绘制D7152441与PB2cap的结合模式图（二）
设置关键残基对象：关键残基包括：A链的K339、H357、E361、K376和F404。由于该蛋白只有一条链，在使用命令选择残基时，可以不用指定链名。按照下图顺序，将关键残基设置为res对象。2.3. 显示所需，隐藏多余在PyMOL中输入以下命令：然后，进行鼠标操作：2.4. 绘制相互作用力前面说过，命令行和鼠标的配合是很重要的。这里再简单讲讲鼠标的几个操作用法：A） 拖动鼠标左键：按住右键，任意方向拖动鼠标，使视图转动；B） 上下拖动鼠标右键：按住右键，上下拖动鼠标，使视图缩放；C） 拖动鼠标中间滚轮：按住滚轮，任意方向拖动鼠标，使视图移动；D）滚动鼠标中间滚轮：拉进或拉远镜头，使近处原子逐渐显示或隐藏。我们参照平台给出的结合模式图（本文第二张图），通过下面的键鼠操作来绘制相互作用力。绘制π-π堆积与盐桥作用首先，确保鼠标模式（Mouse Mode）为Viewing状态，选择（Selecting）模式为Atoms状态（位置在P......阅读全文
绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图（二）
设置关键残基对象：关键残基包括：A链的K339、H357、E361、K376和F404。由于该蛋白只有一条链，在使用命令选择残基时，可以不用指定链名。按照下图顺序，将关键残基设置为res对象。 2.3. 显示所需，隐藏多余 在PyMOL中输入以下命令： 然后，进行鼠标操作：
绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图（三）
必要时，可先将cartoo隐藏起来，等调整好label后，再显示出来），让视图更清晰。经过上述一系列操作，得到下图： 2.6. 生成图片 上面的图已经可以发表文章了，但为了更好看，还需要进行一步：光线追踪（Ray tracing）。 继续使用命令： 至此，我们拿到3张图片：f
绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图（一）
前言本期，我将带大家使用PyMOL软件（搭配Photoshop、MS Powerpoint）绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图。我们先来看一张成品图： 研究背景根据上期的分析结果，我们获得以下相互作用：1、化合物D715-2441的芳环夹在氨基酸残基H357和F404之间并形成π-π堆
高质量PyMOL软件作图教程绘制D715-2441与PB2cap的结合模式图
上一期，小编教大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com）重现了一篇2018年文献《【文献重现】D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式研究》的分子对接计算结果。然而，要发表高质量SCI文章，还需要制作高质量的Figure。本期，我将带大家使用PyMOL软
分子对接技术研究D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式 二
4、 准备受体分子与配体不同，受体分子通常是生物大分子，无法通过手绘准备。平台提供了其他输入方式。点击上传文件，选择刚才下载的4cb4.pdb文件，然后按提示进行下去。通常来说，从PDB库下载的晶体结构文件里边包含了很多组分，不仅有（单条或多条）肽链，通常还有有机小分子和溶剂分子（水分子、金属离子）
分子对接技术研究D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式 二
6、 提交计算任务Dock6方案为我们提供了多种对接计算模式，这里稍微解释一下。在各种模式中，蛋白受体都是刚性不动的。因为Dock6的Grid算法实际上并非直接采用蛋白结构进行对接，而是采用其模型（正是前面生成的格点）。根据配体运动的方式，分为下面几种情况：1） 柔性配体对接，即配体在对接过程中是柔
分子对接技术研究D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式 一
【前言】从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数
分子对接技术研究D715-2441 抑制剂与PB2蛋白的结合模式
从本期起，小编将带领大家使用殷赋云计算平台（http://cloud.yinfotek.com/）来做一系列计算“文章”。这一期咱们来重现一篇2018年文献[1]的计算结果，看看作者是如何运用分子对接技术来阐明机理、升华文章的。该文献影响因子4.6，是典型的“实验+计算”模式，比较接近大多数科研
电气原理图的绘制原则与识别方法（二）
电气原理图绘制的基本步骤和注意事项 电气原理图绘制的基本步骤是：首先进行认真构思，对所要绘制的步骤及表达的内容和布局做的心中有数；然后对整个图面进行布局，把所要表达的全部内容（不能遗漏），按其正确位置、主次及繁简划定实际所占画面大小；第三，确定基准线，包括水平基准线和垂直基准线；第四，
X-S质控图的绘制与使用
X-S图法由于它只需要单一浓度的未定值血清，绘图方法简单易懂，有较为成熟的理论和实际经验。因此，成为国内外目前采用最广泛的一种常规室内质量控制方法。一般步骤和具体做法如下： ⒈最佳条件和常规条件下的变异的测定及计算 选择含量均匀、稳定性良好的未定值质控血清，在“最佳条件”，对该批血清反复测