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三代测序的DNA提取和宏基因组学分析（二）

优势与局限这种DNA提取方法已被优化用于从人类粪便样本中提取高分子量(HMW)DNA，但也已在模拟微生物群落和细菌分离株上得到验证。我们希望该方案可以适用于其他样品类型，尽管可能需要对裂解前和裂解后步骤进行修改以解释特定于样品的制备和污染物清除的问题是必要的。机械裂解方法（如珠子击打）仍然是连续裂解和下游相对丰度分类的金标准，因为与酶解法相比，机械裂解法的偏差更小。然而，我们以前已经证明，这种酶解法对革兰氏阳性和革兰氏阴性的生物都能进行相对一致的裂解。此外，尽管在大量投入样品的情况下机械裂解方法可能就足够了，因此可以进行广泛的大小选择，但我们的方法可以优化DNA的高产量，并且在输入样品量有限的情况下非常有利。我们用于碱基识别，组装和环化的下游计算工作流程专为从纳米孔或PacBio测序生成的易错，长读长测序数据而设计。由于纳米孔测序会在均聚物区域产生较高的错误率，而PacBio测序具有较高但相对随机的错误率，因此仍建议使用短读长进......阅读全文