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单细胞测序方法汇总

单细胞生物学研究一直是当今的热门话题,而且-前沿的领域就是单细胞RNA测序了(scRNA-seq)。常规RNA测序方法一次性能够对成千上万个细胞进行加工测序,并给出平均差异,但并没有两个细胞是完全一样的,而新型的scRNA-seq方法就能够揭示出制造每一种特异性的微小改变,甚至这种技术还能够阐明完整的新的细胞类型。比如,当来自博德研究所的研究人员Aviv Regev等人利用scRNA-seq对2400个免疫系统细胞进行探查时,他们无意中发现了一些具有潜在T细胞激活活性的树突状细胞,Regev表示,一种刺激这些细胞的疫苗或能够潜在增强机体免疫系统并且保护机体抵御癌症。当然了,这些发现都是来之不易的,相比大量细胞而言,研究人员很难对单个细胞进行操作,因为每一种细胞仅会产生少量的RNA,对于研究者而言没有犯错的余地;另外一个问题就是如何对大量的数据进行分析,重要的是,研究者使用的工具可能是并不直观的。一般而言,RNA测序数据能够被以指......阅读全文

DNA测序技术的现状和发展(七)

3. 新一代测序技术的前景在2007年6月,James Watson的基因组序列登录到了GenBank数据库当中,这是第一次使用非Sanger测序法获得了人类个体基因组序列,并且第一次将个人基因组序列公之于众。整个测序过程在两个月之内就完成了,花费不到100万美元,这只占耗时10年之久的人类

数十个测序平台技术参数盘点

1.第二代测序技术1.1 Roche 454 测序平台Roche 454(Genome Sequencer 20 System)是第一个NGS测序平台,由美国454 Life Sciences公司于2005年推出,2007年被瑞士Roche公司收购。此后Roche公司在此基础上开发了Roch

RNA-seq综述(二)

短读长cDNA测序短读长已经成了在整个转录组范围内对基因进行检测和定量的事实方法(de facto method),部分原因是这种方法比芯片成本更低,操作更方便,但是其主要原因还是因为这种方法能生成更全面,更高质量的数据,这种方法能够 对整个转录组中的基因表达水平进行定量。使用Illumina短读长

高通量测序技术——第二代测序技术

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(de

三分钟了解4代基因测序技术

  基因检测技术是近年来伴随“精准医疗”概念的提出而迅速发展起来的一门科学技术,它可以从基因组机制上阐释遗传学、发育生物学、进化生物学等学科的经典概念,在全基因组水平延伸了染色体高级构象、细胞异质性、功能模块等新概念,为精准医学开辟了应用性新领域。  近年来,随着分子水平的基因检测技术平台不断发展和

2018年全球TOP10顶尖基因测序公司及测序市场规模预测

随着“精准医疗”的深化,基因测序逐渐成为科技医疗领域备受瞩目的话题,得益于平台技术的进步、测序应用的拓展、各机构合作的拓宽以及测序成本的下降,行业正在以惊人的速度发展。2005年首代测序仪Roche454单次产生400MB的基因序列文件,到2010年第二代测序仪IlluminaHiseq2000单次

DNA测序技术的现状和发展(四)

1.1.3.2 模板制备程序完全的体外大规模模板制备工作是达成高通量、低价格测序技术的前提。已广泛使用的乳液PCR扩增技术就是一种很好的方法。不过,由于很难在热循环测序反应中保证乳液微滴的稳定性,因此最开始实验的模板扩增方法是恒温扩增法(isothermal)。乳液PCR不需要借助细菌的帮助就能扩增

DNA测序40周年:DNA测序的过去、现在和未来(上篇)

  在DNA测序过去的40年中,我们见证了诸多技术的变革和测序规模的极度增长。从几千个碱基到第一个人体基因组,乃至当前数以万计的人体和无数其它的基因组。包括作为大量分子现象的“计数器”在内,DNA测序被广泛和创造性地应用于各个领域。从长远来看,我们可以预测DNA测序技术所带来的影响将会与显微镜的使用

三代基因测序技术以及基因检测技术的发展综述

基因是指携带有遗传信息的DNA序列,是控制性状的基本遗传单位,一段具有功能性的DNA序列。基因通过指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性状表现。人类约有两万至两万五千个基因。广义上的基因检测指通过血液、组织或细胞分泌物,对染色体、DNA分子进行检测的一系列技术。目前在医疗领

三代测序技术和原理介绍(二)

Solid技术  Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。它基于连接酶法,即利用DNA连接酶在连接过程之中测序(图6)2,4。它的原理是:   图6-a. Solid测序技术  (1)DNA文库构建  片段打断并在片段两端加上测序接头,连接载体,构建单链DNA文库。

2016年基因检测行业现状及发展趋势分析

  目前全国涉及基因检测概念的公司有200余家,按照业务范围划分,这些公司可以分为:  ①最上游的基因检测仪器开发企业(测序仪、芯片扫描仪、PCR设备);  ②提供样本处理试剂和耗材的中上游企业(建库试剂盒、检测试剂盒、工具酶、基因芯片);  ③提供第三方基因检测服务的中游企业;  ④提供测序数据存

2019年中国基因测序产业全景图谱

  近年来,基因测序行业得到迅速发展,吸引了大量资本和企业的进入。目前,在行业上游仪器设备环节,国外企业竞争优势显著,而在国内的基因测序与应用终端领域华大基因竞争力强劲。但是,基因测序技术在终端应用领域还未实现完全推广,未来发展仍具有巨大的想象空间。全景图:下游应用领域广泛,但尚未完全推广  从基因

干货:三代测序技术和原理(一)

   摘要:从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法)1,发展至今三十多年时间,测序技术已取得了相当大的发展,从第一代到第三代乃至第四代,测序读长从长到短,再从短到长。虽然就当前形势看来第二代短读长测序技术在全球测序市场上仍然占有着绝对的优势位置,但第三和第四代测序技术也

基因测序“摩尔定律”初现,“三代测序”要革“二代”的命?

  在“二代测序”(NGS)尚未迎来投资热潮的情况下,技术突破捷报连连的“三代测序”(3GS)又进入到了投资人的视野中。1986年,第一台商用基因测序设备正式出现,到第二代测序设备出现,期间间隔了19年时间。而第二代设备问世,到第三代设备的诞生,仅仅用了5年,基因测序设备的更新换代速度正在不断加快。

2019年中国基因测序行业发展现状及趋势预测

一、基因测序行业发展现状分析    基因测序技术应用范围较广,主要分为科研服务、医疗应用服务以及非医疗基因检测服务。其中,医疗应用服务是目前应用基因测序技术中活跃度较高且发展潜力较大的部分,涉及无创产前筛查、遗传病诊断、植入前胚胎遗传学诊断、肿瘤诊断等诸多领域。近年来,随着“二胎

下一代测序技术将改变生物学现状

  新一代非基于“桑格技术”的基因测序法以空前的快速测序速度问世了,它为人类带来了重大的科学成果和先进的生物学应用软件。然而,要研发出新一代基因测序法,必须克服30年来以桑格技术为基础的惯性思维。    1977年,Fred Sanger 和Alan R. Coulson发表了两篇关于快速测序技

浅谈NGS的这10年(三)

  454平台和Ion Torrent平台相比于其他的短读长平台而言,能够提供较长的read读长,分别大约在700bp与400bp,因此在基因组结构较为复杂的研究上应用 较多。然而,由于同样都是基于SNA技术,它们都拥有相同的缺点。虽然,其在非碱基多聚体(non-homopolyme

测序过程常见问题分析与解答

DNA测序样品用什么溶液溶解比较好?    答:溶解DNA测序样品时,用灭菌蒸馏水溶解最好。DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应,需要一个最佳的 酶反应条件.如果DNA用缓冲液溶解后,在进行了测序反应时,DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体 系条件,造成Taq酶的聚合性能

DNA序列测定技术

DNA序列测定技术序列测定的技术和策略Sanger双脱氧链终止法Maxam-Gilbert DNA化学降解法测序策略  目前应用的两种快速序列测定技术是Sanger等(1977)提出的酶法及Maxam和Gilbert(1977)提出的化学降解法。虽然其原理大相径庭,但这两种方法都是同样生成互相独立的

漫谈单细胞测序及其临床应用

一、概述随着现代生物学的发展,细胞群体的研究已不再能满足科研需求。单细胞测序解决了用组织样本测序或样本少时无法解决的细胞异质性难题,为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了新方向。单细胞测序正在成为科研热点。二、单细胞测序倍受青睐的原因人们最初以为一个细胞类群是均质的(即各细胞都是

干货:三代测序技术和原理(二)

Solid技术  Solid测序技术是ABI公司于2007年开始投入用于商业测序应用的仪器。它基于连接酶法,即利用DNA连接酶在连接过程之中测序(图6)2,4。它的原理是:  (1)DNA文库构建  片段打断并在片段两端加上测序接头,连接载体,构建单链DNA文库。  (2)Emulsion PCR 

九大测序平台对比(二)

Helicos企业: Helicos Biosciences推出时间: 2008年主流型号: HeliScope™ Single Molecule Sequencer(2008年推出)样品要求: 1-3 μg,起始DNA体积不超过100 μL.测序原理: 边合成边测序,可逆阻断测序待测DNA被随机打

基因测序前景:上游市场增速放缓 中下游市场潜力巨大

  基因测序服务市场增速快,预计2016年超过测序仪器市场。据Markets&Markets预测,2014-2020年上游市场中测序仪的复合增长率是15.4%。中游测序服务市场重资产、技术附加值低,将是产业链中增速最快的,据BCC Research预测2011-2016年复合增长率为29%。

专访华大基因蒋慧:测序仪“规模化量产”是顺应市场需求

  两年前,华大基因发布了其自主研发的新型桌面化测序系统BGISEQ-500,这款仪器的问世备受瞩目。本月初,开放期刊GigaScience公布了BGISEQ-500测序平台完成的首个人类基因组重测序数据,由华大基因、中国食品药品检定研究院(NIFDC)和国家食品药品监督管理局湖北医疗器械质量监督检

华大智造发布“桌面”测序仪等3款产品 构建测序“生态”

2019年10月25日于深圳召开的第十四届国际基因组学大会(ICG-14)上,华大智造发布三款新产品,分别是其自主研发的新型“桌面”一站式测序解决方案、便携式单细胞组学产品及CoolMPS高通量测序试剂套装。新产品聚焦便携式、智能化、自动化等未来发展方向,打破传统测序的时间、空间、人员限制,进一步满

我国精准医疗如何让基因测序“言听计从”

  基因测序技术是临床分子诊断中的重要手段,其起源早于PCR技术。1968年华裔科学家吴瑞(Ray Wu)博士独创地提出了引物延伸的测序策略,在这一策略基础上基因测序方法得到发展,Sanger和Gilbert因开发不同的测序方法于1980年获得诺贝尔奖。目前的基因测序技术可以分为三类:毛细管电泳测序

单分子测序:基因测序不再遥不可及

如果说二代测序的使命是使成本降低到1000美元/基因组的话,那么三代测序的使命就是使成本降低到100美元/基因组,进一步促进测序发展为临床的常规检测技术,在临床诊疗上发挥更大的作用。在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上,美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail,致力于

单分子测序:基因测序不再遥不可及

  如果说二代测序的使命是使成本降低到1000美元/基因组的话,那么三代测序的使命就是使成本降低到100美元/基因组,进一步促进测序发展为临床的常规检测技术,在临床诊疗上发挥更大的作用。  在年初的J.P.Morgan健康医疗大会上,美国基因测序公司Illumina宣布将创建一个新公司——Grail

华大智造:我们的这种测序方法吊打传统MPS

  在生物医学大数据的重要价值日益凸显的今天,大规模组学计划成为世界各国的重要战略布局,如何能够更准确、更快速、更低成本地开展基因测序变得愈发迫切,驱动着技术之轮飞驰向前。高通量测序诞生和发展的历史,镌刻着科学家和产业先驱们在“更准、更全、更快、更便宜”的道路上所作出的种种努力。近日,由华大智造联合

新一代高通量测序技术SOLiD简介

   目前市场上有四种高通量测序仪,分别是Solexa,454 (GS-FLX),SOLiD和Polonator。根据测序原理,它们可以被分为两大类:使用合成法测序(Sequencing by Synthesis)的Solexa和454,及使用连接法测序(Sequencing by Ligation