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PCR引物设计及评价实验(一)

实验方法原理聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法,故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学研究中使用最多,最广泛的手段之一,而引物设计是PCR技术中至关重要的一环,使用不合适的PCR引物容易导致实验失败:表现为扩增出目的带之外的多条带(如形成引物二聚体带),不出带或出带很弱,等等。现在PCR引物设计大都通过计算机软件进行,可以直接提交模板序列到特定网页,得到设计好的引物,也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件。实验步骤一、引物搜索1. 打开Primer premier5.0软件,调入人瘦素(leptin)基因序列:点击“file” “open” “ DNA sequence”;或者直接点击 “file” “new”  ......阅读全文

PCR引物设计及软件使用技巧

PCR引物设计及软件使用技巧张新宇,朱有康,高燕宁(中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所,北京100021)摘要:本文旨在介绍使用软件设计PCR引物的技巧。在PCR引物设计原则的基础上,详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法,并对其各自的优缺点进行了比较。一般性引物自动搜索可采用“Prem

Primer 引物设计原则

概念   引物,是一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的出发点而起作用的多核苷酸链,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯链形式进行合成,因此引物的3′-OH,必须是游离的。类型  存在有自然中生物的DNA复制引物(RNA引物)和聚合酶链式反应(

如何做好荧光定量PCR实验

荧光定量PCR实验指南一、基本步骤:1、目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对;2、引物、探针的设计;3、引物探针的合成;4、反应体系的配制;5、反应条件的设定;6、反应体系和条件的优化;7、荧光曲线和数据分析;8、标准品的制备;二、技术关键:1、 目的基因(DNA和mRNA)的查找和比

PCR引物设计及评价实验

            实验方法原理 聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法,故又称基因的体外扩增法。PC

PCR引物设计及评价实验

实验方法原理聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或DNA 序列的方法,故又称基因的体外扩增法。PCR技术已成为分子生物学研究中使用最多,最广泛的手段之一,而引物设计是PCR技术中至关重要的一环,使用不合适的PCR引物容易导致实

实时荧光Taqman 探针设计的几个要点

实验室很多同学都要做Real time PCR实验,实验室的师兄师姐都会有很多宝贵意见,不过也有实验室前没有做过的,查找了下资料和大家分享下关于实时荧光 Taqman 探针设计、实时荧光PCR探针的选择、引物的设计及评价。荧光探针法是用序列特异的荧光标记探针来检测产物,探针法的出现使得定量

PCR引物设计及评价

【实验目的】1、掌握引物设计的基本要求,并熟悉使用Primer premier5.0软件进行引物搜索。2、掌握使用软件oligo6.0对设计的引物进行评价分析。【实验原理】一、引物设计原则聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或

PCR引物设计及评价

【实验目的】1、掌握引物设计的基本要求,并熟悉使用Primer premier5.0软件进行引物搜索。2、掌握使用软件oligo6.0对设计的引物进行评价分析。【实验原理】一、引物设计原则聚合梅链式反应(polymerase chain reaction)即PCR技术,是一种在体外快速扩增特定基因或

PCR引物设计及评价实验(二)

5.  按照搜寻结果显示,在主窗口中检查该引物对的二级结构情况,逐条分析,依次筛选。下面进行序列筛选:点击其中一对引物,如第21#引物,在“Peimer Premier”主窗口,如图所示:该图分三部分,最上面是图示PCR模板及产物位置,中间是所选的上下游引物的一些性质,最下

3分钟了解:PCR检测怎么做以及注意事项

PCR反应的准备PCR反应体系10×扩增缓冲液10μl4种dNTP混合物(终浓度)各100~250μmol/L引物(终浓度)各5~20μmol/L模板DNA0.1~2μgTaq DNA聚合酶5~10 UMg2+(终浓度)1~3mmol/L补加双蒸水100 μl其中dNTP、引物、模板DNA、Taq

实时荧光定量PCR实验体系的设计与优化

实时荧光定量PCR以其精确、快速、方便,越来越多的应用在科研、临床及检验检疫的各个领域。但是定量PCR是对精确性要求很高的实验,不仅要求在实验前有比较完整的实验设计方案,而且实验的条件对实验结果的影响也非常大。这些都是很多老师与学生非常关心的问题,下面分别从这两个方面来对定量PCR实验做一些阐述。&

荧光定量PCR实验指南-2

2.3TaqmanMGB探针设计介绍MGB探针的优点:²MGB探针较短(14-20bp),更容易找到所有排序序列的较短片段的保守区。²短片段探针(14-20bp)加上MGB 后,Tm值将提高10℃,更容易达到荧光探针Tm值的要求。²MGB探针的设计原则²探针的5’端避免出现G,即使探针水解为单个碱基

引物设计(Primer Design)的原则

首先引物要跟模板紧密结合,其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在,再次引物不能在别的非目的位点引起DNA聚合反应(即错配)。围绕这几条基本原则,设计引物需要考虑诸多因素,如引物长度(primer length)、产物长度(product length)、序列Tm值(melting t

一种快速有效的基因分型斑马鱼的方法(一)

 为了促进斑马鱼的高通量的基因分型,我们开发了一种新的技术——用高通量熔解分析(HRMA)区分野生、杂合、纯合突变。这种耗时一个小时的技术不需要进行限制性内切酶酶切和琼脂糖凝胶电泳的操作。此技术生成的熔解图的敏感性高,可以检测不明确的PCR产物。我们可以对斑马鱼的三种类型的突变进行可靠的基

如何做好荧光定量PCR实验?(二)

2.4 实时多重PCR探针的选择:多重实时PCR的多种含意有两种:一为选择保守的探针和引物,利用不同的染料标记探针,在检测时可根据荧光的颜色来判定不同的产物。另一种为选择保守的引物,扩增不同长度的目的片段,反应中加入SYBRN染料,最后根据不同目的片段的Tm值来判定不同的物品。多重实时PCR的荧光探

实时定量PCR应用中的优化方案(二)

实践中的问题实时定量PCR已广泛地运用于分子生物学的各个领域,就目前的应用情况来看,虽然取得了很好的效果,但是其在方法学上的选择、敏感性问题、重复性问题等都一直是争论不休的,本文将就这些问题做出探讨。1. 方法的选择:研究者在实验中往往想要得到目的基因的绝对量,因为绝对定量对目的基因的表达差异有直接

聚合酶链式反应(PCR)

PCR技术可用于:(1)检验感染性疾病是否处于隐性或亚临床状态;(2)有效检测癌基因的突变,准确检测癌基因的表达量;(3)临床应用于检测地中海贫血的基因突变。实验方法原理基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成

PCR-SSP分析实验原理和步骤

PCR 序列特异性引物(sequence specific primer,SSP)分析法是使用能够特异识别特定等位基因的引物通过PCR 扩增检测序列多态性的方法,也称作等位基因特异性引物PCR 法。本实验是应用PCR-SSP 法检测MN 基因型。 [实验原理] 根据决定某等位基因的碱基性质,

聚合酶链式反应(PCR)(一)

实验方法原理 PCR技术的基本原理类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。 PCR由变性--退火--延伸三个基本反应步骤构成:①模板DNA的变性:模板DNA经加热至94℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便

非编码序列-内含子子长度多度性((ILPs)

实验概要本实验中运用Perl脚本用于比较Nipponbare和93-11基因组序列,从而开发潜在的ILP标记,通过EPIC-PCR开发候选ILP标记,最后用实验验证及评价了ILP标记。实验步骤1. 水稻釉粳亚种基因组比较搜索ILP我们运用Perl脚本用于比较Nipponbare和93-11基因组序列

PCR-SSP分析实验原理和步骤

PCR 序列特异性引物(sequence specific primer,SSP)分析法是使用能够特异识别特定等位基因的引物通过PCR扩增检测序列多态性的方法,也称作等位基因特异性引物PCR 法。本实验是应用PCR-SSP 法检测MN 基因型。[实验原理]根据决定某等位基因的碱基性质,设计3′端第一

什么是PCR阴性?

举乙肝的例子来说:通过酶免的方法查乙肝两对半和通过荧光定量PCR的方法学查乙肝DNA小明得了肝炎,但他不知道自己得了肝炎,有一天身体不舒服或者正常体检(比如入职体检),他去看医生,临床医生怀疑他得了肝炎(肝炎有很多种比如病毒性肝炎,也就是病毒倾入他体内后由于人体的三道防线没能把病毒消灭掉,导致病毒在

如何做好荧光定量PCR实验?(一)

荧光定量PCR实验指南一、基本步骤:1、目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对;2、引物、探针的设计;3、引物探针的合成;4、反应体系的配制;5、反应条件的设定;6、反应体系和条件的优化;7、荧光曲线和数据分析;8、标准品的制备;二、技术关键: 1、 目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对;从h

PCR-SSP分析实验原理和步骤

 PCR 序列特异性引物(sequence specific primer,SSP)分析法是使用能够特异识别特定等位基因的引物通过PCR 扩增检测序列多态性的方法,也称作等位基因特异性引物PCR 法。本实验是应用PCR-SSP 法检测MN 基因型。[实验原理]根据决定某等位基因的碱基性质,

转基因食品的检测方法,你知道多少?

  从1996年转基因作物开始进行大规模商业化以来,它在全球的种植面积迅速扩大,目前全球转基因作物种植面积已达25亿公顷,同时转基因作物的种类和转基因性状也在不断丰富。但是转基因作物作为一种新物种,其对人体健康、生态平衡是否具有危害还未确定。许多国家以立法或其他形式要求对转基因产品进行标记。我国于2

PCR技术导论、实验条件和试验程序(2)

2.2.2.3 操作程序1.在无菌的Eppendorf管内加入以下反应物:2.93℃ 反应2 min后开始以下循环: 93℃变性反应1 min; 50℃退火反应1 min; 72℃延伸反应3 min。 经过17~35循环后,最后一个循环72℃增加5 min。循环结束后反应产物置于40

PCR技术应用十:HIV感染

  八十年代以来由人类免疫缺陷病毒(HIV)感染而引起的艾滋病(AIDS)因其严重的危害性而受到人们高度重视,力争早期诊断和寻求有效治疗是防止其广泛传播的关键所在.聚合酶链反应(PCR)具有敏感、特异和快速的特点,是检测病毒、评价病情进展和探讨发病机理的有效工具.一、HIV的基因结构  HIV的基因

一文掌握MIQE指南的RT-qPCR发表数据的实用方法

考虑到mRNA转录的高度动态特性以及样品处理和下游处理步骤中引入的潜在变量,RT-qPCR工作流程的每个步骤的标准化方法对于可靠和可重现的结果至关重要。MIQE为这种方法提供了一份包含85个参数的清单,以确保质量结果符合任何期刊的接受标准。接下来,小编将为大家详细介绍如何应用MIQE指南来建立一个可

实质等同性(转录组学)实验

实验材料:小麦  试剂、试剂盒:β-巯基乙醇                                   &nb

PCR技术应用十一:病毒学诊断

  甲型肝炎病毒是甲型肝炎的病原体.甲型肝炎呈世界性分布,其传染源是甲型肝炎病人及病毒携带者.HAV主要随粪便排出,但在血液、唾液、胆汁和十二指肠液也可查出.本病的传播主要是通过粪--口途径,如经日常生活接触传播,经污染饮水或食物而传播.其中无黄疸型肝炎患者容易漏诊或误诊,是重要的传染源,具有重要的

实验室