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靶标预测A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么，比如抗肿瘤，抗炎，抗神经等等。B:反向找靶。A:那就复杂咯，想简单点，然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。C:反向对接。D:直接做激酶谱不就行了。E:多糖类药物可以做这个激酶谱吗?F:激酶谱 一次2、3万。A:你这花费也太高了，都不知道有啥作用呢。E:那它出来的效果很好吗?还是效果不一定好。A:多糖类?我接触到的客户多糖类的，好像做炎症的偏多。G:多肽类的呢?E:多糖类做炎症的是很多。G:多糖抗菌性呗。H:不知道有啥用，为啥要合成呢。I:他是不是先试试有没有毒比较靠谱，如果毒性大直接放弃吧!A:我听说可以通过计算机分析出化合物的药理与毒理，还有成药性等。具体实验啥的，可以后面做嘛，先预测，后验证。J:或者试试靶点预测。K:先比较下结构相似性，看看可能有啥活性。C:先从成药性考查一下?H:我觉得结构相似性这个方向可行。E:结构......阅读全文
药物靶标的识别与验证是药物发现过程中至关重要的第一步，在药物研发过程中，30%-40%的在研药物由于药物靶标选择的不恰当而以失败告终。因此，发展一种高效的计算方法来预测新的药物靶标就显得尤其重要。 最近，中国科学院上海药物研究所朱维良研究组发布免费在线药物靶标预测平台D3TPredictor
新药研发是一个高风险的行业，投入巨资的药物研发一旦失败后果不堪设想。但是另一方面，从制药巨头每年将其收入的10%以上用于研发来看，新药成功的回报又是各大公司最期待的。于是，每年全球新获批的药物成为各大机构预测的试验场，那些有可能成为市场未来重磅药的新药不但成为资本追逐的标的，也成为所属公司股价上
肿瘤目前是世界人口死亡的第一原因。中国每年因肿瘤死亡的人数超过200万。除了传统的放化疗等方法外，靶向治疗是肿瘤临床的研究热点及发展趋势。该治疗方法是通过药物选择性抑制肿瘤细胞特异的分子靶标的功能，来抑制肿瘤生长，而不杀伤或较少损伤正常细胞。相比传统放化疗方法，靶向治疗具有耐受性好、毒副作用轻微
背景介绍 RNA沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组RNA的高级结构形成的双链RNA可以被寄主植物DCL蛋白识别，加工产生21-24-nt的初级来源于病毒的siRNA（vsiRNA
RNA沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组RNA的高级结构形成的双链RNA可以被寄主植物DCL蛋白识别，加工产生21-24-nt的初级来源于病毒的siRNA（vsiRNA）。初级vsiR
3月25日从中科院昆明动物研究所获悉，在国家自然科学基金委和科技部项目的支持下，该所李功华博士在黄京飞研究员的指导下，建立了新的系统生物学模型，并发现可能是新型的针对肺癌的肿瘤靶标。该研究成果已发表在《生物信息学》上
记者3月25日从中科院昆明动物研究所获悉，在国家自然科学基金委和科技部项目的支持下，该所李功华博士在黄京飞研究员的指导下，建立了新的系统生物学模型，并发现可能是新型的针对肺癌的肿瘤靶标。该研究成果已发表在《生物信息学》上。 据悉，肿瘤已是世界人口死亡的首要原因，我国每年因肿瘤死亡的人数超过
背景介绍RNA沉默是真核生物中调控基因表达的一种保守机制，它在植物生长发育和抗病毒中发挥着重要的作用。RNA病毒进入寄主植物细胞后，其复制中间复合体和单链基因组RNA的高级结构形成的双链RNA可以被寄主植物DCL蛋白识别，加工产生21-24-nt的初级来源于病毒的siRNA（vsiRNA）。初级vs
Discovery Studio 在生物药物领域的应用解决方案核酸、抗体、多肽等这些生物药物，因其有着药效高、副作用小、作用目标明确等等特点，一直受到国内外研究者的关注。基因工程、蛋白质工程的发展，极大地促进了生物药物的研究与开发，使之成为医药研究领域的一个重要方面，并代表着医药产品发展的方向。而
Docking相关A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗?B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。B:只要比这个配体的打分低，
中科院上海药物所蒋华良课题组与华东理工大学药学院李洪林课题组合作，继反向对接方法——TarFisDock后，该研究团队构建了药效团靶标库—PharmTargetDB（包含7000余个重要靶标结构的信息和药效团模型，涵盖了349种生物功能和110种临床适应症）。通过药效团匹配方法，课
今年4月，Carlos Gil的脊柱恶性肿瘤变得如此巨大，以至于他的C7椎骨破裂，这位四个孩子的父亲被迫睡在楼下客房，咬一个枕头，这样孩子就不会听到他的整夜尖叫。 Gil说，在那漫长的痛苦时刻，一切似乎都结束了。 但就在接受定制癌症疫苗的四个月后，他说感觉好多了。“在接种疫苗之前，我被判了死
靶标预测 A:有什么简单的方法可以通过化合物的结构式预测该化合物可能的药理毒理作用么，比如抗肿瘤，抗炎，抗神经等等。 B:反向找靶。 A:那就复杂咯，想简单点，然后去做细胞实验验证。想着是不是可以通过计算机来预测哈子。 C:反向对接。 D:直接做激酶谱不就行了。
中科院昆明动物所黄京飞课题组在从传统中草药中发掘抗癌植物和化合物研究中取得进展。相关成果日前在线发表于《科学报告》杂志。 我国传统中药数据库记录了2000多种药用植物。但在传统中草药中，只有小部分药用植物被充分系统地研究过。 针对这一现状，黄京飞课题组首先建立了一个抗肿瘤药物预测平台。基于该
中科院昆明动物所黄京飞课题组在从传统中草药中发掘抗癌植物和化合物研究中取得进展。相关成果日前在线发表于《科学报告》杂志。 我国传统中药数据库记录了2000多种药用植物。但在传统中草药中，只有小部分药用植物被充分系统地研究过。 针对这一现状，黄京飞课题组首先建立了一个抗肿瘤药物
中科院昆明动物所黄京飞课题组在从传统中草药中发掘抗癌植物和化合物研究中取得进展。相关成果日前在线发表于《科学报告》杂志。 我国传统中药数据库记录了2000多种药用植物。但在传统中草药中，只有小部分药用植物被充分系统地研究过。 针对这一现状，黄京飞课题组首先建立了一个抗肿瘤药物预测平台。基于该
阿尔茨海默氏症（Alzheimer's disease，AD）是一种神经性疾病。有研究表明，miRNA-Seq和全基因组测序鉴定到了一些非编码RNA可能参与了其中的疾病形成。竞争性内源RNA（ceRNA）是非编码RNA执行生物学功能的一种重要方式。然而，相对于其重要的生物学功能，只有部分
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果
Docking相关 A:新手想问一下，docking结果怎么判断小分子和蛋白产生了结合呀，形成了疏水键或氢键吗? B:打分越低越好，一般会设置一个已知的配体用来做参照，或者说用来检验参数是否合理。 A:我是选择了有配体的蛋白，处理了蛋白和分子后进行docking，得到这个结果。
2) miRNA的靶基因预测方法 miRNA的研究意义之重大是毋庸置疑的。然而，与新的miRNA的频频发现相比，miRNA的功能研究相对缓慢。到目前为止，在发现的4449多个miRNA中，确定功能的miRNA仅有几十个。导致miRNA功能研究进展缓慢的非常重要的原因是miRNA的作用靶标难
为了让基因中包含的指令最终在体内发挥某些功能，构成基因DNA序列的核苷酸或者说碱基必须被读取并用于产生信使RNA（mRNA）。所产生的mRNA随后必须翻译成功能性的蛋白。细胞内的许多不同途径会影响这一重要的生物学过程，决定着基因是否、何时以及在多大的程度上表达。一类主要的调节因子是microRN
中科院昆明动物研究所张云研究员课题组与深圳华大基因研究院合作，解析了新型实验动物中国树鼩的全基因组，系统评估了树鼩作为药物研发实验动物的特征和优势。研究近日发表于《公共科学图书馆·综合》。 研究不仅为中国树鼩用于新药研发的药效学、药理学和毒理学评价提供了系统的基础信息数据和科学依据，而且揭示了
创新药物的研发依赖优良的实验动物和疾病动物模型。中科院昆明动物所的科技人员最近研究发现，树鼩作为新型实验动物在特定药物研发中有着独特优势。 目前药物研发中广泛使用啮齿类动物（大鼠，小鼠），由于与人种属差异较大，获得的研究结果经常与人相距甚远，造成药物研发在大量投入后的最终失败。树鼩是灵长类动物
2020年3月20日，云序客户上海交通大学附属第一人民医院田聆教授课题组在高分期刊Moleular Cancer杂志（影响因子10.679）发表了关于外泌体在胰腺癌肿瘤再生长中的研究。肿瘤再生长是放射治疗失败的主要原因。以往的研究表明，死亡的肿瘤细胞通过促进残留的肿瘤再生细胞(TrCs)的增殖，
文章导读 2020年3月20日，云序客户上海交通大学附属第一人民医院田聆教授课题组在高分期刊Moleular Cancer杂志（影响因子10.679）发表了关于外泌体在胰腺癌肿瘤再生长中的研究。肿瘤再生长是放射治疗失败的主要原因。以往的研究表明，死亡的肿瘤细胞通过促进残留的肿瘤再生细胞(T
Docking A:用的cdocker将晶体复合物的配体对接回原来的蛋白质重合度不好啊，rmsd也比较高，请问大家对接时受体蛋白加力场吗? B:参数没设置好吧。 C:要分析原因哦。 (1)是所有对接计算出来的pose都不好? (2) 还是打分最好的那个不好，打分差
近日，国家重点研发计划蛋白质机器与生命过程调控重点专项“蛋白质机器三维结构导向的新型药物研发关键技术研究”、“信号转导过程中蛋白质机器的活细胞标记与在体调控”和“蛋白质机器动态结构的核磁共振研究方法及应用”等3个项目启动实施工作会议在北京大学召开。北京大学、科技部高技术研究发展中心代表、3个项目
来自中科院上海药物研究所，美国莱斯大学的研究人员报道了最新研究成果，在可药性蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）界面预测与识别计算方法发展方面取得重要进展。这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》（PNAS）杂志上，文章的通讯作者是上海药物研究所蒋华良研究员，以及莱斯大学José N. Onuchic博
利用cND A微阵列技术可用于：（1）并行分析检测成千上万个基因的表达情况；（2）在新基因的发现、基因组功能的研究、疾病的预测和诊断、药物靶标的确定和药物毒性预测等多方面发挥着重要的作用。实验方法原理大多数的信使RNA（mRNA）都带有poly（A）尾，而结构RNA没有。使用本工作方案，可以将带po
G:不知道具体的结合位点?A:我就选中的原来配体设定的半径。H:原来的配体就是活性位点，一般半径设置10左右吧，半径太大的话对接时间会长，另外结果不准确，当然半径太小会对接不进去，可以适当调整。A:你好，我看教程也是说半径设为10但是10的话我看无法全部包括原来的配体分子啊。H:你可以适当增大，12