控：包括DNA转录成RNA时的是否转录及转录频率的调控，DNA的序列决定了DNA的空间构型，DNA的空间构型决定了转录因子是否可以顺利的结合到DNA的调控序列上，比如结合到TATA等序列上。2.翻译水平的调控：翻译水平的调控又可
基因超表达的概念
超表达是指目的基因的全长序列与高活性组成型启动子或组织特异性启动子融合，通过转化，获得该基因产物大量积累的植株。
基因表达调控主要表现
基因表达调控主要表现在以下几个方面：①转录水平上的调控；②mRNA加工、成熟水平上的调控；③翻译水平上的调控；
基因异位表达的概念
自然状态下细胞内大多数基因表达都有组织特异性和诱导表达性,人为操纵外源基因的导入和表达称之为异位表达( ectopic expression) 。功能性外源基因的异位表达势必对细胞造成一定的影响,这种影响可以是多方面的,随基因的功能和细胞类型的不同而不同。
基因表达的机制原理
转录转录过程由RNA聚合酶（RNAP）进行，以DNA为模板，产物为RNA。RNA聚合酶沿着一段DNA移动，留下新合成的RNA链。基因组DNA由两条反向平行和反向互补链组成，每条链具有5'和3'末端。这两条链分别称为“模板链”（产生RNA转录物的模板）和“编码链”（含有转录本序列的DN
甲醇酵母基因表达系统
1 甲醇酵母表达系统的特点 1.1 宿主 七十年代巴斯德毕赤酵母曾被用于生产单细胞蛋白（SCP），有很好的发酵基础，菌体密度可达100g/L干重。其生长培养液的组分包括无机盐、微量元素、生物素、氮源和碳源，廉价而无毒。它能在以甲醇为唯一碳源的培养基中快速生长，其中醇氧化酶AOX——甲醇代谢途径
基因芯片数据处理流程与分析介绍
当人类基因体定序计划的重要里程碑完成之后，生命科学正式迈入了一个后基因体时代，基因芯片 (microarray) 的出现让研究人员得以宏观的视野来探讨分子机转。不过分析是相当复杂的学问，正因为基因芯片成千上万的信息使得分析数据量庞大，更需要应用到生物统计与生物信息相关软件的协助。要取得一完整的数据结
欧洲学者：基因表达尚“表达”不了死者死亡时间
最近，英国《自然·通讯》杂志发表文章称，欧洲科学家根据生物库的数据分析表明，死亡引起的不同组织的基因表达变化，将可用于估计死者的死亡时间。该消息引发公众广泛关注。图片来源于网络 在刑侦领域，死亡时间的确定是破案最重要的线索之一，围绕它展开的相关研究一直没有停止。但是，现实没有我们想得那么乐观。
基因测序：数据处理与标准问题仍待解
图片来源：百度图片 目前我国在数据行业标准方面概念还很模糊，这就导致科研机构、医疗机构、企业在利用基因数据的时候，没有统一的规则，也造成基因测序行业良莠不齐。这种情况，亟须得到改变。 基因测序，一直被视为生命科学和生物技术发展的重大革命。在经历过前些年的积累之后，今年的基因测序行
基因测序：数据处理与标准问题仍待解
【导读】目前我国在数据行业标准方面概念还很模糊，这就导致科研机构、医疗机构、企业在利用基因数据的时候，没有统一的规则，也造成基因测序行业良莠不齐。这种情况，亟须得到改变。 目前我国在数据行业标准方面概念还很模糊，这就导致科研机构、医疗机构、企业在利用基因数据的时候，没有统一的规则，也造成基因测
同种异形基因表达的定义
中文名称同种异形基因表达英文名称allotopic gene expression定 义同一种属生物的不同个体间基因表达的差异,这是等位基因变异造成的,结果使同一蛋白质产物在不同个体间有所差异。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),基因表达与调控(二级学科)
Nature揭开基因表达的秘密
你的DNA不止控制了你的眼睛是什么颜色，是否可以卷起你的舌头。你的基因中包含了生成所有蛋白质的指令，细胞时时需要蛋白质来维持你的生存。然而直到现在，这一过程在分子水平上运作的一些关键方面仍然是难解的谜。 利用低温电子显微镜(cryo-EM)，劳伦斯伯克利国家实验室的科学家Eva Nogales
痘苗病毒系统基因表达实验
重组痘苗病毒（VTF7-3）感染后的脂质体转染 两种重组痘苗病毒共感染细胞 实验方法原理 本方案从构建外源基因位于 PT7 和 T7 终止子之间的质
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿 试剂、试剂盒 溶液与缓冲液 引物
基因表达的系列分析实验
SAGE(Velculescuetal.1995) 是基于 PCR 技术的一种高灵敏度研究基因表达的方法，可得到 mRNA 文库的定性及定量信息。自 1995 年此技术产生以来，发表了大量的相关文章，表明 SAGE 可同时检测大量基因的表达水平的变化。实验材料玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒溶液与缓冲液引
Cell：基因表达分析的反思
在最新一期（10月26日）的《细胞》（Cell）杂志上，来自怀特黑德研究所的研究人员报告称在生成和注释来自全基因表达（global gene expression）分析的数据时所采用的一种常用假设可以造成当前广泛的生物学研究中关于基因活性与细胞行为的结论出现严重错误。 怀特黑德研究所成员Richa
调节基因表达与否的开关
研究学者发现一种特殊的分子结构，这种分子结构起着开关的作用，可以调节基因的表达和关闭。这一发现发表在10月份第21期“Cell”杂志上。 近年来，分子生物学中的一个重要发现，即基因表达的开放或激活、关闭或抑制是如何被调节的。这一机制与人类的疾病（如调节细胞生长基因的不适当激活或抑制是癌症
TLP基因的表达模式分析
实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析，为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析 1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后，用液氮速冻，以保证RNA不被降解，然后冻存于-70
基因表达调控的主要表现
基因表达调控主要表现在以下几个方面：①转录水平上的调控；②mRNA加工、成熟水平上的调控；③翻译水平上的调控；
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒 溶液与缓冲液引物仪器、耗材 试剂盒MPC-EPCR仪Gene PulserII 型系统实验步骤 一、一般原则若用于 SAGE 的 RNA 有足够的量，最好用 2.5~5 ug polyA+RNA, 可按实验方案 A 进行。这里我们还提供了实验方案 B，它在多
同种异形基因表达的定义
中文名称同种异形基因表达英文名称allotopic gene expression定 义同一种属生物的不同个体间基因表达的差异，这是等位基因变异造成的，结果使同一蛋白质产物在不同个体间有所差异。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调控（二级学科）
痘苗病毒系统基因表达实验
实验方法原理 本方案从构建外源基因位于 PT7 和 T7 终止子之间的质粒载体开始，然后用重组质粒通过脂质体介导转染已经被vTF7-3（可以持续表达T7 RNA聚合酶的痘苗病毒）感染的细胞。收获后，基因产物在细胞内的表达可以用脉冲标记的方法或用「重组痘苗病毒及其产物的鉴定实验」中叙述的方法分
基因表达－RTPCR之我见
本文讨论的范围包括RNA酶保护分析，northernblot，原位杂交，半定量RT-PCR和定量RT-PCR。本文不谈具体protocol，是因为各种书籍和kit说明书上都有，主要说一些原则，而且大部分是失败和成功的经验，还有小组讨论结果以及各种书里七零八落看的内容，希望对大家有用。基因表达的定义
研究称环境影响基因表达
随环境改变“脾气”的小蜜蜂 几年前，美国伊利诺斯大学阿巴纳香槟分校昆虫学系的吉恩·E·鲁滨逊教授，请墨西哥南部的伙伴帮他捕获了1000只新生的小蜜蜂——500只性情温和的意大利蜜蜂和500只生性凶猛的非洲蜜蜂。这两个蜜蜂亚种在基因上相似得几乎难以分辨，但后者却在领地防御上厉害很多。 鲁滨逊
什么是基因的差异表达？
差异表达不仅有助于阐明生命的奥秘,而且还能为基因诊断与治疗提供重要的理论依据。近几年来,差异表达基因克隆技术不断完善与发展,已成为研究肿瘤和疾病等相关基因的重要手段。